21 сентября был издан указ 1400, который обозначил начало захвата высших законодательных органов президентом. В тот же день Конституционный суд признал указ неконституционным. С 22 сентября по распоряжению Ельцина здание Верховного Совета было блокировано милицией и отключено от воды и электроэнергии. Таким образом, депутаты оказались на осадном положении. Указ 1400, направленный на присвоение полномочий законодательной и судебной власти, нарушал статью 278 Уголовного кодекса РФ. Выступления граждан на улицах 3–4 октября жестоко подавлялись. Тогда погибло 46 человек. Встретив сопротивление Верховного Совета и поддержавшего его граждан, Ельцин ввёл в Москву войска и начал штурм Белого Дома.
С 1992 года началось резкое ухудшение демографической ситуации. Ещё в 1991 году естественный прирост был положительным, а в 1992 году он стал отрицательным. Если в 1992 году естественная убыль населения составляла 1,5 процента, то в 1993 году – уже 5,1 процент. В 1994 году депопуляция достигла дна – 6,1 процент. Число людей до 15 лет упало с 24,5% в 1989 году до 23% в 1995 году, людей старше 65 лет выросло с 18,5 до 20,2% соответственно.
Одним из факторов сокращения населения явилось сокращение социальной поддержки населения государством. Упала продолжительность жизни: c 63 до 56 лет у мужчин, с 76 до 70 – у женщин. Демографические потери (включая нерождённых) составили свыше 10 миллионов человек. Заболеваемость сифилисом выросла в 25 раз (причём заболеваемость на Дальнем Востоке выросла в 200 раз, среди детей – в 77 раз), СПИДом – в 60 раз.
В 2 раза выросла младенческая смертность. Наибольший показатель детской смертности достигнут в 1992 году – 19,9 на 1000 детей. Сильнее всего сократилось население Чукотского автономного округа и Магаданской области, где убыль населения составила за 1991–1994 годы 35,1% и 26,5% соответственно.
Наконец, 31 декабря 1999 в 12 часов дня (что было повторено по основным телеканалам за несколько минут до полуночи, перед новогодним телеобращением) Б. Н. Ельцин объявил об отставке с поста Президента Российской Федерации:
– Дорогие друзья! Дорогие мои! Сегодня я в последний раз обращаюсь к вам с новогодним приветствием. Но это не все. Сегодня я в последний раз обращаюсь к вам как Президент России. Я принял решение. Долго и мучительно над ним размышлял. Сегодня, в последний день уходящего века, я ухожу в отставку.
Ельцин пояснил, что уходит «не по состоянию здоровья, а по совокупности всех проблем», и попросил прощения у граждан России. Дочитав последнюю фразу, он еще несколько минут сидел неподвижно, и по лицу его лились слезы, вспоминает телеоператор А. Макаров.
Исполняющим обязанности Президента был назначен Председатель Правительства В. В. Путин, который сразу же после заявления Б. Н. Ельцина о собственной отставке обратился с новогодним обращением к гражданам России. В. В. Путин в тот же день подписал указ, гарантирующий Ельцину защиту от судебного преследования, а также значительные материальные льготы ему и его семье.
Борис Николаевич Ельцин скончался 23 апреля 2007 года в 15:45 по московскому времени. Его похороны состоялись 25 апреля.
Смерть Ельцина наступила в Центральной клинической больнице в результате остановки сердца, вызванной прогрессирующей сердечно-сосудистой полиорганной недостаточностью, то есть нарушением функций всех внутренних органов, вызванным заболеванием сердечно-сосудистой системы. Ельцин был госпитализирован за 12 дней до смерти. «Он перенес довольно выраженную катарально-вирусную инфекцию, которая очень сильно ударила по всем органам и системам», сообщил в новостной телепрограмме «Вести» руководитель Медцентра управделами Президента РФ Сергей Миронов. Последнюю неделю Борис Николаевич почти не вставал с постели. У него болело сердце, а резкое ухудшение состояния здоровья наступило за последние 3 дня. 23-го утром наступило небольшое улучшение, а потом у первого Президента России дважды останавливалось сердце. В первый раз врачи смогли вернуть пациента к жизни, но во второй раз сделать уже ничего не удалось. По желанию родственников Бориса Ельцина вскрытие тела не проводилось.
