На протяжении того же XVI столетия здание Казенной палаты продлили в западную сторону. Эта его часть, первоначально более низкая, также выдержана в очень простых архитектурных формах.
Во второй половине XVII века над Казенной палатой было выстроено каменное Сушило - помещение складского назначения. Оно состоит из двух вытянутых палат, в середине которых проходит ряд поддерживающих своды каменных столбов. При надстройке Казенной палаты весь ее северный фасад закрыли приложенным к ней массивным кирпичным контрфорсом, прорезанным большими арочными проемами против окон палаты.
Фасады Сушила обработаны по-разному. Северный - украшен более богатыми по декору, сгруппированными по два окнами с наличниками, над которыми помещены небольшие круглые оконца. Интерьер Сушила сохранился почти нетронутым: кирпичный пол, слюдяные оконницы в окнах, деревянные брусья с вставленными в них стержнями для развешивания хранившейся здесь утвари. Это - один из очень редких примеров дошедшего до нас от XVII века интерьера гражданского здания.
В конце XVIII века в Сушиле хранились остатки оружия, уцелевшие после того, как обрушилась оружейная палата. В это время здание получило новое название - "арсенал".
Вторая надвратная церковь Успенского монастыря - церковь Преображения возведена на его юго-западной стене, обращенной к озеру. Окончена она была в 1595 году. Композиция и архитектурные формы этого памятника во многом повторяли церковь Иоанна Лествичника, но имели весьма существенные отличия. Так же, как и у церкви Иоанна Лествичника, в нижнем ярусе Преображенской церкви были устроены двухпролетные ворота. Архитектура их гораздо скромнее, чем у Святых ворот. Главное различие состояло в том, что у церкви Преображения было не четыре столба, как у всех ранее выстроенных кирилловских церквей (кроме тех, которые, как церковь Владимира или обе трапезные церкви, вообще не имели столбов), а только два. Внутри такое решение привело к своеобразной системе перекрытия храма сводами. Барабан оказался не в центре храма, а очень сильно сдвинутым к востоку. Над юго-восточным и северо-восточным углами храма (соответственно над приделами Николы и Ирины) установили два малых барабана. Как и у церкви Иоанна Лествичника, верх Преображенской церкви, завершался тремя ярусами кокошников. Алтарь также представлял в плане прямоугольник и перекрывался тремя двускатными крышицами, выходившими на восточный фасад в виде небольших щипцов. Повторялся и прием устройства с запада квадратной каменной паперти с большими арочными проемами в верхнем ярусе. Вход на паперть осуществлялся по каменной лестнице, расположенной в особой пристройке. Под папертью находилась палата, в которой пекли калачи и просфоры. Кроме сохранившегося западного, церковь Преображения имела также южный и северный порталы. Южный портал выходил над кровлей проходившей перед церковью крепостной стены. Каким образом поднимались к северному порталу - неизвестно.
Своеобразная композиция Преображенской церкви с группой трех глав, резко сдвинутой от центра храма к востоку, чрезвычайно живописна. Архитектурные формы ее по сравнению с церковью Иоанна Лествичника значительно грубее. По-видимому, это объясняется тем, что ее, как и церковь Сергия Радонежского, паперти Успенского собора и некоторые другие постройки второй половины XVI века, сооружали тогда еще малоопытные монастырские каменщики. Примечательно, что и ее, и соборные паперти монастырские описи одинаково называют "леонидовым строением".
На стенах Преображенской церкви сохранились два киота с монументальной живописью времени построения храма. На северной стене со стороны монастыря расположена храмовая композиция "Преображение". К сожалению, ее сильно переписали в XIX веке, особенно нижнюю часть. Лучше сохранилась композиция "Происхождение честных древ" на противоположной южной стене. В верхней части ее представлен трехфигурный деисус: стоящий на облаке Христос и обращенные к нему в молении Богоматерь и Предтеча. Ниже - исцеления у Силоамского источника, воду которого "возмущает" крестом ангел. Фоном для деисуса служат стройные одноглавые церковки с несколькими рядами кокошников, напоминающие формы архитектуры того времени. Сюжет связан, вероятно, с обрядом водоосвящения, который проходил у Водяных ворот. Не случайно композиция расположена со стороны озера.
