Перший оригінал залишився у Посольському приказі, але й цей документ, так само, як і оригінал 23-статейного проекту договору, там відсутній. Дослідники висловлювали припущення, що ці документи могли бути свідомо знищені. Між іншим, після 1709 р. дяки московських архівів за наказом Петра І безуспішно розшукували український оригінал договору.
Посли Богдана Хмельницького Самійло Богданович і Павло Тетеря, повернувшись в Україну, привезли оригінали одинадцяти статей, а також царських грамот, про які зазначено (за описом, знайденим мною в українській рукописній книжці початку XVIII ст.): "Богословие и государево имя писано золотом, печать большая под кустодією". Оригінали жодної з царських грамот в Україні не збереглися. У Москві, в Посольському приказі є їх чернетки з численними виправленнями, викресленнями, дописками. Привезені в Україну документи Богдан Хмельницький прилюдно не оголошував. Безперечно, він не був задоволений тим, що царський уряд не прийняв кількох істотних положень, на яких наполягав гетьманський уряд. Цим договором обмежувалось право дипломатичних зносин України, встановлювався нагляд за її фінансовою політикою, ставилась під сумнів автономія української церкви. Найбільшу тривогу викликав намір царського уряду посилати своїх воєвод в Україну, всупереч чітко заявленій у 16-й статті першого варіанта українського проекту договору позиції гетьманського уряду. Можливо, гетьман не хотів оприлюднювати договірні документи тому, що побоювався різко негативної реакції козацтва і старшини.
Отже, конкретні умови об'єднання України з Росією були відомі лише близькому оточенню Богдана Хмельницького.
Уже після смерті гетьмана, коли московський посол В. Кікін приїхавши в Україну, зазначав у своєму статейному списку, що на раді 25 серпня 1657 року старшина і козаки вимагали від "гетманича" (Юрія Хмельницького) і генерального писаря Виговського, щоб вони "показали всьому війську всі ті статті, котрих просили в царя Богдан Хмельницький і все Військо через своїх посланців, бо ми всім військом досі нічого не знаємо, чим нас на те військове челобиття великий государ пожалував". Статті були зачитані перед обранням Виговського гетьманом і, мабуть, потім були втрачені. В усякому разі, вже через 15 років після укладення договору, ще за царя Олексія Михайловича, гетьман Лівобережної України Дем'ян Многогрішний на звертання Посольського приказу надіслав українсько-польські та українсько-російські договори за 40-60-ті роки XVII ст. у Москву, однак "Богданових статей" йому так і не вдалося знайти.
Існував іще один варіант договору — з чотирнадцяти статей. Його подав московський посол князь Трубецькой на козацькій Раді у жовтні 1659 р., де Юрія Хмельницького знову було проголошено гетьманом. Трубецькой представив ці чотирнадцять статей як "Статті Богдана Хмельницького з додатками", що насправді були підробкою царським урядом офіційного державно-дипломатичного документа. Не тільки додаткові статті обмежували державні права України, а й сам текст статей представлений царським воєводою, був сфабрикований, являв собою значно змінену не на користь України редакцію, зокрема, у праві виборності гетьмана, дипломатичних стосунків, автономії української церкви. Воєводи з залогами царських військ за цими статтями тепер розміщуватись мали не тільки у Києві, де вони перебували з 1654 р., а й у Переяславі, Чернігові, Ніжині, Брацлаві, Умані.
Трубецькой заманив до свого табору Юрія Хмельницького і старшину, які, потрапивши у безвихідь, змушені були присягнути на цьому фальсифікаті. Навіть більше — Трубецькой за вказівкою царя з метою популяризації саме цих нових змінених статей і закріплення їх у свідомості українського суспільства наказав київському воєводі Шереметєву надрукувати їх текст разом з присяжними підписами старшини і розіслати в усі козацькі полки, що було виконано в цьому ж році. Відтоді офіційно тільки цю редакцію вважали за договір Богдана Хмельницького і на ній присягали наступні гетьмани. Причому кожного разу вносили ще нові царські додатки й поправки, знову ж не на користь України.
