13 июля 1949 года, когда антикоммунистическая истерия достигла своего апогея, Конгрегация Священной канцелярии опубликовала постановления, осуждающие коммунизм. Согласно этим постановлениям, под угрозой отлучения от церкви запрещалось: 1) вступать в коммунистическую партию и симпатизировать ей; 2) распространять, читать или публиковать книги, газеты, журналы или листовки, излагающие теорию и практику коммунизма, а также писать статьи в эти издания. Те католики, которые действуют вопреки этому, считаются ниспровергателями христианской веры и подвергают себя опасности отлучения со стороны Папского престола, так как коммунизм материалистичен и выступает против христианства. Кроме того, коммунистические руководители, читаем в декрете Конгрегации Священной канцелярии, хотя на словах иногда утверждают, что они не возражают против религии, тем не менее и теоретически, и практически выступают в равной степени врагами Бога и истинной веры и церкви Христовой. 28 июня 1949 года конгрегация приняла вышеуказанный декрет, а 30 июня представила его на рассмотрение Пию XII. Папа утвердил декрет и приказал опубликовать его.
Запрет 1949 года явился пиком политики, «холодной войны», проводимой католической церковью и в то же время логическим следствием линии поведения Пия XII. В 50-х годах католическая церковь не могла, а Пий XII и не хотел ничего изменить для того, чтобы преодолеть эту замкнутость, ликвидировать все углубляющийся раскол между церковью и миром. Нетерпимость и усиливающееся непонимание престарелым папой серьезных социальных проблем и вопросов, связанных с научно-технической революцией, создало большие трудности для межконфессиональных католических христианско-политических партий и профсоюзов.
В 50-х годах Пий XII считал, что «Католическое действие» является единственной серьезной и надежной силой против коммунизма. Когда в 1949 году де Гаспери хотел сформировать правительство вместе с социалистами, папа открыто это осудил. Однако де Гаспери считал, что конфессиональный фронт, который желал создать Джедда, вызовет создание антиклерикального фронта. В 1952 году Джедда с ведома Пия XII оказал сильное давление на де Гаспери, требуя чтобы христианские демократы образовали союз с правыми партиями, в том числе с монархистами, а также с неофашистами. Подобный шаг расколол бы итальянское общество на две части, и христианско-демократическая партия окончательно потеряла бы демократический и антифашистский характер. И когда все же в 1957 году была образована левоцентристская коалиция (правительственный блок с социалистами), Пий XII с неодобрением отнесся к этому шагу. Пока был жив папа, Ватикан не признавал эту форму правления.
В основном подобным же образом Пий XII относился и к внутреннему общественно-политическому развитию, происходящему в остальных европейских странах. Он поддерживал христианских демократов лишь до тех пор и постольку, пока и поскольку они действовали против коммунистов. Тогдашняя политика Ватикана оказывала вредное влияние на французскую христианско-демократическую партию, на МРП, которая на выборах 1951 года потеряла половину своих избирателей.
В 50-х годах папа приветствовал начавшуюся в международном плане капиталистическую интеграцию, которая привела к созданию Европейского экономического сообщества. В интеграции Ватикан усматривал победу католических воззрений, и в роли защитников интеграции выступали в первую очередь французский и западногерманский католицизм. Папа в экономическом и политическом сплочении Западной Европы искал возможность создать противовес социалистической мировой системе, оказывавшей все большее влияние. В то же время интеграция, с точки зрения внутренних политических факторов, была санкционированным папой средством подъема капиталистической экономики.
В то время как Пий XII в «христианской малой Европе» приписывал себе ведущую роль в морально-идейном плане, в мировой политике он оказывал поддержку противникам сил социализма. Во время корейской войны папа предупреждал человечество о возможности ядерной войны, но при этом у него слышался не призыв к мирному сосуществованию, а стремление, опираясь на атомную монополию Запада, полностью окружить и парализовать социалистическую мировую систему. Папа выступал со своих позиций и во время событий, происходивших внутри отдельных социалистических стран. Так, в частности, венгерские события 1956 года он объявил борьбой за свободу, мобилизовав в поддержку их католическое общественное мнение во всем мире, посвятив этим событиям две свои энциклики.
