Поражение Спарты и ее союзников произошло накануне или после (мнения исследователей расходятся) решающего сражения в октябре 331 г. между греко-македонской и персидской армиями при Гавгамелах, недалеко от города Арбел. Дарий и его военачальники позволили Александру почти беспрепятственно перейти через Евфрат, пересечь Междуречье в направлении от Фапсака к древней Ниневии и даже переправиться через Тигр, ограничиваясь опустошением территорий, по которым должны были двигаться войска Александра. Для сражения была выбрана широкая равнина, где персы развернули огромную армию, включавшую не только пехоту и конницу, но и серпоносные колесницы и слонов Греко-македонская армия, далеко углубившаяся во вражескую территорию и оторвавшаяся от своего тыла, оказалась перед противником, вдвое превосходящим ее по численности. Но опять высокая выучка солдат и дисциплина, их бесстрашие и вера в свои силы и непобедимость, накопленный опыт и полководческий талант командиров, и прежде всего Александра, обеспечили победу и разгром армии персов, разноязычной, плохо управляемой, недостаточно обученной.

Победа под Арбелами открыла путь в центральные области державы Ахеменидов и положила начало ее распаду. Отложив преследование Дария, Александр повел армию в Вавилон и Сузы, сдавшиеся ему без сопротивления. В Сузах была захвачена царская казна[14] и прочее царское имущество, среди которого и ценности, вывезенные из Греции во время греко-персидских войн[15]. Лишь на пути в Персеполь и Пасаргады, древние столицы персов, македонские войска встретили некоторое сопротивление. Захватив хранившиеся здесь богатства, Александр сжег царский дворец в Персеполе — знаменитый памятник персидского зодчества и символ могущества Ахеменидов, как объясняет Арриан, в возмездие за разрушение Афин и сожжение храмов во время греко-персидских войн. Подчинив важнейшие центры Персидской державы, Александр направился в Мидию к Экбатанам, где Дарий пытался снова собрать войска, чтобы приостановить вторжение в северные и восточные сатрапии, но из-за разногласий среди его военачальников и свиты это ему не удалось. Упорно преследуемый Александром, он бежал в Гирканию и там был убит низложившими его сатрапами; преемником Дария был провозглашен Бесс, сатрап Бактрии.

По сообщению Арриана (III, 19, 5-6), еще в Экбатанах Александр отпустил домой войска греческих союзников и фессалийскую конницу, уплатив им условленное вознаграждение[16]. Этот акт означал, что, и по мнению Александра и македонян, и по мнению командиров и воинов союзных контингентов, поход против Персидской державы, провозглашенный на Коринфском конгрессе, был уже завершен. Дальнейшее продолжение войны становилось делом только Македонии или скорее македонского царя. И хотя многие из отпущенных остались в войске Александра, но остались они уже, как говорит Арриан (III, 19, 6), «на свой страх», т.е. в качестве наемников. С этого момента и цель похода, и ее идеологическое оформление меняются. После смерти Дария Александр стал считать себя законным владыкой Персидской державы. Он наказал убийц Дария, распорядился похоронить его в соответствии с персидскими традициями и начал преследование Бесса, как узурпатора.

Стремление Александра продолжить поход, чтобы подчинить все ранее подвластные персам земли, назначение на административные должности местных правителей, добровольно перешедших на сторону македонян, включение в царскую свиту персов, введение в употребление некоторых элементов персидской одежды и персидских обычаев — все это свидетельствовало о том, что Александр уже считал себя не только басилевсом македонян, но и царем персидской, а вернее — всей подвластной ему державы. Эту новую политическую доктрину принимали далеко не все македоняне из царского окружения. Недовольство вылилось в заговор против Александра, в котором был замешан один из виднейших командиров — хилиарх конницы гетайров Филота, сын Пармениона. Дело о заговоре Александр вынес на судебное решение македонского войскового собрания, большинство которого поддержало Александра. Филота и другие заговорщики были признаны виновными и казнены, был также осужден и убит Парменион, находившийся в то время в Мидии. Одновременно было проведено переформирование воинских частей: войска, подчинявшиеся ранее Пармениону, были разделены между тремя стратегами, подчинявшуюся Филоте конницу гетайров также разделили между двумя гиппархами. Кроме того, по словам Диодора (XVII, 80, 4), Александр «отобрал тех македонян, которые дурно говорили о нем, кто негодовал на гибель Пармениона, тех, кто в письмах, отправленных родным в Македонию, дурно отзывался о царских намерениях; он соединил их в один отряд под названием "отряд беспорядочных", так как боялся, чтобы они своим ропотом и свободными речами не развратили остальное войско».