Живопись этой сцены сохранилась настолько, чтобы можно было судить о ее стиле. Изящный рисунок, умелая белильная разделка одежд свидетельствуют о работе неплохого мастера.
Церковь Преображения подверглась значительным изменениям уже в XVII столетии. Тогда заложили большой пролет ворот. Повышение крепостной стены повлекло за собой уничтожение южного портала и закладку арочных проемов паперти. Особенно пострадал памятник в XVIII веке, когда сломали все три каменных барабана и вместо них сделали деревянную бутафорскую главу, совершенно чуждую архитектурным формам памятника. Эта глава не сохранилась она сгорела от удара молнии. Сейчас завершение церкви реконструировано.
Внутреннее убранство церкви Преображения сохранилось также полно, как убранство церкви Иоанна Лествичника. В XVIII-XIX веках монастырь оскудел и ему не под силу стало вести большие работы по переустройству храмов. Служба в большинстве из них совершалась лишь по нескольку раз в год, благодаря чему в полузаброшенных церквах и уцелели древние тябловые иконостасы. В главном четырехъярусном иконостасе сохранились от первоначального периода фрагменты тябла с "травами" по золотому фону, царские врата и почти все иконы, за исключением праздничного ряда, который был написан позже. Кроме этого, дошла часть первоначального иконного убранства приделов великомученицы Ирины и Святителя Николая: двое царских врат со столбиками, местная икона Св. Николая в житии "строения старца Леонида Ширшова" и прелестная небольшая икона Св. Ирины.
Интересен состав деисуса иконостаса. Первоначально он состоял из 15 икон, среди которых было 6 икон с изображением русских Святых: московских митрополитов Петра и Алексия, ростовских чудотворцев Леонтия и Исайи, преподобных Кирилла Белозерского и Дмитрия Прилуцкого (или Кирилла Новоезерского). Две последние иконы с изображением преподобных не сохранились, по документам не удается с точностью установить, какой из преподобных был представлен на одной из утраченных досок. Но, в любом случае, в Кирилловом монастыре, среди прочих сохранившихся иконостасов XVI века нет другого с таким большим числом русских Святых в деисусном ряду. Можно по-разному объяснять эту особенность. Одна из причин может заключаться в том, что храм сооружался на собственные средства, собственными каменщиками и программа иконостаса, вероятно, создавалась в самом монастыре. Поэтому вместо каноничных традиционных изображений появился еще один ростовский Святитель (Исайя) и преподобный, связанный либо с Вологдой, либо с Новоезерским монастырем.
Иконостас написали несколько художников. Технические изобразительные приемы их творчества чрезвычайно близки: очень похожа моделировка ликов на всех иконах, приемы высветлений пунктиром, любовь к орнаменту, употребление жидкой синей краски глухого оттенка. Но при этом по уровню мастерства иконописцы значительно отличались друг от друга. Самому опытному и талантливому принадлежат царские врата и часть икон в местном ряду. В храмовом образе "Преображения" поражает контраст между горками, написанными предельно обобщенно, со смелым укрупнением деталей и скрупулезной выписанностью небольших фигурок.
Особенно выделяется икона с изображением Николая Чудотворца в рост на золотом фоне. Фигура Святителя изящна и торжественна, линии силуэта лаконичны и удивительно красивы, краски лежат плотным эмалевидным слоем. Совершенно необычен позем этнографически точным воспроизведением восточного ковра.
Икона Св. Ирины в местном ряду, несомненно, принадлежит другому мастеру. Перед ним стояла такая же задача, как и перед первым,- изобразить фронтально стоящую фигуру на золотом фоне. Но по сравнению со Св. Николаем изображение Св. Ирины тяжеловесно, линии силуэта грубые, сбитые, фигура неудачно размещена, фон кажется неоправданно пустым. Слабые иконы есть как в деисусном, так и в пророческом ряду. Художникам на них не удалось подчинить размеры изображений формату досок, фигуры едва втиснуты в отведенное им пространство. Но и на этих иконах лики написаны с той же тщательностью, как на лучших.