Прочистването на съдебните учреждения се извършва по инструкции на д-р Минчо Нейчев и въз основа на списъци, изготвени от комитетите на ОФ. Поради възникнали трудности при определяне на понятията „фашист“ — „антифашист“ с писмо от 4 октомври 1944 г. министърът на правосъдието обяснява: „От сведението трябва да се вижда какво е било държането на съдията извън съда, как се е изказвал върху политическите и държавните порядки преди 9 септември т. г., а така също какво е било държането му в съда главно по политическите процеси.“ В резултат на чистката по сведения, посочени от него, са уволнени 145 съдии и прокурори, по други причини — 33, при общ брой за цялата страна 618 души.

В друг доклад д-р Минчо Нейчев информира министър-председателя за цялостното прочистване на съдебната система за времето от 9 септември 1944 до 22 февруари 1945 г. Според него от 603 души съдии за фашистки прояви са уволнени 134 и в интерес на службата 28. „Това — пише министърът на правосъдието — представлява повече от една четвърт от съдийския персонал.“ От съдебните кандидати, допълнителни членове, съдии-изпълнители и нотариуси за фашистки прояви са уволнени 23 души и в интерес на службата — 6 души. От съдебните служители, които се назначават от министерството, по същите причини са уволнени съответно 9 и 15 души. Чистката засяга и служителите при затворите, които също се назначават от министерството. При общ брой 152 са уволнени 121. „Освен това — допълва д-р Минчо Нейчев — от шефовете на учрежденията е била извършена чистка на ония служители, които се назначават от тях.“ Но колко са арестуваните, изчезналите и предадените за съдене от Народния съд, министърът не съобщава.

По по-различен начин се решава въпросът с Министерството на народното просвещение. С Постановление № 202 от 20 октомври 1944 г. Министерският съвет одобрява „Наредба-закон за прочистване на преподавателския персонал в народните основни и средни училища, учителските институти и в университета и висшите училища и академии“.

В доклада на министъра на народното просвещение проф. Станчо Чолаков до министър-председателя е записано: „Мярката за прочистването на преподавателския персонал в Университета и в другите висши училища и академии не може да се смята за накърняване на така наречената академична свобода и университетска автономия, защото критерий при прочистването на преподавателския персонал ще бъде не научната и преподавателската дейност на доценти, професори и пр., а извършената явно или прикрито фашистка противонародна пропаганда сред академичната младеж, както предвижда и Законът за държавните служители, направен от миналия режим.“

Съгласно Наредбата-закон провинените „досега и в бъдеще в активна, подчертана фашистка дейност“ преподаватели и учители се уволняват веднага административно. По-малко провинените се отстраняват от служба временно. С тях се започва разследване, което трябва да завърши най-късно до един месец, за да се установи категорично виновността на лицето. Доказателствата по него се събират от съответните граждански комитети на ОФ, от отделни лица от средите на ОФ, лични проучвания и най-накрая — документи.

Така по набързо изготвени списъци от комитетите на ОФ или по предложение само на някои влизащи в тях лица от улици и къщи се „задигат“ хора, набедени, че са „реакционери“. Много от задържаните са натоварени в камиони и откарани в неизвестна посока. Една немалка част от уволнените държавни служители са арестувани и предадени за разследване в милицията.

За лицата, които са търсени за разпит или задържане, но се укриват, Дирекцията на народната милиция издава специална заповед. Те се задължават в срок от пет дни, смятано от 10 октомври 1944 г., да се представят доброволно на съответните власти. Тези, които не изпълнят настоящото нареждане, и техните укриватели „ще бъдат преследвани и най-строго наказвани“.

Не са редки и проявите на посегателство върху населението главно в селата и по-малките градове на страната, извършвани от руски войници и офицери. В писмо до Георги Димитров от 12 септември 1944 г. един от партийните ръководители във Варна — К. Халачев, пише: „Голяма опасност за нас специално тук, в нашата област, представляват непрестанните случаи на грабежи и насилие, вършени от неотговорни червеноармейци.“ Подобни сигнали се получават от Добричка, Чирпанска и Ямболска околия.

На 22 септември 1944 г. Георги Димитров изпраща писмо, адресирано лично до Сталин и Молотов. В него той споделя: „Има редица случаи на насилие по отношение към местното население на заетите територии от страна на отделни военнослужещи от тиловите части на Червената армия. Например:

1. Произволно се отнема от местното население работен добитък, каруци, хранителни продукти и др. без знанието на местната власт и без оформяне по съответния начин изземването на добитъка и хранителните продукти.

2. Произволно се изземват държавни и частни моторни превозни средства и смазочни масла.

3. Някои военнослужещи в пияно състояние нахлуват по нощите в частни домове в градове и села, извършват грабежи, а в някои случаи — изнасилват жени, убиват мъже. В с. Дивдядово — Шуменско, между убитите е и един стар член на Комунистическата партия.“ Във връзка с всичко това Георги Димитров моли да се направи възможното за най-скорошно прекратяване на такива „произволни действия“.

Като резултат на 27 септември 1944 г. маршал Ф. И. Толбухин се обръща с Позив към българския народ, в който твърде двусмислено предупреждава: „Всякакви нарушения на реда, произволи и беззакония няма да се търпят и ще се считат като действия, насочени против Червената армия.“

В слово, прочетено по радиото на 3 октомври 1944 г., министърът на пропагандата Димо Казасов се опитва официално да опровергае слуховете за „отклоненията“ по неговите думи от установения от Червената армия ред. От проверката на случаите, изнесени в много писма до правителството и регентите, според Димо Казасов се установило, че това са „съвършено единични и уединени факти“, които се украсяват с измислици и разпространяват като всеобщо явление. „Правят се заключения, казва министърът, за някакво по-друго държане на германския войник.“

Запазването на регентския съвет, макар и в променен състав, показва, че на този етап правителството на ОФ смята да запази монархическата форма на управление на държавата. Но същевременно са взети мерки за „пълното изолиране на царското семейство“. Малолетният цар Симеон П, царицата-майка и княгиня Мария-Луиза са настанени в двореца „Врана“. Той е поставен под силна охрана и се наблюдава лично от директора на Народната милиция. „На Царицата внушихме — пише ЦК до Георги Димитров — да се предпазва да стане център на реакцията. Тя заяви, че в политиката няма да се намесва.“

Регентът Тодор Павлов има партийно поръчение да поддържа постоянни контакти с царицата и да информира ЦК за нейното поведение и евентуални намерения.

Княз Кирил Преславски и ген.-лейтенант Никола Михов са задържани още на 9 септември 1944 г. В края на месеца в печата се появява кратко съобщение на Дирекцията на милицията: „Бившите регенти — Кирил, Филов, Михов, както и бившият министър-председател Добри Божилов и министърът на вътрешните работи Петър Габровски, задържани от българските власти, са предадени на съветските власти за разследване.“ Това, което не се казва, е, че те са отведени в Москва.

В деня, когато регентите подписват указа за Народния съд, Кимон Георгиев и Дамян Велчев дават съгласието си на третия член на ръководната тройка в правителството „да се арестува цялата царска камарила“. Става дума за дворцовите съветници и служители на цар Борис III и неговото семейство. Между арестуваните е и сестрата на монарха — княгиня Евдокия.

С радиограма от 6 ноември 1944 г. Георги Димитров пита ЦК „какво прави нашата дама“. На регента Тодор Павлов е наредено веднага да напише подробен отчет за срещите си и разговорите с царицата. Той е изпратен в Москва седмица по-късно.