Еще на исходе лета 1941 года первый секретарь ЦК ВКП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко по своей инициативе написал на имя Сталина докладную записку «К вопросу о постановке диверсионной работы в тылу врага». Ее содержание было основано на трехмесячном опыте партизанской войны. Особая роль в ней отводилась доказательству эффективности диверсионной работы в тылу вражеских войск, особенно на коммуникациях противника. П.К. Пономаренко предлагал перейти от длительной подготовки диверсантов-одиночек или групп, сформированных из «классиков-диверсантов», к широко организованной, планомерной, массовой работе. Необходимо было искоренить кустарщину, разобщенность, использовать охотно оказываемую партизанам помощь населения. В докладной записке предлагалось централизовать руководство партизанским движением и диверсионной работой.

В декабре 1941 года И.В. Сталин вызвал к себе П.К. Пономаренко. Между ними состоялась двухчасовая беседа. Перед ЦК ВКП(б) проблема централизации руководства партизанским движением до этого поднималась обкомами ВКП(б) оккупированных областей и республик и некоторыми военными советами фронтов. После беседы началась работа по формированию штабов партизанского движения. Но в конце января 1942 года она была приостановлена. Произошло это по той причине, что Л.П. Берия смог доказать членам ГКО нецелесообразность создания центрального органа управления партизанским движением. В докладной записке на имя Сталина он сообщал, что разрозненные, стихийные партизанские выступления населения на оккупированной территории не могут быть охвачены руководством, да в таком руководстве и не нуждаются. В записке он выражал сомнение в том, что партизанские диверсии могут дать значительный оперативный результат, и подчеркивал, что крупные диверсионные операции могут быть выполнены только квалифицированными диверсантами, для подготовки и руководства которыми специальный штаб не нужен. Он доказывал, что целесообразнее готовить партизанские отряды в советском тылу с последующей переброской их за линию фронта, обосновывая свои доказательства зафронтовой практикой действий территориальных 4-х отделов НКВД и отрядов ОМСБОН. Кстати, формирование партизанских отрядов и бригад Калининской области в течение всей войны проводилось на советской территории с последующим их выходом в тыл противника. В случае необходимости они опять выходили через линию фронта в советский тыл для отдыха, пополнения боеприпасов или личного состава.

Некоторое время в начале 1942 года партизанское движение продолжало развиваться по сценарию, предложенному наркомом внутренних дел, то есть, по существу, стихийно. Лишь в мае 1942 года ЦК ВКП(б) снова вернулся к обсуждению вопросов организации центрального и местных штабов партизанского движения. 30 мая 1942 года Сталин подписал постановление ГКО № 1837 о партизанском движении. В нем, в частности, говорилось: «…В целях объединения руководства партизанским движением в тылу противника и для дальнейшего развития этого движения создать при Ставке Верховного Главнокомандования Центральный штаб партизанского движения…» Во исполнение постановления от 30 мая 1942 года был издан приказ заместителя наркома обороны об организации штабов партизанского движения.

Штаб партизанского движения во главе с первым секретарем Компартии Белоруссии П.К. Пономаренко располагал большими возможностями, чем военные советы фронтов, в организации партизанам поставок оружия, боеприпасов, медикаментов и продовольствия через линию фронта. Для этого использовалась транспортная авиация дальнего действия. При военных советах Юго-Западного направления, Брянского, Западного, Калининского, Ленинградского и Карельского фронтов были созданы фронтовые штабы партизанского движения.

Одновременно с созданием ЦШПД перед партизанским движением были поставлены важные военно-политические задачи. В ЦШПД были введены от ЦК ВКП(б) П.К. Пономаренко, от НКВД — В.Т. Сергиенко, от разведывательного управления НКО Г.Ф. Корнеев. То есть ЦШПД стала руководить «тройка». А первым заместителем П.К. Пономаренко стал майор госбезопасности С.С. Бельченко. Он же руководил всей партизанской разведкой в тылу противника, являясь начальником разведотдела ЦШПД. Начальники штабов партизанского движения стали членами военных советов фронтов, что обеспечило координацию действий партизан с частями Красной армии. Работники НКВД, возглавлявшие эти штабы, приобрели дополнительный статус. При их непосредственном участии разрабатывались и претворялись в жизнь оперативные мероприятия, направленные на активизацию партизанских действий в прифронтовой зоне; партизаны снабжались оружием, боеприпасами, медикаментами, обмундированием и продовольствием; в советский тыл вывозились авиацией раненые и больные. С созданием штабов партизанского движения как органов, управляющих и координирующих зафронтовую работу, началась внутренняя реорганизация партизанских отрядов. Они стали укрепляться представителями НКВД и реорганизовываться в самостоятельные боевые единицы с непосредственным подчинением штабам партизанского движения при военных советах фронтов. После создания 30 мая 1942 года Центрального и периферийных штабов партизанского движения число школ по подготовке специалистов для них и число обучаемых в них было сокращено, но зато значительно увеличено время и качество подготовки специалистов. Начался переход от количественных показателей к качественным. 13 января 1944 года ЦШПД был упразднен, а руководство партизанами передано республиканским и областным штабам партизанского движения, которым было удобнее координировать действия партизан и частей Красной армии и снабжать их всем необходимым, так как в это время партизанская борьба активно велась лишь в западных областях оккупированной территории СССР.

16 июля 1942 года был создан Калининский штаб партизанского движения. На него возлагалось руководство партизанским движением в области в целом и конкретно боевой и разведдеятельностью бригад и отрядов в интересах войск Калининского фронта. Штаб должен был обеспечить снабжение партизан оружием, боеприпасами, медикаментами, организовать подготовку боевых кадров, организовать связь между партизанскими подразделениями, армейскими штабами.