Худяков жил в юрте у многосемейного якута в антисанитарных условиях, где за перегородкой содержался скот. Он в это время не только писал научные и литературные труды, но и проводил ежедневные метеорологические наблюдения. Благодаря этой работе Худякова удалось вычислить среднюю температуру в Верхоянске. Худяков составил также якутский словарь и якутскую грамматику, написал еще ряд сочинений. Но у него началась душевная болезнь. Несмотря на хлопоты матери, его так и не переводили в больницу. В конце лета 1874 г. его перевезли в Якутск, где не было необходимых ему врачей, и только через год, наконец, поместили в иркутскую больницу, где он и умер в 1876 г.
А в это время проходил процесс "17-ти", по которому были осуждены ряд членов Исполнительного комитета, в том числе А. П. Корба, Я. В. Стефанович, М, Ф. Грачевский. Большинство из них приговорили к длительным годам каторги, а семь человек -- к вечной каторге. Причем за арест осужденного на вечную каторгу М. Ф. Грачевского начальник петербургского охранного отделения Г. П. Судейкин получил от правительства премию в 15 тыс. рублей и за свои многочисленные заслуги был назначен руководителем политического сыска по всей России. В руки Судейкина попал арестованный в декабре 1882 г. член военного центра "Народной воли" штабс-капитан С. П. Дегаев.
Судейкин, пустив в ход все методы устрашения, заставил Дегаева пойти на предательство и выдать военную организацию "Народной воли". Для этого он должен был при помощи охранки устранить всех старых, опытных народовольцев и заново создать революционное подполье террористов, став в нем диктатором. Это, по замыслу Судейкина, позволило бы ему осуществлять то убийство чиновников (руками террористов), то раскрывать заговоры и расправляться с революционерами (руками охранки). Таким образом, он хотел оказывать давление на правительство посредством террора и на террористов силами охранки. Для осуществления плана Дегаеву был устроен фиктивный побег из-под стражи.
Но Дегаев стал опасаться возмездия за предательство со стороны народовольцев и сам явился в заграничный центр "Народной воли", признался во всем, взяв на себя обязательство убить Судейкина. Но по приезде в Россию, как это обнаружил Герман Лопатин, Дегаев занял двурушническую позицию. Разоблаченный Лопатиным, он был вынужден исполнить данное обещание с помощью двух народовольцев, а затем эмигрировал за границу.
Наступил 1885 год. До далекого Верхоянска долетела весть о смерти в Шлиссельбургской крепости И. Н. Мышкина. Тяжело переживал Войноральский утрату еще одного старого друга. Мышкин не мог смириться с вынужденным бездействием и медленным умиранием в застенках тюрьмы, бесчеловечным обращением с политическими заключенными. Он решил ценой жизни добиться суда над собой, а там показать всей общественности жестокие порядки Шлиссельбурга. Он понимал, что его могут убить и в самой крепости, но надеялся, что до матери дойдет его последнее письмо. Он оскорбил тюремного надзирателя, бросив в него тарелкой. Но тюремные власти испугались суда и расстреляли неутомимого борца в крепости.
В этом же году в Сибирь приехал американский журналист Д. Кеннан, интересовавшийся Россией и решивший подробно познакомиться с положением политических каторжан и ссыльных.
Добравшись только до Томска, Д. Кеннан и его друг художник Фрост были обескуражены беззаконием, царившим в России. Они были поражены, по словам Д. Кеннана, тем, что в Сибири "ссылка и полицейский надзор представляет собой не наказание за совершенное преступление, а меру предосторожности для предупреждения возможных политических проступков". Д. Кеннан встретился в Томске с народниками, судившимися по процессу "193-х", в том числе с Ф. Волховским, о котором писал: "Это был умный, гуманный, энергичный человек, хорошо владевший английским языком, прекрасно знакомый с американской историей и литературой, большой поклонник Лонгфелло, стихотворения которого он перевел на русский язык... Русское, правительство может бросать таких людей, как Волховской, в уединенные прочные казематы своих крепостей, где у них седеют волосы. Оно может ссылать их в серых арестантских халатах в Сибирь, -- но настанет время, когда в анналах истории их имена будут окружены ореолом великой славы, а повествование об их жизни и страданиях послужит неиссякаемым источником геройского воодушевлен и я для всех русских, любящих и отечество".
