Учреждение должности командующего ВВС и создание Военного совета значительно расширило командно-оперативные функции командования и штаба ВВС, что позволило улучшить руководство Военно-Воздушными Силами, особенно в области их оперативно-стратегического применения, повышения боевой подготовленности вновь формируемых авиационных частей и соединений, их оперативного и материально-технического обеспечения. На командующего ВВС Советской Армии и его штаб возлагалась организация борьбы за стратегическое господство в воздухе, осуществление взаимодействия между видами авиации, координация их усилий при проведении стратегических операций группами фронтов и самостоятельных воздушных операций ВВС, руководство боевыми действиями дальней бомбардировочной авиации, обобщение боевого опыта ВВС и разработка предложений по их оперативно-стратегическому применению. Кроме того, за командованием ВВС оставались функции по подготовке авиационных резервов, авиационно-техническому снабжению; разработка предложений по созданию новых типов самолетов и вооружения; руководство строительством аэродромов, подготовка и переподго-товкалетно-технического состава, обобщение и внедрение в части и соединения боевого опыта ВВС. Эти командно-оперативные функции значительно отличались от функций, которые возлагались накануне войны на начальника Главного управления ВВС{22}.
В состав Военного совета ВВС Советской Армии входили командующий ВВС и его заместители, заведующие авиационными отделами ЦК ВКП(б), нарком авиационной промышленности, начальники управлений инженерно-авиационной службы, заказов ВВС и другие руководящие работники. Во главе Военного совета стоял командующий ВВС, который как председатель Совета совместно с освобожденным членом Военного совета координировал и направлял работу всех остальных членов Военного совета. Военный совет обсуждал и решал многие вопросы деятельности авиации. Существовавшая организационная структура ВВС фронтов не обеспечивала еще в должной мере массирования сил авиации и централизованного управления ею на главных направлениях. Фронтовая авиация продолжала оставаться распыленной по общевойсковым армиям, и действия ее носили нередко разрозненный характер.
Проблема массирования и централизованного управления авиацией частично была решена в связи с образованием 10 июля 1941 г. главных командований трех направлений: Северо-Западного, Западного и Юго-Западного - и созданием при них командования ВВС. Командующими ВВС этих направлений были назначены командующие ВВС соответствующих фронтов: Северо-Западного - генерал А. А. Новиков, Западного - полковник Н. Ф. Науменко, Юго-Западного - генерал Ф. Я. Фалалеев. Для Военно-Воздушных Сил такое объединение дало положительные результаты. Например, на Северо-Западном направлении были объединены ВВС Северного и Северо-Западного фронтов, ВВС Краснознаменного Балтийского флота и части сил 7-го истребительного авиационного корпуса ПВО Ленинграда под единым руководством командующего ВВС Северо-Западного направления. Был разработан и принят к осуществлению единый план боевых действий всей ленинградской авиации. Он не только давал возможность объединить усилия авиации, но и более экономно и результативно расходовать ее силы и получать наибольшие результаты. К концу июля 1941 г. за 22 дня боев на дальних подступах к Ленинграду объединенными силами авиации было совершено 16 567 самолето-вылетов и нанесен противнику значительный ущерб{23}. Объединение усилий авиации под единым руководством старшего авиационного начальника на стратегическом направлении положило начало новой форме управления Военно-Воздушными силами. Активно велись боевые действия авиации на западном и юго-западном направлениях.
Несколько улучшилось управление авиацией и со стороны командования и штаба ВВС Советской Армии. 7 июля 1941 г. Военный совет ВВС обобщил и проанализировал потери нашей авиации на аэродромах за первые 16 дней войны и издал директиву в адрес командующих ВВС фронтов об обязательной маскировке аэродромов и о мероприятиях, обеспечивающих снижение потерь самолетов от ударов авиации противника на аэродромах{24}. Проведение в жизнь этой директивы сыграло большую роль в дальнейшем снижении потерь самолетов от ударов вражеской авиации.
Первые дни войны вскрыли и несовершенство организационной структуры в ряде звеньев штаба ВВС Советской Армии. Для круглосуточной работы не хватало офицеров штаба ВВС. Практически к этому времени некоторые отделы еще только формировались.
