Особенность устройства этих башен состоит в том, что в середине каждой из них возведен полый кирпичный столб. При помощи деревянных лестниц, помещенных внутри столба, поднимались на самый верх. Такой столб оканчивается каменной смотрильней, с которой легко обозримы окрестности монастыря на много километров. Каменные своды перекрывали только нижний ярус, остальные перекрытия были деревянными. От них сохранились мощные балки.
Кроме четырех угловых, в Новом Городе имеются две въездные башни: Казанская в середине северо-восточной стены со стороны Вологодской дороги (названная так по имени стоявшей перед монастырем, тогда еще деревянной, Казанской церкви) и Косая на середине северозападной стены (название "Косая" вызвано тем, что башня имела угловой проезд). Обе эти башни, квадратные в плане, довольно похожи по своей архитектуре. Каменного столба проездные башни не имели, а их смотрильни были деревянными. Островерхие шатры заменили в конце XVIII- начале XIX века фигурными кровлями со шпилями.
Возведение крепости Нового Города началось от угловой башни Ивановского монастыря, которая во время строительства еще продолжала стоять. В 1656 году заложили первую башню, получившую название "Вологодская". Она отличается от других восьмигранным планом, меньшей высотой и значительно более развитой архитектурной декорацией. Ее стены расчленены часто идущими горизонтальными и вертикальными тягами. В целом она очень напоминает Пятницкую башню Троице-Сергиевой лавры.
Уже следующая из башен - Казанская (1659 год) - почти лишена архитектурного убранства. Она поставлена над главным въездом в монастырь. Ее скупой, лаконичный облик характерен для всей новой кирилловской крепости. Лишь над проездной аркой с обеих сторон находились киоты в кирпичных обрамлениях, покрытые деревянными кровлями. В киотах сохранилось стенное письмо, выполненное в 1664 году кирилловским старцем Феофаном Дерголобом. Со стороны входа изображен Спаситель с предстоящими Сергием Радонежским и Кириллом Белозерским, со стороны монастыря - Знамение Божией Матери. Очень внушительны массивные створки ворот из брусьев, обитые снаружи коваными железными плитами. В одном из полотен сделана небольшая калитка. Кроме того, башня имела опускные решетки - герсы, для которых во внутренней промежуточной арке прорезана сквозная щель. Высокая кровля со шпилем, увенчанным фигурой трубящего архангела, относится к концу XVIII - началу XIX века.
В следующем, 1660 году возводят угловую Ферапонтовскую башню - в настоящее время она самая высокая постройка монастыря. В отличие от Вологодской, в ней не восемь, а шестнадцать граней. Снаружи грани ее стен слегка наклонены внутрь. Наряду с приданием башне устойчивости, это сообщает ее облику особую монументальность. Основной объем башни лишен какой-либо декорации, только ее высоко поднятая смотрильня украшена поясками, полуколонками и филенками-"ширинками" под окнами. С внешней, парадной стороны ширинки заполняли цветные изразцы очень простого рисунка - большие гладкие круги на квадратном поле. Сейчас от цветной поливы сохранились лишь отдельные фрагменты. Ферапонтовская башня послужила как бы окончательно выработанной моделью для последующих угловых башен, с той разницей, что они уже не имели такой высоты изразцовой декорации.
В 1662 году велось строительство второй въездной башни монастыря - Косой. Судя по монастырским описям, она имела такое же количество ярусов, как Ферапонтовская, и, вероятно, не уступала ей по высоте. В конце XVIII века верх ее обвалился и уже больше не восстанавливался. Объем башни сохраняли только на высоту прилегающей ограды, но при этом со стороны монастыря ее стену полностью переложили. Наружные ворота в башне были заложены.
Со стороны озера ограду замыкает стоящая на углу Белозерская башня, строительство которой началось в 1667 году. Башня выстроена по типу Ферапонтовской. От других башен ее отличает криволинейное, как бы купольное, очертание кровли над основным объемом. Оно появилось в начале XIX века. Сейчас башня заметно наклонена, хотя благодаря сужению ее объема внешние стены не выходят за пределы вертикали. При этом наклон башни и наклон столба со смотрильней не совпадают. Все это придает ей особый живописный, асимметричный силуэт, контрастирующий со строгой геометричностью очертаний остальных башен Нового Города.
