Герметики и «философы-химики», так же, как многие их современники, ожидали (а некоторые активно содействовали процессу) комплексной и радикальной реформы церковных, социальных и культурных институций. В первую очередь предстояло реформировать саму парадигму знания. Опубликованный в 1614 г. небольшой анонимный трактат "Fama Fraternitatis" предлагал новую систему образования. Автор поведал о существовании некоего тайного общества розенкрейцеров. Его основателем назван Христиан Розенкрейц, представленный как человек, овладевший "истинными тайнами медицины" и, следовательно, всех остальных наук. Своими знаниями он поделился в многочисленных сочинениях, обращенных, однако, исключительно к розенкрейцерам.[708] Автор трактата призвал всех европейских ученых к объединению усилий, направленных на реформу знания, стимулирующую обновление западного мира. Данный призыв получил значительный отклик. Меньше чем за десять лет было выпущено несколько сотен книг и брошюр, посвященных программе, предложенной розенкрейцерами.

Иоганн Валентин Андреэ — по мнению некоторых историков, автор трактата "Fama Fraternitatis" — в 1619 г. опубликовал свой «Christianopolis», возможно, вдохновленный сочинением Бэкона "Новая Атлантида".[709][710] Андреэ предложил сформировать сообщество ученых в целях разработки новой системы образования — на основе изучения "химической философии". В утопическом Христианополисе образовательным центром служила лаборатория, "где обвенчались Небо с Землей" и "были раскрыты божественные тайны, запечатленные в рельефе страны".[711] К многочисленным сторонникам реформы знания, провозглашенной в "Fama Fraternitatis", относился и Роберт Фладд, член Королевского Медицинского колледжа, также активный адепт мистической алхимии. По мнению Фладда, к изучению натуральной философии стоит приступать, лишь глубоко познав оккультизм. Изучение микрокосма, т. е. человеческого тела, позволит познать Вселенную, а в результате — и ее Творца. Более того, познавая Вселенную, тем самым познаешь и самого себя.[712]

Лишь недавно стало известно о причастности Ньютона к данному интеллектуальному движению, в первую очередь направленному на обновление европейской религии и культуры посредством смелого синтеза оккультной традиции с естественными науками. Правда, Ньютон не обнародовал результаты своих алхимических экспериментов, хотя и заявлял, что некоторые из них увенчались успехом. Его многочисленные рукописные сочинения по алхимии, до 1940 г. не привлекавшие внимания ученых, были, наконец, подробно проанализированы профессором Бетти Титер Доббс в работе "The Foundations of Newton Alchemy" (1975). Профессор Доббс пришла к выводу, что Ньютон занимался в своей лаборатории исследованиями, подобными тем, которые описаны в обширной алхимической литературе, однако "с небывалым дотоле размахом" (op. cit., p. 88). В алхимии Ньютон видел средство познания структуры микрокосма, которую он предполагал использовать в качестве модели для построения своей космологической системы. Открытие всемирного тяготения, силы, которая удерживает планеты на их орбитах, поставило перед Ньютоном новую задачу. Однако несмотря на множество экспериментов, проведенных Ньютоном с 1669 г. по 1696 г., ему так и не удалось дать научную интерпретацию силам, воздействующим на корпускулы. Тем не менее, приступив в 1679–1680 гг., к изучению орбитальных движений, он опирался на «химическую» теорию притяжения.[713]

Как показали Макгваер и Реттанси, Ньютон был уверен, что в начале истории "Бог поверил немногим избранным тайны природы и религии. Это знание было утеряно, но затем вернулось, запечатленное в преданиях и мифах, только в зашифрованном виде, что делало его доступным лишь для посвященных. Однако в наше время его можно добыть посредством лабораторных экспериментов, даже еще более определенно сформулированным".[714] Из этих соображений Ньютон изучал наиболее эзотерические из алхимических сочинений, надеясь проникнуть в глубочайшие тайны природы. Характерно, что основоположник современной механики не отвергал "изначального тайного откровения", как не отрицал и возможности трансмутации. В своей «Оптике» (1704) Ньютон утверждает, что "обращение Тела в Свет и Света в Тело полностью соответствует Законам Природы, так как Природа словно вожделеет Трансмутации". По мнению Доббс, "мысль Ньютона была столь проникнута алхимией, что он навсегда остался ее приверженцем. Можно утверждать, что вся научная деятельность Ньютона после 1675 г. преследовала цель интегрировать алхимию в механическую философию" (op. cit., p. 230).

Обнародование работы «Principia» дало противникам Ньютона повод утверждать, что его «силы» — не что иное, как "оккультные свойства". Профессор Доббс признает частичную правоту критиков Ньютона, поскольку "силы в интерпретации Ньютона мало отличаются от скрытых симпатий и антипатий, описанных в оккультной литературе эпохи Ренессанса. В то же время Ньютон придавал силам онтологический статус, подобный статусу материи и движения. Данная эквивалентность, вкупе с количественным измерением силы, позволила механической философии превзойти мнимый "impact mechanism"" (p. 211). Анализируя ньютонову концепцию «силы», Ричард Уэстфол пришел к выводу, что современная наука возникла в результате слияния герметической традиции с механической философией.[715]

При этом "современная наука" демонстративно игнорировала или впрямую отвергала герметическое наследие. Иначе говоря, триумф ньютонопой механики привел к отрицанию его собственного научного идеала. В действительности, Ньютон и его современники стремились осуществить совсем другую научно-техническую революцию. Продолжая и развивая неоалхимическую традицию эпохи Возрождения, в основе которой лежало учение об искуплении Природы, столь различные мыслители как Парацельс, Джон Ди, Ян Амос Коменский, Андреэ, Фладд или Ньютон, видели в алхимической практике модель для осуществления не менее великой задачи, в первую очередь заключавшейся в усовершенствовании человека посредством формирования новой парадигмы знания. Своей целью они полагали интеграцию в нецерковное христианство герметической традиции и естественных наук, т. е. медицины, астрономии, механики. Данный синтез, по сути, предполагал полное обновление христианства, не менее радикальное, чем то, которое явилось следствием предшествующей интеграции в него платонизма, неоплатонизма и философии Аристотеля. Подобная реформа научной парадигмы, частично осуществленная в XVIII в., стала последней в христианской Европе попыткой овладеть "совершенным знанием".