В соответствии с этим во время понтификата Иоанна XXIII сформировались новые отношения между Ватиканом и политикой, точнее, между Ватиканом и христианскими политическими партиями. Христианско-демократические партии после 1945 года уже были не просто выразителями интересов католической церкви в политической сфере, а органами включения христианских сил в формирование общественного развития соответствующих государств. Успехам христианско-демократических партий, несомненно, способствовала популярность их антифашистских персоналистских взглядов. Именно поэтому Пий XII и не поддерживал их полностью.
Во второй половине 50-х годов порыв христианско-демократических партий иссяк, а многие из них оказались в кризисе. Французская христианско-демократическая партия распалась, а итальянская вынуждена была объединиться с социалистами. Деидеологизация христианской демократии означала дальнейшее отделение ее от церкви. Эти партии стали организациями, открыто представляющими гражданские интересы. Иоанн XXIII стремился обновить связи церкви с миром уже не через христианские партии, а с помощью духовно-пастырской и евангелизаторской деятельности. Вследствие этого он демонстрировал нейтральную позицию по отношению к этим партиям.
Появившаяся 15 мая 1961 года социальная энциклика Иоанна XXIII «Mater et magistra» («Мать и наставница»), приуроченная к 70-летию энциклики Льва XIII «Rerum novarum» и 30-летию энциклики Пия XI «Quadragesimo anno», отражала уже новый дух. Эта энциклика, по существу, пыталась решить те же проблемы, что и ее предшественницы: задачи церкви, вытекающие из признания классов и классовой борьбы. Раньше предложения по решению этих проблем в условиях продвигающегося к демократии и социализму миров были неприемлемыми для церкви. Если предшественники папы Иоанна, говоря о социальных вопросах, выдвигали на первое место осуждение рабочего движения и лишь во вторую очередь выдвигали социальную программу, то при папе Иоанне основной упор стал делаться на разработку новой общественной и экономической системы. Однако новая теория разрешения социальных противоречий была новой только с точки зрения методов и, так сказать, интонации. Основным и дальше продолжал оставаться тезис о том, что церковь и государство, мудро взаимодействуя, должны шаг за шагом преодолевать противоречия между трудом и капиталом. В то же самое время папа Иоанн порвал с патернализмом, так как последовательно признавал существование классовой борьбы и правомерность борьбы рабочих в защиту своих прав, в том числе и права на собственные организации. Папа рассматривал борьбу рабочих за социальную справедливость как объект поддержки со стороны церкви.
Аджорнаменто в социальных вопросах не затрагивало традиционную позицию церкви по проблеме собственности. Она продолжала стоять на принципиальной основе признания частной собственности. Согласно теологическим взглядам на собственность, земные блага, вещи существуют для того, чтобы служить человеку, то есть ими следует располагать. По мнению церкви, между людьми не могут существовать вопиющие имущественные (касающиеся собственности) противоречия; здесь нужно создать равновесие. Право частной собственности вытекает из природы человека — согласно естественным законам — и распространяется не только на блага, предназначенные для использования, и на потребительские блага, но и на средства производства. Пользование благами, находящимися в частной собственности, — единственное благо, и границы тут определяет общественная польза.
Энциклика «Mater et magistra» явилась выражением ясной однозначной позиции защиты буржуазной демократии, общественной системы, основывающейся на буржуазных правах и свободах. Новая позиция означала также, что папа отказывается от тотальной подчиненности светских (не духовных) лиц церковной иерархии и признает плюрализм общества.
