Въ 1584 г. Грозный царь, умирая, поручилъ сына Ѳедора попечительству особой думы, боярамъ Ив. Петр. Шуйскому, Ив. Ѳед. Мстиславскому, Никитѣ Романовичу Юрьеву, Годунову и Богдану. назначивъ Богдана въ дядьки церевичу Дмитрію и попечителемъ надъ родствомъ Нагихъ.
Поспѣшное удаленіе царевича Дмитрія изъ Московскаго дворца въ Угличъ, въ ту же ночь, какъ только скончался царь Иванъ, произвело въ народѣ большое волненіе и смуту. Несмѣтная толпа собралась передъ Спасскими воротами, выдвинула къ нимъ царь-пушку и намѣревалась пробить ворота, требуя выдать Богдана за то, что онъ съ своими совѣтниками царя Ивана уморилъ и еще хочетъ побить бояръ, погубить и царя Ѳедора Ивановича, и царскій родъ изгубить, и прочитъ на царство совѣтника своего Бориса Годунова. Такъ гласъ народа, гласъ Божій, уже чувствовалъ и понималъ коварныя дѣла Годунова.
Вышедшіе къ народу бояре успокоили толпу повелѣніемъ царя Ѳедора сослать Богдана въ Нижній, что и было исполнено; конечно, вмѣсто царя повелѣвалъ Годуновъ, и потому дѣло Богдана ограничилось только ссылкою. Черезъ семь лѣтъ, въ 1591 г. онъ является во дворцѣ попрежнему въ должности оружничаго, которая, повидимому, и не снималась съ него во все время опалы. Въ послужномъ спискѣ бояръ не видно, чтобы вмѣсто Богдана числился оружничимъ кто-либо другой.
Въ должности оружничаго Богданъ въ 1592 г. воевалъ въ Финляндiи, начальствуя надъ огнестрѣльнымъ снарядомъ. Въ 1593 г. велъ переговоры о мирѣ съ Крымскимъ ханомъ. Въ 1594 г. устроивалъ засѣки на Ливенской окраинѣ.
Съ воцареніемъ Годунова Богданъ получилъ чинъ окольничаго въ 1599 г. и вскорѣ (іюля 24) былъ посланъ строить на Донцѣ городъ Борисовъ. Онъ поѣхалъ туда, говоритъ лѣтописецъ, съ великимъ богатствомъ, взявъ съ собою своихъ дворовыхъ и много всякаго запасу. Борисъ послалъ съ нимъ много ратныхъ людей для постройки, а также и для поселенія казаковъ и стрѣльцовъ и посадскихъ людей. Богданъ выстроилъ городъ на славу и очень скоро, потому что ратныхъ людей поилъ и кормилъ по вся дни и бѣднымъ давалъ деньги и платье и запасы. За это всѣ начали его прославлять и блажить; пронеслась отъ ратныхъ людей и на Москвѣ о немъ великая похвала, чего и не вынесъ подозрительный царь Борисъ. Онъ повелѣлъ его схватить и опозорить тамъ же на мѣстѣ многими позоры, а потомъ сослалъ его на Низъ въ тюрьму; вотчины и помѣстья и все имѣнье повелѣлъ взять на себя. Такъ разсказываетъ лѣтописецъ.
Нѣмецъ Беръ разсказываетъ по этому случаю, что Богданъ первый возмутилъ спокойствіе Годунова. «Исполнивъ царское порученіе, достроивъ крѣпость, Богданъ объявилъ (будто бы), что Борисъ Ѳед. есть царь Московскій, а онъ Богданъ царь Борисоградскій. Впрочемъ», продолжаетъ Беръ, «сей измѣнникъ недолго величался пышнымъ титуломъ. Борисъ велѣлъ привезти его въ такомъ уборѣ, который приличествовалъ не государю, а гнусному бунтовщику и который Богдану былъ весьма кстати». Припомнимъ, что, по словамъ того же Бера, Богданъ былъ жестокій врагъ Нѣмцевъ.
«Вмѣсто смертной казни, царь даровалъ преступнику жизнь, но велѣлъ отписать все его имѣніе и всю дворню его отпустилъ на волю, а вмѣстѣ съ тѣмъ приказалъ своему лейбъ-медику Габріелю вырвать у самодѣльнаго царя Богдана длинную густую бороду, послѣ чего сослалъ его въ Сибирь, гдѣ, вѣроятно, пропала у него охота выдавать себя за царя».
Описанный Беромъ поступокъ Бѣльскаго представляется нелѣпымъ, а потому можно предполагать, что Бѣльскій назвалъ себя Борисоградскимъ царемъ въ шутку, или все дѣло заключало въ себѣ болѣе опасное для Годунова поведеніе его стараго друга и сотрудника въ пріобрѣтеніи царскаго сана.
Продолжая свой разсказъ, Беръ объясняетъ, въ чемъ именно состояла вина Бѣльскаго. Онъ пишеть: «По усмиренію сего крамольника явились другіе зложелатели Борису: то были четыре брата Никитичи (Романовы), которые… по смерти царя Ѳедора могли бы взойдти на престолъ… Они были раздражены поступками царя съ Богданомъ Бѣльскимъ: однако таили свою злобу и всегда казались покорными, между тѣмъ, наученные неудачею Бѣльскаго, замышляли инымъ средствомъ избавиться отъ Бориса— отравою. Собственные ихъ слуги открыли сей умыселъ: Никитичи лишились всего, что имѣли, и были сосланы подобно первому измѣннику».
