По всему вѣроятію, отлученіе Стрѣшнева отъ государевой милости было устроено всемогущимъ временщикомъ, дядькою молодого царя, Б. И. Морозовымъ, который, по свидѣтельству Олеарія, очищалъ себѣ мѣсто, удаляя ближайшихъ къ государю людей, особенно его родственниковъ, дабы не могли они своимъ вліяніемъ вредить его всемогуществу. Время отлученія сближается съ печальнымъ для государя событіемъ въ его жизни, съ разстройствомъ его брака съ избранною невѣстою Евфиміею Всеволожскою (Дом. Бытъ Царицъ, 260, 261). Очень вѣроятно, что и волшебство Стрѣшнева входило въ кругъ интригъ по разстройству этого брака.
Почти четыре года Семенъ Лукьяновичъ находился въ опалѣ. Но видно правда восторжествовала и невиновность его была доказана.
30 марта 1651 г. въ праздникъ Пасхи государь простилъ его и пожаловалъ изъ дворянъ, какъ онъ былъ разжалованъ, прямо въ окольничіе. Само собою разумѣется, что прежняго довѣрія государь уже не могъ ему оказывать, ибо послѣ всякой клеветы всегда остается что-либо непріязненное и опасливое.
Теперь онъ только сопровождалъ государя въ числѣ другихъ окольничихъ на торжественныхъ и богомольныхъ выѣздахъ и однажды, 2 іюня 1652 г. во время похода къ Троицѣ, когда въ Москвѣ случился большой пожаръ, былъ отпущенъ съ дороги на этотъ пожаръ для необходимыхъ распоряженій и наблюденій вмѣстѣ съ избранными для того боярами, въ числѣ которыхъ находился и Василій Иван. Стрѣшневъ. Пожаръ продолжался дня четыре, такъ что и самъ государь поспѣшилъ возвратиться съ богомолья.
Во время начинавшейся Польской войны въ 1653 г. октября 5 Семенъ Лукьяновичъ получилъ назначеніе собираться съ ратными людьми во Псковѣ въ товарищахъ съ главнымъ воеводою В. П. Шереметевымъ, который долженъ былъ собирать войско въ Новгородѣ, а потомъ идти на рубежъ и начинать войну, захватывая Литовскіе города.
Неизвѣстно, каково было начало этого похода, но въ лѣтніе мѣсяцы 1654 года Семенъ Лукьян. съ большимъ успѣхомъ забиралъ разные Литовскіе города. Такъ, 24 іюля пришла государю вѣсть, что онъ взялъ города Дисну и Друю; потомъ 20 августа государь получилъ извѣстіе, что онъ взялъ городъ Озерище, а 1 сентября, — что взялъ городъ Усвятъ. Въ февралѣ 1655 г. онъ былъ отозванъ въ Москву, куда возвратился изъ похода на время и самъ государь. 11 марта государь снова отправился воевать съ Польскимъ королемъ и, идучи къ молебну, былъ въ Золотой полатѣ и тамъ пожаловалъ Семена Лукьян. въ бояре, повелѣвъ ему идти съ собою въ его государевомъ полку.
Это былъ достославный походъ царя Алексѣя Мих., когда въ одно лѣто была завоевана почти вся Бѣлая Русь. Торжествующій побѣдитель возвратился въ Москву 10 декабря.
Подробностей о службѣ Семена Лукьян. въ этотъ походъ, какъ и подробныхъ записокъ о самомъ походѣ, кь сожалѣнію, не сохранилось.
На слѣдующій годъ, 12 генваря, въ именины царевны Татьяны, къ государеву столу были приглашены, кромѣ Грузинскаго и Сибирскихъ царевичей, главный воевода этого похода кн. А. Н. Трубецкой и съ нимъ Семенъ Лукьян., да окольничій С. Р. Пожарскій.
Затѣмъ, 29 апрѣля, также послѣ стола въ Столовой избѣ государь жаловалъ всѣхъ воеводъ за службу и Семену Лукьяновичу, какъ и всѣмъ другимъ, была пожалована шуба, отласъ золотной, кубокъ серебряный и къ прежнему его окладу денежная придача.
Мая 15, на Вознесеньевъ день государь, предпринялъ новый походъ уже противъ Шведовъ въ Ливонію. Съ государемъ пошелъ въ числѣ другихъ близкихъ бояръ и Семенъ Лукьяновичъ. Въ Смоленскѣ, куда явился посолъ отъ Курляндскаго князя Якубуса, Семенъ Лукьян. 6 іюня былъ на переговорахъ съ этимъ посломъ, въ качествѣ намѣстника Нижняго-Новгорода, вторымъ послѣ боярина кн. Н. И. Одоевскаго.
Изъ Смоленска 20 іюня государь пошелъ подъ Ригу и 30 іюня изъ Витебска послалъ Семена Лукьян. подъ Динабургъ, куда и самъ пришелъ 24 іюля и на другой же день 25 іюля послалъ Семена Лукьян. дальше подъ Нѣмецкій городъ Куконосъ.
31 числа самъ государь осадилъ Динабургъ и взялъ, о чемъ на радости поспѣшилъ увѣдомить Семена Лукьян., и 3 августа пошелъ къ нему подъ Куконосъ.