Навіть в історичній літературі кінця XIX ст. з'явилися публікації, в яких стверджувалося, нібито варіант з чотирнадцяти статей і був остаточною редакцією українсько-російського договору 1654 р. На початку нашого століття дослідники-історики та юристи, спираючись на історичні джерела, спростували ці твердження і довели, що редакція з'явилася в 1659 р. Крім того, в першому томі "Полного собрания законов Российской империи", (с. 325–327) вміщено текст договору 1654 р. у редакції від 21 березня, а не у фальсифікованому варіанті 1659 р.
Майже через 340 років проблема українсько-російського договору 1654 р., його оригіналу, виникла знову. У листопаді 1990 р. газета "Літературна Україна" повідомила читачів, що після підписання договору між суверенними Україною та Росією Борис Єльцин вручив Леоніду Кравчуку подарунок — копію знайденого в московських архівах українсько-російського договору, що вважався втраченим. Це була сенсація! Леонід Кравчук у своєму інтерв'ю часописові "Пам'ятки України" з приводу повернення на Україну національних історичних і культурних цінностей "як свій перший внесок у цю справу" передав для публікації журналу текст, який привіз у Київ з Москви. Але, як з'ясувалося, це був відомий текст російською мовою другої редакції договору в одинадцяти статтях, який разом з іншими договірними документами і матеріалами переговорів був надрукований в "Актах, относящихся к истории Южной й Западной России" (Санкт-Петербург, 1878, т. 10, с. 446–452), а також в документальному збірнику "Воссоединение Украины Россией", (Москва, 1954, т. З).
Отже, український оригінал договору 1654 р. досі не знайдено, є лише списки-переклади (перекази) російською мовою.
Договір у дії, його обмеження і порушення
Спочатку договірні умови, що стосувалися спільних воєнних дій виконувалися. Об'єднані московські й українські сили весною 1654 р. виступили проти Польщі на білоруському театрі воєнних дій. Хоч і ця ситуація не свідчила про послідовне виконання умов договору. Богдан Хмельницький розраховував, що царські війська об'єднаються з козацькими для захисту України від наступу польських сил. А цар використав козацькі полки передусім для відвоювання земель, які втратила Московська держава за Поляновським миром з Польщею.
Сам цар Олексій Михайлович вирушив у квітні 1654 р. з військом на Смоленськ. Йому на допомогу Богдан Хмельницький вислав 20-тисячний український корпус під проводом полковника Івана Золотаренка, визначного військового керівника і політика. Об'єднані козацько-московські сили відвоювали Білорусію і більшу частину Литви. Міста Білорусії не чинили опору козакам, які на південних білоруських землях, сусідніх до Гетьманщини, заклали новий козацький полк. У цих перемогах важлива роль належала військовому мистецтву Богдана Хмельницького, який, залишаючи за собою верховне командування козацькими військами, продовжував розвивати далі стратегію Запорозького Війська. Він, зокрема, наказував Золотаренкові не затримуватися біля фортець, не витрачати часу на їх облогу, а громити ворога у польових битвах.
Восени 1654 р. 30-тисячна польська армія, об'єднавшись з новим союзником — кримським ханом, вирушили в похід на Україну. Пройшовши "вогнем і мечем" по Брацлавщині, це військо обернуло її на руїну.
На початку 1655 р. проти них виступив Хмельницький з козацьким і московським військом. 29–30 січня в люті морози відбулась генеральна битва в урочищі Дрижиполі під селом Охматовим на Київщині, неподалік од Білої Церкви.
З великим зусиллям вдалося Хмельницькому розірвати блокаду польсько-татарських сил і вивести свою армію з небезпеки. На полі бою з обох сторін полягло 15 тисяч чоловік, з них 9 тисяч — московського війська. Багато людей замерзло. Поляки відступили на захід, татари подалися у Крим, спустошивши по дорозі середню Київщину, забравши десятки бранців.