Работа в штабе ВВС была исключительно напряженной. Объем работы всех отделов штаба ВВС по сравнению с объемом в мирных условиях увеличился в несколько раз. В первом отделе штаба потребовалось иметь на каждое действующее направление для двухсменной работы не менее трех-четырех офицеров, а таких направлений, где развернулись боевые действия, образовалось пять: северное, северо-западное, западное, юго-западное и южное. Кроме того, надо было иметь двух постоянных офицеров для ведения учета численности боевого состава всех Военно-Воздушных Сил, двух офицеров для подготовки боевых донесений и оперативных сводок, представляемых 3 раза в сутки в Генеральный штаб, двух офицеров для ведения карт общей наземной и воздушной обстановки и несколько офицеров для ведения оперативных документов по ВВС всех остальных приграничных и внутренних военных округов. На третий день войны к временному исполнению должности начальника штаба ВВС приступил вновь назначенный на должность заместителя начальника штаба ВВС полковник И. Н. Рухле. Заместителями начальника штаба были назначены новые офицеры - полковник Н. И. Кроленко, прибывший из штаба авиационного корпуса дальнебомбардировочной авиации, полковник Б. А. Агеев - из военной академии. На усиление ведущих отделов штаба прибыли новые офицеры, в том числе из профессорско-преподавательского состава военной академии командного и штурманского состава ВВС во главе с полковником М. В. Щербаковым. Ведущим отделом штаба ВВС стали посменно руководить полковники В. В. Стороженко и М. В. Щербаков. Эти замены и перемещения в первые дни войны отрицательно сказались на ритмичности работы штаба ВВС, так как вновь прибывшие офицеры совершенно не были знакомы с положением войск, их дислокацией, обстановкой на фронте.
В июле - августе были проведены организационные мероприятия в соединениях и частях ВВС. Они были связаны с тем, что наши авиационные соединения, корпуса, многополковые дивизии и авиационные полки, состоявшие из 60 самолетов, оказались тяжеловесными, громоздкими, затруднявшими ведение маневренных боев, что громоздкость этих соединений мешала рассредоточению самолетов на аэродромах и облегчала противнику их уничтожение на земле. Опыт боевых действий ВВС за первые недели войны показал, что авиаполки в 30 самолетов и дивизии в два авиационных полка без корпусных соединений являлись наилучшей формой организации как в смысле легкости управления, так и в смысле маневрирования при нападении противника. Поэтому ставкой ВГК было принято решение постепенно перейти к организации авиационных полков в составе 32 самолетов и авиационных дивизий двухполкового состава.
На основании решения Государственного Комитета Обороны от 7 августа 1941 г. Генеральным штабом были даны командованию фронтов и ВВС соответствующие директивы. 10 августа 1941 г. был издан приказ командующего ВВС Советской Армии.
В соответствии с этим положением ближнебомбардировочные полки фронтовой авиации стали формироваться трехэскадрильными, в 32 самолета (две бомбардировочные и одна истребительная авиационная эскадрилья по 10 самолетов каждая и 2 бомбардировщика в управлении полка). Такую же организацию стали иметь штурмовые авиационные полки, только число самолетов в каждом полку было 33.
Созданию смешанных авиационных полков соответствовала обстановка первых месяцев войны, но в дальнейшем они себя не оправдали. Были созданы однотипные полки. Приказом НКО СССР от 20 августа 1941 г. все авиационные полки, на вооружение которых поступали новые самолеты - Ил-2, Пе-2, Як-1, формировались как однотипные двухэскадрильного состава, по девять самолетов каждая, и два самолета в управлении полка, всего 20 самолетов в полку. Шел поиск путей и по созданию авиационных резервов фронтовой авиации. Опыт первых месяцев войны показал, что для наращивания сил авиации на главных направлениях действий сухопутных войск, для парирования ударов немецко-фашистской авиации, для создания авиационных группировок на вновь образуемых направлениях и решения других задач Верховное командование должно располагать крупными, мощными и высокоманевренными авиационными резервами.