14 августа Семенъ Лукьян. въ присутствіи государя взялъ приступомъ этотъ Куконосъ, по какому случаю 17 августа послѣ стола въ шатрахъ государь пожаловалъ Семену Лукьян. за его службу, за взятіе Нѣмецкаго города Куконоса, что онъ былъ на приступѣ: шубу отласъ золотной, да кубокъ, да отласъ золотной, да два сорока соболей, сто рублевъ денегъ.
21 августа государь пришелъ подъ Ригу и остановился, не доходя за 5 верстъ, а потомъ 23 августа подвинулся къ городу за 2 версты. Здѣсь военныя дѣла пошли весьма неудачно, по случаю измѣны Нѣмецкихъ офицеровъ, служившихъ въ нашихъ полкахъ, такъ что государь 5 октября принужденъ былъ идти домой.
На возвратномъ пути въ Полоцкѣ 31 октября государь получилъ весьма пріятную вѣсть, что послѣ нашихъ переговоравъ съ Польскими послами его избрали Польскимъ королемъ и великимъ княземъ Литовскимъ. Съ этою радостною вѣстью государь послалъ къ царицѣ, къ сыну царевичу Алексѣю Алексѣевичу и къ отцу своему и богомольцу патріарху Никону боярина Семена Лукьяновича Стрѣшнева.
По случаю морового повѣтрія царица съ семействомъ пребывала въ это время въ Вязьмѣ, куда потомъ пришелъ и государь и возвратился въ Москву уже 14 генваря 1657 г.
Послѣ военныхъ трудовъ Семену Лукьяновичу въ томъ же 1657 году было поручено управленіе гражданскими дѣлами. Для завѣдыванія завоеванными Литовскими и Бѣлорусскими городами былъ учрежденъ Приказъ Великаго Княжества Литовскаго, въ который начальникомъ съ помощью дьяка и былъ посаженъ Семенъ Лукьяновичъ.
Вмѣстѣ съ тѣмъ ему же былъ отданъ въ управленіе и другой весьма значительвый Приказъ-Устюжская Четверть, гдѣ въ 1663 г. онъ, по повелѣнію государя, исполнилъ важнѣйшее по тому времени дѣло, — это уничтоженіе съ 15 іюня чекана мѣдныхъ денегъ и заведеніе вновь чеканки серебряныхъ денегь.
Обоими Приказами онъ управлялъ до самой своей кончины, съ 1657 по 1666 годъ.
Въ эти самые годы произошла извѣстная и для того времени весьма печальная распря или смута между царемъ и патріархомъ Никономъ, къ которой оказался прикосновеннымъ между другими и Семенъ Лукьяновпчъ.
Никонъ, собинный другъ царя, пользовавшійся его сердечною привязанностью и безграничнымъ вниманіемъ, такъ возмечталъ о высотѣ своего сана, что въ концѣ-концовъ ставилъ даже вопросъ, кто выше-государь самодержецъ или онъ, патріархъ самодержецъ? На этомъ корнѣ возродилась и разросталась упомянутая распря. Само собою разумѣется, что царская Полата, царскій синклитъ, то-есть все боярство было на сторонѣ государя, тѣмъ болѣе, что Никонъ въ сношеніяхъ съ царскою Полатою давалъ ей сильно чувствовать свое высокоуміе и высокомѣріе.
Его невыносимое поведеніе сдѣлалось, наконецъ, предметомъ общаго разсужденія и осужденія. Но боярство не имѣло законнаго да и нравственнаго права судить и осуждать патріарха, какъ церковнаго владыку, котораго могли судить только высшія же церковныя власти. Въ самый разгаръ смуты и пререканій (въ 1662 г.) въ Москву прибылъ Газскій митрополитъ, родомъ Грекъ, Паисій Лигаридъ, человѣкъ въ высокой степени образованный и умный. И для Никона, и для синклита онъ являлся тою нейтральною, третьею стороною, которая могла разсудить дѣло по справедливости; для синклита же онъ являлся полнымъ авторитетомъ, какъ высокая церковная и притомъ ученѣйшая власть, которая могла по праву опредѣлить, справедливы ли и вѣрны ли обвиненія и обличенія дѣлъ Никона.
Съ этою цѣлью, какъ представитель царской Полаты и несомнѣнно по волѣ самого государя, Семенъ Лукьян. Стрѣшневъ подалъ Паисію длинный списокъ вопросовъ, числомъ 30, о различныхъ дѣяніяхъ Никона, а отчасти и о правахъ царя, прося рѣшительныхъ отвѣтовъ на эти вопросы, для представленія самому государю. Почему именно Семенъ Лукьян. явился ходатаемъ въ этомъ случаѣ, это можно объяснить особою близостью его къ государю, а также и тѣмъ обстоятельствомъ, что онъ самъ испытывалъ въ это время суровую тяжесть Никоновскаго самоволія и самоуправства. Никонъ наложилъ на него церковное проклятіе за то, что будто Семенъ Лукьян. у себя въ дому, назвався самъ патріархомъ, творилъ благословеніе попатріарши и сверхъ того еще научилъ свою собаку сидѣть и передними лапами благословлять какъ патріархъ, въ поруганіе благословенію Божію, и называлъ собаку Никономъ патріархомъ. Никонъ узналъ объ этомъ, какъ самъ же свидѣтельствовалъ, только по слуху. На соборѣ, который въ лицѣ Вселенскихъ патріарховъ судилъ Никона, царь Алексѣй Мих. утвердилъ, что Стрѣшневъ передъ нимъ, государемъ, сказалъ съ клятвою, что ничего такого не бывало.