Заявления, речи и труды Пия XII, посвященные общественным вопросам, в течение двух десятилетий его понтификата составили три объемистых тома. Однако он, в отличие от своих предшественников в социальных энцикликах, не занимался изложением учения церкви о социальных вопросах, социализме и рабочем классе. Отсутствие энциклик по социальным вопросам свидетельствует не только об отсутствии программы, но и о том, что Пий XII не мог согласовать позицию тотального отрицания социализма с требованиями католических трудящихся масс о срочных изменениях, поэтому он предпочитал молчать.
Пий XII больше занимался политикой, чем внутренними вопросами церкви. Во время войны он предоставил теологам еще большую свободу, чем его предшественник. Своей энцикликой «Mystici corporis» от 29 июня 1943 года о понятии католической церкви, о сущности церкви он вызвал бурную дискуссию. Ведь папа трактовал церковь как мистическое тело Христово, и этот тезис часть теологов поставила под сомнение. В энциклике «Divino Afflante spiritu» от 30 сентября 1943 года Пий XII предоставил большую свободу в применении научных методов, главным образом в области изучения Библии. Однако начиная со второй половины 40-х годов Пий во всех областях отверг принцип cogestio (совместное правление, сотрудничество). Так, своей энцикликой «Mediator Dei et hominium» от 27 ноября 1947 года он попытался на основании авторитарного принципа закрыть длившуюся на протяжении двадцати лет дискуссию о литургической реформе. В энциклике папа отклонил принцип концелебрации и установил строгий иерархический порядок и в литургии. Он считал естественным существование непреодолимой пропасти между духовенством и мирянами. «Однако то, что верующие участвуют в евхаристических действиях, еще вовсе не значит, что они обладают священнической властью», — читаем мы в энциклике. Папа считал заблуждением мнение, согласно которому священством обладает или первоначально обладал каждый христианин. Ошибочно считать, что священническая иерархия возникла лишь позднее, а не была создана Христом. Эти утверждения в энциклике уже были направлены против новых церковно-исторических исследований и теологических изысканий.
С конца 40-х годов и в теологических взглядах Пия XII произошел консервативный, реакционный поворот. Его энциклика «Humani generis» от 12 августа 1950 года содержала осуждение философских заблуждений Нового времени, возвращая тем самым церковь к курсу, проводимым Пием IX («Quanta сига») и Пием X («Pascendi»). В Ватикане проникновение новейших результатов науки в теологию и в историю церкви рассматривали как проявление модернизма, и энциклика папы вызвала настоящие преследования неомодернистов. Идейно-идеологический поворот совпал с дальнейшим ужесточением политической позиции папы и с ликвидацией прогрессивных католических движений.
Жертвой новых преследований «еретиков» стал ушедший от строгого томизма антифашист и христианский демократ Жак Маритэн (который после 1945 года был также послом Ватикана во Франции). Самого значительного католического философа эпохи, тоже француза Тейяра де Шардена, папа также осудил, многие из работ Тейяра были занесены в «Индекс запрещенных книг», более того, он был даже удален из Европы. Но заставили замолчать и немцев братьев Ранер, теолога Ганса Кюнга, историка в области догматики Иозефа Ратцингера, иезуитов французов де Любака и Даниэлу, доминиканца Ива Конгара, а также кардинала Шухарда (взгляды последнего были позже реабилитированы II Ватиканским собором). Наиболее известным из числа демократических и социальных инициатив было движение французских священников-рабочих, начавшееся с целью отвоевания рабочего класса в форме своего рода хождения в народ. Французское движение священников-рабочих было ликвидировано Пием XII в середине 50-х годов.