Решением Политбюро от 18 июля 1941 года была создана комиссия ЦК ВКП(б) в составе Л.3. Мехлиса, П.К. Пономаренко и других, на которую возлагалось руководство подпольными партийными организациями в тылу противника. Одновременно при политических управлениях фронтов были учреждены специальные отделы, а при армиях — отделения, которые должны были оказать помощь партийным организациям прифронтовых районов в формировании, обучении, вооружении партизанских отрядов, в налаживании с ними связей. Этот период организации партизанского движения характеризовался тем, что в основном решались вопросы подбора, расстановки кадров для подпольных организаций, отрядов народного ополчения, истребительных батальонов, партизанских отрядов и групп. Он был самым трудным. Партизаны и подпольщики, переправленные через линию фронта в тыл врага, а также оставленные для организации этой работы, из-за неопытности, слабой подготовленности, многочисленных случаев предательства со стороны населения несли большие потери. В это время определились три основных способа организации партизанского движения, которые зависели от сложившейся на оккупированной территории обстановки:

создание подпольных и партийных организаций, партизанских отрядов и групп до оккупации района вражескими войсками;

создание подполья и партизанских отрядов и групп в тяжелых условиях оккупации;

формирование отрядов и групп партизан и диверсантов в советском тылу с последующей переброской их на оккупированную территорию.

17 июля 1941 года ГКО передал военную контрразведку из НКО в НКВД, где было создано Управление особых отделов во главе с B.C. Абакумовым. Начальники особых отделов фронтов стали назначаться только приказами Л.П. Берии.

Стремясь в максимально короткие сроки выполнить постановление ЦК ВКП(б) от 18 июля 1941 года, партийные руководители на местах, сотрудники НКВД-НКГБ, а также общевойсковые командиры и политработники, которые не имели представления об организации партизанской войны и тактике действий партизанских формирований, начали комплектовать и готовить к заброске в тыл врага отряды и группы. Эти наспех сформированные отряды и группы готовились в течение всего 2–5 суток. Чему можно было научить людей за такой короткий срок? Партизаны-скороспелки уходили навстречу своей смерти и гибли, как правило, при попытке перехода линии фронта или же проведении первой диверсии. Через некоторое время срок подготовки был увеличен до 2–3 недель, а потом, через несколько месяцев после начала войны, до 1–2 месяцев.

Сроки были «написаны» большой кровью наспех заброшенных групп. Поспешная подготовка неопытными инструкторами, не имевшими практического опыта партизанских действий в тылу противника, отсутствие в отрядах и группах средств радиосвязи, ошибки в постановке задач в связи с незнанием реальной обстановки в районе предполагаемых действий были причиной высоких потерь. Из-за слабой подготовки, неопытности, скоропалительного/необдуманного подбора состава партизанских групп и отрядов с наступлением зимы 1941/42 года многие из них «ушли в подполье», «законспирировались» или погибли. Другие попытались пережить зиму на наспех созданных базах и в лесных лагерях и тоже погибли.

Продолжали успешно действовать только отряды с опытными командирами. Не погибло ни одно формирование, которыми командовали люди, прошедшие в 30-х годах обучение в спецшколах и получившие опыт партизанской войны в Испании. Наибольшие потери были понесены в первые месяцы войны.

К июню 1942 года в Белоруссии оставалось на связи всего 65 отрядов, 42 из которых были из состава 437 отрядов, наспех подготовленных до октября 1941 года, а 13 отрядов состояли из красноармейцев, попавших в окружение. То есть уцелело только 13 % отрядов. В Ленинградской области к сентябрю 1941 года действовало 400 отрядов и групп общей численностью 18 тысяч человек. На 10 июля 1942 года из их числа осталось только 48 отрядов, то есть 12 % от действовавших осенью 1941 года. Немного лучше обстояли дела у калининских, брянских и смоленских партизан, где уцелело от 23 до 30 % заброшенных или оставленных при отходе Красной армии отрядов и групп. В общей сложности из 2800 заброшенных групп и отрядов уцелело только 270.