Последняя из больших угловых башен, Кузнечная, замыкает стены Нового Города с противоположной стороны. Она появилась на завершающем этапе строительства крепости, в 1670-е годы, когда часть старой низкой стены Ивановского монастыря, поначалу включенная в линию новой ограды, заменили более мощной стеной. При этом сломали две старые угловые башни - Наугольную и соименную новой большой башне Кузнечную. Общая структура существующей Кузнечной башни восходит к построенным прежде угловым башням - Ферапонтовской и Белозерской. Стены ее не имеют заметного сужения кверху, смотрильня не очень высокая, что делает ее сравнительно с этими двумя несколько более грузной.
Стены Нового Города имеют по высоте три яруса (около 11 метров), в каждом из которых прорезаны многочисленные бойницы. Верхний ярус кроме обычных снабжен дополнительно бойницами косого боя, через которые во время приступа могли не только стрелять, но и лить горячую воду на осаждающих. Изнутри монастыря, в нижнем ярусе, устроено множество небольших камер, предназначавшихся, очевидно, для размещения гарнизона на случай осады. Два верхних яруса выходят внутрь монастыря в виде широких открытых галерей. По бокам въездных башен к стене изнутри пристроены помещения для караула. Часть стены между Косой и Белозерской башнями имеет в нижнем ярусе большие сводчатые палаты, чередующиеся местами с сенями, маленькими тесными кладовками и отхожими местами. Со стороны монастыря окна палат украшены кирпичными наличниками, в проемах сохранились деревянные колоды. Эта часть стен, расположенная на месте прежнего деревянного гостиного двора, повторяет устройство гостиных келий Троице-Сергиева монастыря. Есть предание, что позднее здесь устроили монастырскую тюрьму. В этой части стены имеются еще одни въездные ворота, без башни, носящие название Троицких. В них сохранились массивные, окованные металлом створки, подобные тем, что висят в арке Казанской башни.
Есть некоторые особенности и у участка стен около Кузнечной башни, возводившегося самым последним. Предшествовавшие сооружения здесь сломали не полностью. Около самой башни в толще новых стен хорошо читаются остатки старой кузницы, вероятно, относящейся к концу XVI века. Кузница продолжала существовать какое-то время уже после возведения новой ограды. В нижнем ярусе со стороны монастыря в глубине за двумя большими открытыми арками можно увидеть ее окна, ниши и часть сводов. Остаток стены кузницы прослеживается и вне новой стены, в нижнем ярусе выходящей к озеру ограды Ивановского монастыря. Основания остальной утраченной части ее стен вскрыты во время археологических раскопок. Это была большая квадратная палата, близкая по устройству с палатой под Малой Мереженной башней. Кроме кузницы, сохранена почти на всем протяжении кладка основания старой каменной ограды Ивановского монастыря, которая включена в объем новых стен.Увидеть ее можно внутри имеющихся в нижнем ярусе стены камер.
Стены Нового Города вокруг опоясывал ров. Около Вологодской башни остались следы насыпи земляного бастиона, относящегося еще к деятельности Антона Грановского.
Большое и сложное монастырское хозяйство нуждалось в различного рода складских и производственных сооружениях. Обычно такие постройки не сохраняются, но именно в Кириллове до нас дошло целиком или в остатках несколько очень редких зданий такого назначения. Не считая многочисленных помещений в нижних - подклетных этажах церквей, трапезных и крепостных башен, использовавшихся для хозяйственных нужд, в монастыре были своя поварня, погреба, солодежня, кузница, оружейная палата. Более простые по своему убранству, они возводились теми же мастерами, что и храмы, и монастырская ограда, и подчас обладали очень яркой архитектурной выразительностью. Наиболее значительное хозяйственное сооружение монастыря - сложный комплекс монастырской поварни, построенной еще в XVI веке. Поварня расположена в Успенском монастыре в одну линию с Введенской трапезной.