Незадолго до смерти Ельцин ездил в Палестину (Иордания, Израиль, Палестинские территории), что могло, по мнению медиков, способствовать ухудшению его здоровья.
Владимир Путин позвонил Наине Иосифовне Ельциной 23 апреля 2007, также выразили свои соболезнования Ангела Меркель, Жак Ширак, Джордж Буш-младший, Гельмут Коль, Тони Блэр, Билл Клинтон.
Минутой молчания и траурным митингом почтили память первого Президента студенты и сотрудники его родного Уральского Государственного технического университета. Одну из улиц Екатеринбурга, где Ельцин долгое время жил и работал, назвали именем первого Президента.
Церемония прощания с телом Ельцина началась в 16:30 по московскому времени 24 апреля 2007 г. в Храме Христа Спасителя. Гроб с открытой крышкой, покрытый в ногах флагом России, был установлен в центре Храма, рядом с гробом был выставлен стенд с наградами Президента и его портрет. Рядом несли почётный караул солдаты Кремлёвского полка. В храм на вечер и всю ночь был открыт доступ для прощания с телом всем желающим. По сообщениям информационных агентств, проститься с Борисом Ельциным в храм Христа Спасителя пришли за это время более 25 тысяч человек. На панихиде в Храме Христа Спасителя постоянно присутствовали и принимали соболезнования члены семьи Ельцина: вдова Наина Иосифовна, дочери Елена Окулова и Татьяна Дьяченко, зятья Валерий Окулов и Валентин Юмашев, внуки Ельцина. Заупокойную литургию совершил викарий Московской епархии архиепископ Арсений (Епифанов). После церемонии гражданского прощания, которое закончилось в 12:30 25 апреля, состоялось прощание официальных лиц и представителей иностранных государств.
Чин отпевания возглавил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков) в сослужении митрополитов Кирилла (Гундяева) и Климента (Капалина). Митрополит Ювеналий прочёл послание отсутствовавшего патриарха Московского Алексия II к Путину, родственникам Ельцина и всем верующим. Во время чтения Псалтири, отпевания и заупокойной литии Ельцина поминали как «первого президента России Бориса Николаевича», а не «раба Божия Бориса», как в обычном случае. Употребление титула и отчества соответствует формуле возношения имени монарха и членов царствующего дома до отречения Николая II. (Заупокойные службы, совершавшиеся по смерти Л. И. Брежнева, Ю. В. Андропова и К. У. Черненко, имели формулу «о упокоении имярек» (крещальное имя без отчества). Церемония транслировалась в прямом эфире основными российскими (Первый канал, «Россия», НТВ) и зарубежными телеканалами.
23 апреля, то есть в день смерти Б. Н. Ельцина, Президент РФ Владимир Путин подписал указ «Об объявлении траура в связи с кончиной первого Президента Российской Федерации Б. Н. Ельцина и организации его похорон». День похорон Ельцина был днём национального траура. Похороны Бориса Ельцина были назначены на 25 апреля, а местом захоронения определено Новодевичье кладбище. Путин перенес ежегодное послание Федеральному собранию с 25 апреля на 26 апреля.
Гроб с телом Ельцина был закрыт, вынесен из Храма Христа Спасителя и на автомобиле-катафалке в сопровождении эскорта мотоциклистов довезён до Новодевичьей улицы. По пути следования катафалка от Храма Христа Спасителя до Новодевичьего кладбища были перекрыты Соймоновский проезд, Большая Пироговская и Новодевичья улицы. Затем гроб был вынесен офицерами Московского военного округа из автомобиля и поставлен на украшенный государственным флагом пушечный лафет, тягачом которого служил бронетранспортер. До ворот Новодевичьего кладбища похоронная процессия двигалась за лафетом пешком. Гроб Ельцина сняли с лафета, и 8 офицеров внесли его в ворота кладбища на руках, при этом ударил колокол Новодевичьего монастыря. Процессия проследовала к месту захоронения на центральной аллее Новодевичьего кладбища, где уже была вырыта могила, перед которой стоял небольшой катафалк. На него установили гроб, с которого был снят Государственный флаг, переданный одним из военных Сергею Собянину. Тот в свою очередь передал флаг Наине Иосифовне Ельциной.