Наиболее боеспособными и понесшими минимальные потери оказались отряды, созданные органами НКВД. Несмотря на то что в предвоенные годы была разрушена система подготовки партизанских кадров, в НКВД остались предвоенные разработки и методики, которые для восстановления системы подготовки кадров стали использоваться с первых дней войны. Именно работники НКВД в первые дни войны оказали партийным и советским органам наиболее действенную помощь в организации партизанского движения. Они с самого начала приняли участие в подборе командных кадров отрядов, организации разведки, взаимодействия с другими отрядами, закладках баз и т. д.

Для того чтобы обеспечить эту работу, за линию фронта начали засылаться оперативные группы НКГБ и НКВД как из Москвы, так и прифронтовыми территориальными органами. Однако в связи с тяжелой обстановкой на фронтах засылка опергрупп не носила массового характера. Опергруппы НКВД-НКГБ и созданные на их базе партизанские отряды в начале войны и в последующем внесли огромный вклад в развитие диверсионной войны. С выходом в свет 18 июля 1941 года постановления ЦК ВКП(б) «Об организации борьбы в тылу германских войск» вся тяжесть по его организации легла на НКВД. Если директивы и постановления СНК и ЦК ВКП(б) по организации партизанского движения выполнены в полном объеме не были, то директивные указания НКВД, которым руководил Л.П. Берия, начали исполняться неукоснительно. С указаниями ведомства Л.П. Берии не считаться было смерти подобно. В это же время было начато восстановление спецшкол и учебных центров по подготовке партизанских специалистов при различных подразделениях органов НКГБ. Преподавателями и инструкторами спецшкол стали работники НКВД и НКГБ. Одним из крупнейших центров по подготовке специалистов стала Особая группа при НКВД, а затем Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР (ОМСБОН).

Одной из неразрешимых проблем в этот период становится обеспечение партизанских отрядов и оперативных групп НКВД средствами радиосвязи. Ею были обеспечены только около 1,5 % подразделений. Объяснялось это не только большим дефицитом радиостанций и радистов, но и «радиобоязнью» партизанских командиров, то есть опасениями быть обнаруженными немецкими радиоперехватчиками. Поэтому единственно возможным способом осуществления связи надолго стала связь через пеших курьеров, посылавшихся как действующими на зафронтовой территории партизанами и подразделениями НКВД, так и по обусловленному заранее паролю с советской территории. Передача разведданных через них была малоэффективной, так как под ударами немецких войск Красная армия постоянно отходила, и связникам приходилось догонять линию фронта. С Большой земли связник нес с собой агитационную литературу или взрывчатку. Ненадежность такого вида связи подтверждается тем, что только 5 % информации достигало адресатов. Кроме того, добытые разведданные в результате отсутствия возможности своевременной их передачи за линию фронта теряли свою актуальность. Во избежание раскрытия агентурной сети в случае поимки немцами связного курьеры-связники никогда лично не встречались с агентами. Они забирали направленные ими донесения из «почтовых ящиков», в качестве которых служили малопосещаемые тайные места в виде дупла дерева, развалин и т. п. Лишь с лета 1942 года картина кардинально изменилась. Все партизанские отряды, формировавшиеся в тылу и забрасывавшиеся через линию фронта, были снабжены радиостанциями, запасом батарей и обслуживались подготовленными радистами.

Для того чтобы обеспечить эффективную связь, скоординировать проведение боевой и разведработы, обеспечить переправку за линию фронта вновь созданных отрядов на линии фронта и в нейтральных зонах, которые не контролировались нашими и немецкими войсками, областными управлениями НКВД была создана сеть оперативно-переправочных пунктов, обслуживавшихся оперативниками разведотделов территориальных органов госбезопасности. Каждый пункт включал в себя пять — семь оперативных работников НКВД, радиста с радиостанцией, материальную базу, на которой хранился запас боеприпасов, обмундирования и продуктов питания.