Наиболее отчетливое выражение признание папой Иоанном XXIII происшедших в мире изменений нашло в его последней энциклике (от 9 апреля 1963 года) «Pacem in Terris». Энциклика была новой и в том отношении, что она обращалась в духе экуменизма уже не только к духовенству, но и вообще к католикам, даже ко всем верующим. Экуменизм получил новое осмысление — как сближение и сотрудничество между различными христианскими конфессиями. Папа принял к сведению, что часть мира отказалась от буржуазного строя, и в связи с этим существенно изменилось положение церкви. Помимо признания социалистических стран де-факто он спроецировал на международную плоскость предложение о разрешении внутренних противоречий: единственно верный путь по отношению к капитализму и социализму — это следование государству Бога (Civitas Dei), посредством чего возможно сосуществование и сохранение мира. Папа Иоанн декларировал в этой энциклике, что, хотя атеизм идеологически неприемлем для христиан, но взаимодействие с любым движением, борющимся за мир, в частности и с коммунистами, не только возможно, но и необходимо. Тем самым Иоанн XXIII переступил ту границу, которую его предшественники установили вокруг церкви со времени появления идей социализма. Энциклика «Pacem in Terris» сделала возможным для Ватикана поиск контактов и связей с социалистическими странами, диалог с марксистами.
Важнейшим событием церковной политики Иоанна XXIII было установление 23 ноября 1961 года непосредственных отношений с Советским Союзом. Тем самым и в церковной политике началась эпоха смягчения напряженности. Первым ощутимым результатом нового курса был прием Иоанном XXIII 7 марта 1963 года дочери Хрущева и ее мужа Аджубея, являвшегося тогда главным редактором «Известий». Через пять недель после этого визита, вышла в свет энциклика «Pacem in Terris». Отказ от закоснелого антикоммунизма означал не сосуществование с марксистско-ленинской идеологией, а лишь терпимость по отношению к общественно-политическому строю, основанному на этой идеологии. Под знаком смягчения международной обстановки и мирного сосуществования «Pacem in Terris» провозгласила взаимодействие с миром, включая в это понятие уже и социалистический мир. Совместная деятельность в интересах мирного будущего человечества сделала возможным, что дух отвержения и предания анафеме потерпел поражение и в Ватикане. В энциклике «Pacem in Terris» Иоанн XXIII отказался от «связывания» судеб церкви исключительно с Западом и открыл путь для конструктивных переговоров с социалистическими странами.
Самым значительным событием в истории католической церкви был, несомненно, II Ватиканский собор (1962–1965), открывший новую эпоху в истории папства. По взглядам Иоанна XXIII, осуществление внутренней реформы — прерогатива не одного папы, но и вселенского собора. Генеральной репетицией вселенского собора стало заседание синода римской епархии, проходившее между 24 и 31 января 1960 года. Папа пожелал, чтобы этот местный собор выросшего до уровня митрополии Рима скорректировал пастырскую работу применительно к изменившимся условиям. Это было первым случаем в истории города, чтобы епископ Рима, папа, спрашивал на соборе мнение духовенства. Духовно-пастырская деятельность большого города требовала современной церкви; таким образом, римский синод стал моделью готовящегося вселенского собора.
После внезапного объявления о созыве вселенского собора Иоанн XXIII уже больше не колебался. 17 мая 1959 года он назначил первую комиссию по подготовке собора. Папа призвал епископов католической церкви, монашеские ордена, университеты внести свои предложения по повестке дня собора, по проблемам, подлежащим обсуждению на нем. 5 июня 1960 года папа по своей инициативе создал центральную подготовительную комиссию собора, которой подчинил десять профилированных комиссий и два секретариата, в задачу которых входила разработка проекта решений собора с учетом мнений, высказанных в огромной массе поступающих предложений. Комиссии под строгим контролем курии составили 73 проекта решений собора, которые были одобрены Центральной комиссией.
Папа нетерпеливо торопил, стремясь ускорить подготовку собора. Одной из причин этого было, несомненно, то, что уже тогда он уже был тяжело болен и знал о своем заболевании раком. Другой, пожалуй, еще более серьезной причиной было его намерение помешать курии саботировать собор. А целью консервативного направления, ссылавшегося на необходимость основательно подготовиться к собору, было поставить его — так же как в свое время сделал Пий IX — перед свершившимся фактом и низвести собор до уровня послушной машины голосования.