Какъ только померъ царь Борисъ и началось крушеніе Годуновыхъ, Бѣльскій тотчасъ появляется изъ ссылки въ Москвѣ и именно во дворцѣ преданнымъ слугою Самозванца. Толпа мятежниковъ, ворвавшаяся во дворецъ, намѣревалась попировать въ царскихъ винныхъ погребахъ, но была остановлена Бѣльскимъ, разсудительнымъ и ласковымъ его замѣчаніемъ, что такъ будетъ нехорошо, если пріѣдетъ новый царь Дмитрій и найдетъ погреба свои пустыми. Онъ при этомъ указалъ на погреба Нѣмцевъ, царскихъ врачей, которые и были опустошены и дома ихъ разграблены. Беръ объяснялъ этотъ подвигъ Бѣльскаго его мстительною ненавистью къ Нѣмцамъ за то, что умершій уже лейбъ-медикъ Габріель по царскому повелѣнію выщипалъ ему бороду, какъ упомянуто выше.
Когда торжественно Самозванецъ въѣхалъ въ Кремль и все приняло должный порядокъ, Бѣльскій вышелъ изъ дворца съ нѣсколькими князьями и боярами, сталъ на Лобномъ мѣстѣ, произнесъ къ народу рѣчь, славилъ Бога за спасеніе государя и убѣждалъ народъ быть вѣрнымъ новому царю, истинному сыну царя Ивана Васил. Потомъ снялъ съ груди крестъ съ ликомъ Чудотворца Николая, поцѣловалъ оный и воскликнулъ: «Берегите и чтите своего Государя». Народъ въ одинъ голосъ отвѣчалъ: Богъ да сохранитъ царя и погубитъ всѣхъ враговъ его.
За эти заслуги Самозванецъ наградилъ Бѣльскаго боярскимъ чиномъ. При Шуйскомъ повый бояринъ былъ удаленъ на воеводство въ Казань въ 1606 г., гдѣ послѣ Шуйскаго, когда Москвою овладѣли Поляки и всѣ, кто не хотѣлъ Польскаго королевича, присягали Тушинскому вору, онъ воспротивился этой присягѣ, указывая, что надо присягать тому, кто будетъ царемъ, а зазнамому Вору какъ присягать! Дьякъ Никаноръ Шульгинъ подговорилъ возмутившійся народъ убить его. Его схватили, взвели на верхъ высокой башни и кинули оттуда на землю: онъ расшибся до смерти. Между тѣмъ на третій же день пришла въ Казань вѣсть, что Тушинскій воръ убитъ. Народъ раскаивался и въ присягѣ Вору, и въ убійствѣ Бѣльскаго.
Еще въ 1602 г., находясь въ заточеніи въ Сійскомъ монастырѣ, старецъ Филаретъ Романовъ, бывшій бояринъ Ѳедоръ Никитичъ, въ разговорѣ говорилъ, между прочимъ, о Бѣльскомъ слѣдующее: «Про бояръ, окружавшихъ тогда Годунова, про всѣхъ говорилъ, не станетъ де ихъ съ дѣло ни съ которое; нѣтъ у нихъ разумнаго; одинъ у нихъ разуменъ Богданъ Бѣльскій, къ посольскимъ и ко всякимъ дѣламъ добрѣ досужъ…»
Его богатое имущество, рухлядъ, какъ въ то время называли всякое домашнее имущество, по какимъ-то случайностямъ сохранилось и во время полнѣйшаго разоренія всего Московскаго государства и всѣхъ сколько-нибудь достаточныхъ людей. Оно поступило въ собственность новоизбраннаго царя, хранилось особо въ государевомъ Верху, т.-е. не на Казенномъ Дворѣ, а въ комнатахъ самаго Дворца, откуда мало-по-малу и поступало въ расходъ. Выше мы упоминали, что молодой царь воспользовался даже и богатыми сорочками Бѣльскаго, которыя были ему поданы 19 декабря 1613 г. Октября 8 того же года эти сорочки были переданы въ государеву казну на Казенный Дворъ, съ другими предметами наряда, описанными слѣдующимъ образомъ: опашень сукно шарлатъ червчатъ, петли и круживо плетеное серебряно, да круживцо жъ узкое серебряно кованое нѣмецкое; 15 пугвицъ серебряны золочены, цѣна 27 р.; кафтанъ отласъ золотной шолкъ лазоревъ да червчатъ, подложенъ тафтою червчатою, цѣна 14 р.; наурузъ сукно червчато, веревки и петли и полки низаны жемчугомъ мелкимъ, цѣна 1 р.; 2 рубашки (сорочки) да двои портки тафта червчата, да 2 рубашки да двои портки тафта бѣла, у всѣхъ по швомъ пояски золотные и плетеные и петли золотные жъ, у всѣхъ на вороту 373 зерна жемчюжныхъ, цѣна всѣмъ 36 р. (см. выше, стр. 261).
Въ разное время въ 1613 и 1614 годахъ государю подавали различные предметы Богдановскаго наряда.
1613 г. сентября 22, по требованію государя, на станъ въ село Танинское послана цѣпочка золотая съ жемчуги. 30 числа государь пожаловалъ Борису Морозову, впослѣдствіи знаменитому боярину, вошвы алтабасныя ветчаныя, что снесены съ Верху изъ Богдановской рухляди. Ноября 7 государь пожаловалъ одному жильцу Богдановскую «шапку бархатъ таусинной, исподъ лапчетой лисей, околъ соболій».