28 марта Герлах покинул Берлин и направился в Штадтильм. Вскоре стало известно, что американцы совсем близко подошли к Штадтильму. Всякая работа прекратилась. Ученые решили вместе ожидать своей судьбы. В ту же ночь Герлах выехал на автомобиле в Мюнхен. После короткой остановки в баварской столице он помчался в Хейсинген, а затем в Хайгерлох, где был проведен последний эксперимент. Он переговорил с Гейзенбергом, выпил у Лауэ черного кофе, повидался с Ганом. В Хейсингене Гейзенберг говорил о предложениях физиков, направленных на последнюю попытку создать в реакторе критические условия. Теперь Гейзенберг отбросил все безумные теории, теперь он хотел получить имевшиеся у Дибнера брикеты из окиси урана и ввести их в толщу графитового отражателя. Эта мысль возникла после того, как Карл Виртц обнаружил в результатах последнего эксперимента весьма веские указания на то, что графит как замедлитель куда лучше, чем это следовало из роковых измерений Боте.
Можно ли было вывезти из Штадтильма оставшиеся там материалы? Ведь американцы уже находились от него всего лишь в пяти милях. 3 апреля Герлах снова побывал в Мюнхене и пытался оттуда дозвониться в Штадтильм. Это оказалось совершенно нереальным. Он записал у себя в дневнике: «Радиосвязь с Тюрингией прекратилась» и тут же добавил: «На балконе цветут все мои хризантемы». Герлах попытался связаться со своей группой через местный штаб, однако и тут его постигла неудача. Тогда он решил лично отправиться в Штадтильм, но военное положение ухудшилось настолько, что поездка оказалась невозможной. Сеть внутренней связи в Германии была парализована, и ему не удалось дозвониться даже до Эрфурта, ближайшего к Штадтильму большого города. 8 апреля Герлах снова попытался через штаб армии установить связь со своими физиками, но связаться было уже нельзя не только с Берлином, но и со всей Северной Германией. Казалось, ему уже не удастся узнать о своих.
Тем временем в Берлине к остававшемуся там работнику Имперского исследовательского совета Грауэ пришли двое эсэсовских офицеров, пожелавших узнать, нет ли в опасной близости к фронту каких-либо важных исследовательских групп. Грауэ сразу же назвал группу в Штадтильме и потребовал ее немедленной эвакуации. Офицеры обещали тотчас же организовать колонну грузовиков и отправиться из Берлина. Команда эсэсовцев прибыла в Штадтильм утром 8 апреля. Ее командир сообщил пораженным физикам о приказе эвакуировать всех осведомленных о важнейших секретах на юг, в «Альпийский редут»; за неподчинение приказу — расстрел. Разумеется никто из сотрудников Дибнера не пожелал проверить на себе, насколько точно будут эсэсовцы выполнять приказ. Однако, к счастью для них, эсэсовская команда с большими трудностями добиралась до Штадтильма, и солдаты сильно утомились. Они устроились в школе на короткую передышку, да так и уснули, держа автоматы наготове. Пока они спали, Дибнер и Беркеи собрали всех наиболее мобильных и не обремененных собственностью коллег и решили бежать на юг. Тех же, кто не мог отважиться на тяжелое путешествие, решено было оставить в Штадтильме, независимо от того, были они «носителями тайны» или нет. Так Беркеи остался, а Дибнер взялся сопровождать в последний путь уран и тяжелую воду.
В лихорадочной спешке на несколько грузовиков уложили уран, тяжелую воду, радий и аппаратуру, и вскоре колонна была готова к отъезду. Из Штадтильма она выехала в Роннебург, оттуда направилась в Вейду — место последнего пристанища Бюро стандартов. В общем они двигались в направлении Мюнхена.
В 7 часов 30 минут утра 8 апреля Герлаху сообщили о полученном от Беркеи радиосообщении об отъезде Дибнера. Герлах переправил с курьером это сообщение Менцелю.
К концу февраля 1945 года Миссия Алсос начала свои операции в логове врага, вступив в Германию в районе Аахена. После Страсбурга в декабре 1944 года на долю Миссии больше не выпадало каких-либо особых удач; а теперь, в Германии, ее работа резко усложнилась, поскольку большинство по-настоящему важных исследовательских учреждений оказались в зонах действия войск Франции и Советского Союза.