Д. Кеннан проехал 8000 верст по Сибири, познакомившись и с политическими ссыльными, и с политкаторжанами. Но дороге на родину в США он остановился в Лондоне, разыскал Кравчинского и Кропоткина и встретился с другими представителями русской революционной эмиграции и открыто выразил свое восхищение русскими революционерами.
В 1888 г. Кеннан писал Кравчинскому: "Если Вы приедете в Соединенные Штаты к концу будущего года, Вам едва ли удастся найти человека, кто питал бы симпатию к царю и его министрам, но Вы найдете миллионы горячо и активно сочувствующих русским революционерам. За прошедший год здесь произошел резкий перелом в общественном мнении в отношении русских дел, и я полагаю, мы с Вами можем поставить себе это в заслугу. Ваша последняя книга "Русское крестьянство" была переиздана... и, видимо ее широко читали... Я получаю сотни писем со всех концов Соединенных Штатов с выражением сочувствия русским революционерам и ненависти и презрения к русскому правительству".
В 1890 г. русскую эмиграцию, да и всю прогрессивную мировую общественности потрясла страшная весть из России. Лавров среди многих ценных материалов передал Кравчинскому корреспонденцию, присланную из Восточной Сибири, о массовом самоубийстве политических каторжан в Карийской каторжной тюрьме. Это произошло в 1889 г. в связи с издевательством над политзаключенной Е. Н. Ковальской. За отказ встать перед генерал-губернатором Ковальскую решили перевести в другую тюрьму, причем при переводе подвергали унижениям и издевательствам. Узнав об этом, ее подруги по женской тюрьме потребовали увольнения коменданта тюрьмы, виновного в происшедшем. Узнав об отказе в этом, они начали длительные голодовки в течение нескольких месяцев. Но администрация не уступала. Тогда одна из заключенных Н. К. Сигида попыталась нанести коменданту пощечину. За это она была высечена плетьми. В знак протеста четыре политкаторжанки отравились и 14 человек в мужской Карийской тюрьме приняли яд. Опубликованная информация об этой трагедии за границей и широкий протест прогрессивной общественности вынудили царское правительство ликвидировать Карийскую каторгу.
Слухи о карийской трагедии дошли до Верхоянска, до Войноральского и Ковалика и облетели всю сибирскую ссылку, а потом всю страну, вызвав возмущение всех честных людей.
В это время Войноральский решил реализовать дерзкую идею -- доказать посредством опытных многолетних посадок возможность приполярного земледелия в Якутской области.
Перебравшись в Якутск, Войноральский становится заведующим образцовой казенной сельскохозяйственной фермой. Многолетние опыты приносят положительные результаты. Он пишет ряд научных статей, выпускает альбом с рисунками препарированных растений в разные периоды их развития, собирает коллекции зерен. Свои работы Войноральский пересылает в областное правление, в Статистические комитет, в Иркутское географическое общество, в местные журналы. Но в печать пока проникают только его статья "Из полярного края" и "Письма с Алдана" (напечатаны в 1896 г.).
Представляя свои материалы в Статистический комитет, Войноральский предлагал передать их в музей. С конца января 1896 г. у Войноральского завязалась постоянная переписка с его старым другом А. И. Фаресовым. В своих письмах к нему Войноральский сообщает, что послал с одним из якутов в журнал "Русское богатство" (в редакции которого работал В. Г. Короленко) письмо о возможности приполярного земледелия в Якутском крае, предлагает проект организации вспомогательных станций. Он просит Фаресова содействовать ему в том, чтобы поставить этот вопрос в каком-нибудь ученом сельскохозяйственном обществе. Надежда и воля не оставляют этого прекрасного человека: "Не пройдет еще одного года, как я смогу по закону вернуться в дорогую Россию, жизнью которой пришлось жить так долго лишь по слухам. Вы прекрасно поняли характер психологического влияния "одиночки" и, конечно, лучше, чем многие другие, поймете, что должен переживать человек накануне своего возвращения к жизни после 7-летнего одиночества в казематах и 15-летней ссылки в полярной тайге". Войноральский действует не только как ученый в области сельского хозяйства, но и как врач.