Будучи архиепископом, он уже признавал и осуществлял программу папы, стараясь найти то, что объединяет церковь с миром, а не то, что их разделяет. Его ассимиляции в Венеции способствовало не только то, что сам он уроженец венецианской земли, но также и эллинистская культура, которая отличает этот город. Ронкалли прибыл сюда как состарившийся дипломат, но здесь он стал настоящим иерархом — духовным пастырем. Подобно Пию X, он лично посещал все приходы своей епархии. О политическом кредо венецианского патриарха многое можно заключить и на основании такого примера: когда его посетил французский кардинал Фельтен, на встрече духовой оркестр исполнял «Марсельезу», гимн Французской революции и Французской Республики.
Пятилетний понтификат Иоанна XXIII стал в конце концов эпохальным понтификатом нашего времени. Своей неслыханной популярностью он обязан не только своей прогрессивной политической линии, но и непосредственности и как бы излучаемому им чувству любви к ближнему. После надменного и холодного Пия XII — святого владыки — он создавал противоположный ему образ: наконец-то папа вел себя по-человечески, выходил к народу, был доступен для каждого. Он немедленно положил конец анахроничному содержанию двора, каким тот был при его предшественнике; немцы были в полном смысле изгнаны из курии. Папа Иоанн покончил также с вековыми церемониями, однако сам любил праздничность, помпезность литургии. Его речи и высказывания не были выспренными, он любил выступать без специальной подготовки, импровизировать. Приятное впечатление, создаваемое этим, уравновешивало подчас причудливость его высказываний. Иоанн XXIII рассматривал свою миссию не как господство, владычество, а как службу, службу на благо церкви и человечества. Он последовательно проводил в жизнь принцип: «Non ministrari, sed ministrare» («He заставлять служить, а служить»).
Курия видела в Иоанне XXIII прежде всего Пия X. Действительно, до 1961 года папа был пленником курии. Курия изолировала папу, снабжала его односторонней информацией. Он пытался сломать это положение, часто вызывал к себе епископов, однако подлинное освобождение принес ему только вселенский собор. 25 января 1959 года в своей речи на консистории Иоанн XXIII заявил о своей программе, вызвавшей всеобщее удивление: 1) созыв синода Римской епархии; 2) проведение вселенского собора; 3) реформа церковного права.
Объявление о вселенском соборе прозвучало как сенсация. В свое время Пий IX лишь перенес на неопределенный срок I Ватиканский собор, который с тех пор так и не был завершен. Вновь «оживив» идею вселенского собора, Иоанн XXIII обратился к коллективному разуму церкви, предложив совместно решить вопрос о форме и способе приспособления к нынешним временам и о воссоединении с отделившимися христианами (экуменизме). Вероятно, объявляя о предстоящем соборе, папа Иоанн еще не совсем ясно представлял себе масштабность этой задачи. Он думал, что собор завершится в течение трех месяцев, и у него не было еще конкретной программы работы собора.
Папа Иоанн говорил по преимуществу о мире и единстве, основывающемся на христианской любви, о взаимопонимании всего человечества. В качестве органической части этой основной концепции он сформулировал — впервые в июне 1959 года — программу аджорнаменто. Аджорнаменто означало через обновление, модернизацию церкви: присоединение к современному миру. Если католическая церковь обновится, то она станет способной к диалогу с остальными христианами. (Некатолических христиан папа Иоанн называл вначале отделившимися братьями.) Иоанн XXIII с тех пор выражал сущность аджорнаменто расхожим сравнением: двухтысячелетнее здание церкви он уподоблял кафедральному собору, в котором застоялся воздух истории. Для того чтобы люди вновь смогли в нем свободно дышать, хорошо бы себя чувствовали, нужно распахнуть окна; нужно открыть окно в мир — пусть в собор ворвется свежий воздух.
Иоанн XXIII издал всего восемь энциклик. Первая, программная энциклика «Ad Petri cathedram» издана 29 июня 1959 года: в ней объявление о созыве вселенского собора было связано с прокламированием мира и общественной справедливости, а также со служением экуменизму. Главную цель собора энциклика определяла как самопознание церкви, приближение ее к требованиям эпохи, обновление христианской жизни верующих.