Бумаги, найденные в Страсбурге, позволили точно установить роль ораниенбургского завода «Ауэр гезельшафт». Однако Ораниенбург отходил в зону советских войск, и не было никакой возможности, опередив русских, ввести туда американскую часть, которая демонтировала бы завод. Еще в начале марта Гровс рекомендовал разбомбить завод. Генерал Маршалл одобрил эту рекомендацию.
Командующему американскими стратегическими воздушными силами в Европе послали соответствующее приказание. В начале дня 15 марта завод подвергся уничтожительной бомбардировке: в налете участвовало более шестисот летающих крепостей. Она была столь мощной, что даже сегодня, более двадцати лет спустя, в Ораниенбурге действует «Комиссия по разрушениям», в функции которой входит извлечение из земли невзорвавшихся авиационных бомб. Во время бомбардировки погибло много людей, а завод, как показала воздушная разведка, был уничтожен полностью.
Зная о больших возможностях Миссии Алсос, сэр Джон Андерсон предложил Черчиллю предпринять ряд специальных мер, которые позволят начать обследование немецкого уранового проекта сразу же по вступлении союзных войск на территорию Германии. Он наметил ряд конкретных мер: Черчиллю разъяснили, что англичане вряд ли смогут сделать больше предложенного Андерсоном, поскольку в противном случае им пришлось вызвать недовольство СССР. Доктор Джонс, начальник отдела научной разведки военно-воздушных сил, уже подготовил нужных людей к отправке в Германию. Они должны были начать действовать, как только станут доступными «представляющие интерес пункты в районе Штутгарта», иными словами, Хейсинген, Хайгерлох и Тайльфинген.
В самом конце марта американские войска вошли в Гейдельберг, и 30 марта офицеры Миссии Алсос заняли Физический институт кайзера Вильгельма. Научный руководитель Миссии доктор Сэмуель Гоудсмит, Фред Варденбург и доктор Джеймс Лейн занялись обследованием лабораторий. Боте остался в Гейдельберге, и на долю Гоудсмита, отлично знавшего профессора, выпала весьма деликатная задача — допросить своего немецкого коллегу. Боте с удовольствием показывал американцам новый циклотрон, пущенный в институте, и охотно обсуждал чисто научные вопросы, но в то же время не изъявил ни малейшего желания сообщить что-либо об исследованиях военного характера, в которых ему пришлось участвовать.
Миссия Алсос нашла также доктора Вольфганга Гентнера, который в свое время работал на парижском циклотроне. Ни его, ни Боте они не арестовали. 5 апреля Гоудсмит составил отчет о гейдельбергских операциях и обследовании заводов фирмы «Дегусса» во Франкфурте. Теперь американцы знали, что Ган находится в Тайльфингене, южнее Штутгарта, Гейзенберг и Макс Лауэ — в Хейсингене, а последний урановый котел эвакуирован из Берлин-Далема в Хайгерлох, неподалеку от Хейсингена. Им стали известны и масштабы немецкого уранового проекта, чрезвычайно скромные, особенно на последнем этапе, когда в нем участвовали только Гейзенберг, Дёппель, Кирхнер, Штеттер, Ган и несколько ассистентов. Разобрались они и в роли Герлаха, и в системе приоритетов. Сверх того, что стало известно из документов, Гентнер заверил их, что в Хаигерлохе так и не удалось осуществить цепной реакции, и, следовательно, немцы очень недалеко отошли от истоков работы. Допросы, проведенные в Гейдельберге, позволили выявить и существование группы в Штадтильме, но, по оценке Гентнера, работы этой группы значительно уступали работам группы Гейзенберга.
Вернувшись в Париж, Гоудсмит узнал, что армия генерала Паттона продвинулась с удивительной быстротой и Штадтильм вот-вот окажется в руках американцев. Гоудсмит немедленно сообщил об этом в Гейдельберг, Пашу. Последнему пришлось менее двух суток провести в Эйзенахе в ожидании, когда Миссии Алсос можно будет войти в Штадтильм. Эту деревню заняли без боя в 4 часа утра 12 апреля, и вскоре в ней появились офицеры Миссии Алсос, включая Варденбурга и Лейна.