Справившись с оппозицией в армии, Александр продолжил поход в северо-восточные сатрапии — Парфию, Арию, Дрангиану, Арахозию, Бактрию и Согдиану. Но обстановка в этих сатрапиях и отношение к македонянам и грекам были совершенно иными. Уцелевшие сатрапы и местная знать, пользуясь крахом державы Ахеменидов и надеясь на труднодоступность своих резиденций, рассчитывали сохранить независимость. Бактрийская конница и другие воинские контингенты из восточных сатрапий, составлявшие наиболее боеспособную часть персидской армии, отступив к границам своих земель, стали оказывать упорное сопротивление завоевателям. Греко-македонская армия испытывала трудности со снабжением, проходя по опустошенным врагами или бесплодным территориям, в тылу у нее неоднократно вспыхивали восстания, но тем не менее она упорно двигалась на восток. Потребовалось около двух лет, чтобы подчинить население Согдианы и Бактрии, неоднократно восстававшее против македонского господства; приходилось строить города-крепости, оставлять там сильные гарнизоны.

Постепенно изменялся состав армии: уменьшилось ее греко-македонское ядро в результате потерь и за счет размещения части воинов в гарнизонах завоеванных сатрапий, а ее пополнение все более осложнялось огромным расстоянием, отделявшим армию от родины. Александр все чаще прибегал к набору воинов из подчиненных местных племен (ко времени индийской кампании в состав армии входили отряды даев, согдов, бактрийцев и др.), в управлении армий возросло значение военачальников из персов и из местного населения, обязанных своим положением Александру. Вместе с этим изменилось моральное состояние армии: цели похода уже не казались столь возвышенными, усилились тенденции к грабежу и личному обогащению, упала и дисциплина; для ее поддержания приходилось прибегать к жестким мерам (например, уничтожение накопленного обозного имущества). Все это находило отражение и в настроениях ближайшего окружения царя. Вновь возник заговор против Александра, вошедший в историю как «заговор пажей», т.е. знатной молодежи, несшей охрану царя. Древние авторы связывают с этим событием также опалу и казнь придворного историографа Каллисфена, племянника Аристотеля (сочинения которого впоследствии легли в основу апологетических «Историй Александра»), и смерть Клита, одного из близких друзей Александра, убитого им во время пира. Причину всего случившегося они видели в изменении характера и взглядов Александра, в его попытках навязать восточные, варварские и деспотические обычаи и идеи «свободолюбивым» эллинам и македонянам. Но эта морализующая оценка событий отражает лишь внешнюю сторону отмеченных выше изменений в армии. Основная масса воинов и командного состава, по-видимому, продолжала поддерживать Александра, и подавление заговора пажей не повлекло за собой каких-либо изменений в структуре и управлении войском. Однако самый факт заговора заставил Александра, по словам древних авторов, отказаться от намерения ввести обычай проскинесиса (падение ниц перед царем).

Подчинив среднеазиатские сатрапии отчасти силой, отчасти привлечением на свою сторону местной знати (в этом плане можно рассматривать и брак с Роксаной, дочерью одного из бактрийских династов), Александр направился весной 327 г. на юг, в Индию, о богатстве которой рассказывались легенды, и потому этот поход не встретил оппозиции в армии. Индийская кампания также длилась около двух лет. В результате сражений и с помощью мирных переговоров Александр подчинил западные царства, расположенные в Пятиречье (по притокам Инда). После победы над Пором, правителем наиболее сильного из них, македонская армия вышла к Гифасису — восточному притоку Инда, откуда открывался путь в Восточную Индию, в долину Ганга, о чем греки узнали лишь впервые. Согласно античной традиции, Александр, одержимый идеей подчинить всю ойкумену, был намерен продолжить поход, но армия, утомленная битвами и переходами в непривычных условиях, отказалась от дальнейшего движения на восток. Среди солдат начались волнения; созванное Александром совещание военачальников также высказалось за возвращение на родину.