В духе экуменизма папа Иоанн XXIII создал Секретариат Христианского Единства и в изданной в 1961 году энциклике «Aeterni Dei» изложил свою точку зрения об экуменизме. Во главе Секретариата он поставил кардинала Беа, лидера прогрессистов. Задача нового органа состояла в побуждении к диалогу между христианскими конфессиями. Под влиянием деятельности папы в Ватикане сложился новый экуменический дух; этот дух уже не нацеливался на возрождение завоеваний, а искал сближения между равноправными сторонами. В 1960 году папа Иоанн принял даже примаса англиканской церкви архиепископа Кентеберийского, продемонстрировав тем самым свою открытость для диалога.
В духе единства он говорил и о миссиях. 29 ноября 1959 года в своей энциклике «Princeps pastorum» Иоанн XXIII настаивал на участии недуховных лиц в миссионерской работе. Папа Иоанн существенно расширил кардинальскую коллегию и придал ей подлинно интернациональный характер. В декабре 1958 года число кардиналов впервые превысило традиционную цифру в 70 человек, а к 1962 году оно уже увеличилось с 75 до 87 членов.
Что касается теологических и философских взглядов папы, то они характеризовались приверженностью к традициям. Его традиционалистские позиции подтверждаются, например, тем, что в июле 1959 года он распорядился о роспуске французского движения священников-рабочих. В 1962 году в апостолической конституции он привлек внимание к культивированию латинского языка. Дух традиции пронизывал глубокую религиозность Иоанна XXIII. В центре ее были уважение к евхаристии и культ Девы Марии, что явствует из опубликованного духовного дневника папы. В изданной 1 августа 1959 года энциклике «Sacerdotii nostri praecordia» он высоко оценил спиритуализм, строго религиозный образ жизни священнослужителей. 26 сентября 1959 года в энциклике «Grata recordatio», гласящей о четках, он объявил октябрь месяцем молитв с четками. И наконец, в энциклике от 1 июля 1962 года «Poenitentiam agere», посвященной отпущению грехов, он призвал верующих молиться за успех вселенского собора. Эти энциклики ярко свидетельствуют о традиционалистских взглядах Иоанна XXIII. Не случайно и то, что одним из желаний папы Иоанна — хотя и неосуществленным — было причислить Пия IX к лику святых.
В то же самое время следует подчеркнуть, что еще ни один папа не осуществлял такого решительного поворота в политическом курсе — как в отношении международной, так и итальянской политики, — как Иоанн XXIII. Развернувшийся начиная с Тридентского собора и полностью осуществившийся на I Ватиканском соборе триумфализм к середине XX века ввергнул церковь в глубокий кризис. Иоанн XXIII нетерпеливо торопил: «Нужно, наконец, стряхнуть пыль императорских времен, осевшую на троне Святого Петра с правления Константина Великого». Теоретическую основу поворота, «отряхивания» константиновской пыли заложили современные теологические направления, в отношении которых папа Иоанн, несмотря на свой консерватизм в этой области, продемонстрировал понимание. Значительные энциклики Иоанна XXIII, посвященные общественным проблемам, миру и диалогу, показывают косвенное воздействие на него идей Карла Ранера и Ива Конгара. Особенно большое влияние оказывал на папу французский католицизм. Французские христианские демократы — и их идеи — составляли органическую часть Сопротивления. В 1950 году Пий XII подверг резкой критике журнал «Теологические новости», но Конгар, Ранер и их товарищи не отшатнулись от церкви. Папа Иоанн XXIII открыл перед их идеями ворота Ватикана и собора. Эти новые реформистские теологические распоряжения сыграли большую роль в том, что при папе Иоанне с помощью собора церковь стала открытой для мира, для науки. Основой новой позиции было признание объективной сущности процесса секуляризации. До этого большая часть подстерегающих церковь опасностей была представлена как воображаемые опасности, проистекающие из политических предрассудков, незнания действительности. Теперь возобладал новый методический подход: исходить из знания и понимания действительности. Раньше, особенно в эпоху Пиев, любая попытка, направленная против обособления, изоляции католиков от секуляризованного мира, терпела неудачу. Путь папы Иоанна и собора — это возврат в секуляризованный мир, присоединение к нему.