Пышное оформление церемонии скрывало политический кризис — до конца лета 1682 года сохранялось стрелецко-боярское двоевластие, стрельцы во главе со своим командиром, заносчивым и недалеким боярином князем Иваном Андреевичем Хованским, чувствовали себя хозяевами города. Однако хованщина не удалась: самоуверенный князь не нашёл общего языка с царевной и не догадался поставить во главе приказного аппарата верных людей. Кроме мятежных стрельцов, Хованскому не на кого было опереться.
Правительнице и её окружению, хотя и с большим трудом, удалось к сентябрю собрать под Москвой дворянское ополчение. Хованского вызвали из Москвы, по дороге арестовали и вскоре казнили по обвинению в измене и «злохитром вымысле на державу их, великих государей, и на их государское здоровье», что было явной ложью. Однако устрашённые стрельцы сдались, хотя и на весьма мягких условиях: казнено было всего несколько человек и даже по фактам убийства членов царской семьи следствие не заводилось. 21 мая 1683 года был разослан указ, подводивший черту под прошлым: «...во всех городах и уездах учинить заказ крепкий, под смертною казнью... чтоб всяких чинов люди прошлого смутного времени никак не хвалили, никаких непристойных слов не говорили и затейных дел не вмещали».
«Великого ума и великой политик»
После усмирения стрельцов ситуация в «верхах» на несколько лет стабилизировалась. Софья, в отличие от братьев-царей, к тому времени была уже вполне зрелым человеком, но о её жизни до 1682 года слишком мало сведений. Известно лишь то, что её рождение было отмечено пиром, а крестил царевну сам патриарх Никон в Успенском соборе.
«Государыни царевны» были недоступны взорам подданных и иностранцев — их круг общения составляли патриарх, сёстры и другие ближние родственники; имён царских дочерей мы не встретим в официальных летописях и разрядных записях. Брак и семья для них были невозможны — о печальном опыте с заморским принцем Вальдемаром речь уже шла выше, а выдавать царевен за подданных-«холопей» было «невместно». Их уделом на всю жизнь оставались молитвы, посты и одиночество, скрашиваемое рукоделием и редкими торжественными событиями вроде царской женитьбы и рождения братьев, сестёр и племянников.
Судя по действиям Софьи-правительницы в 1680-х годах, темпераментную и решительную царевну такой образ жизни не устраивал. При жизни отца она успела оценить придворный театр с музыкой. С науками и литературным творчеством царевну познакомил придворный писатель Симеон Полоцкий, посвятивший ей несколько строк в своём богословском труде «Венец веры кафолической» (1670):
О благороднейшая царевна Софиа,
Ищеши премудрости выну небесныя.
По имени твоему жизнь твою ведеши:
Мудрая глаголеши, мудрая дееши...
Ты церковныя книги обыкла читати И в отеческих свитцех мудрости искати...
Побывавший в 1689 году в Москве француз на польской дипломатической службе Фуа де ла Невилль рассказывал, что уже во время последней болезни Фёдора Алексеевича «под предлогом того, чтобы ухаживать за братом, к которому она выказывала большую любовь, она воспользовалась случаем, чтобы вкрасться в доверие к знати, завоевать народ своими милостями и приучить и тех и других к тому, чего они никогда не видели». «Но подобный план, — заметил дипломат, — не мог бы иметь успеха без большой партии сторонников, и она решила её составить; изучив достоинства всех, она сочла, что нет никого достойнее, чтобы стать во главе её, чем князь Голицын».
Едва ли мы когда-нибудь узнаем о том, как в действительности относились к Софье придворная знать и простонародье: московиты той эпохи редко фиксировали свои чувства, и свидетельства такого рода можно обнаружить лишь случайно. Однако порой и делопроизводственные или хозяйственные бумаги содержат уникальные данные о жизни столичных «верхов». Так, ранней весной 1678 года монахи Иверского монастыря стремились освободить обитель от платежа чрезвычайного налога и «били челом Новодевича монастыря игуме-нии, чтоб она побила челом благоверным царевнам, и игумения вверху была и благоверным царевнам о сих накладных денгах... била челом, чтоб пожаловали великому государю заступили, и благоверные де царевны Евдокия и София Алексеевны реклися брату своему великому государю о тех наших делах заступить во благополучное время, а ныне де не время, потому что готуются к Божественным Тайнам». Это — первое упоминание об участии царевны Софьи в политической жизни; во всяком случае, из него следует, что двадцатилетняя царевна уже имела — по крайней мере в глазах монастырских властей — известный вес в делах.
Много лет спустя В. Н. Татищев сообщал о другом примере вмешательства царевны в публичную политику: «Великий плут Иван Милославский, ища Петра Великаго в народной любви искоренить, а царевны Софию в большее почтение привести, неколико таких скверных женщин научил в церквах кричать и ломаться, и одна была шляхетского знаменитого рода девица, которая в соборе Успенском безобразно кричала, а царевна София, приступя ко оной с заклинанием диавола, молилась... что в подлом народе в великую ей святость причли». Правда, до поры влияние царевны не выходило за пределы дворца и не противоречило традиции.
В 1682 году 25-летняя Софья стала одним из активных участников начавшейся вокруг трона борьбы — и сумела стать настоящим лидером. Она не испугалась диспута о вере, устроенного в Грановитой палате по инициативе Хованского и вождей старообрядцев. Прения едва не перешли в драку, и лишь вмешательство Софьи спасло учёного холмогорского архиепископа Афанасия от побоев. Раскольники поносили память государей Алексея и Фёдора, а когда царевна запротестовала, старообрядцы-стрельцы заявили: «Пора, государыня, давно вам в монастырь, полно царством-то мутить!» Но Софью трудно было запугать; она знала, что сами стрельцы зависят от милости двора, и, в свою очередь, пригрозила, что уйдёт с брать-ями-царями из Москвы в другие города и возвестит народу об их «непослушании и разорении». Угроза подействовала: буйные стрельцы не только отступились от раскольников, но и помогли их арестовать; предводитель старообрядцев Никита Добрынин за свою дерзость поплатился головой. Правительство перешло в наступление: указ 1684 года предписывал всех раскольников, отказывавшихся посещать церкви, «пытать и разыскивать накрепко. <...> которые с пыток учнут в том сто-яти упорно ж и покорения Святой Церкви не принесут, и таких за такие вины, по трикратному у казни вопросу, будет не покорятся, сжечь». Раскольников били кнутом и ссылали в монастыри, их имущество конфисковывали.
Политика регентши была направлена на удовлетворение дворянских чаяний: она повелела ловить, наказывать и возвращать к господам беглых холопов, в 1683 году разослала сыщиков на поиск беглых крестьян, требовала от землевладельцев регистрации купли-продажи крестьян. Правительство Софьи восстановило отменённые при Фёдоре должности губных старост, указало в 1684 году «справлять» поместья за малолетними наследниками независимо от размеров владения, осуществило земельные пожалования в связи с «Вечным миром» с Польшей (1686).
Вслед за Хованским Софья постепенно отстранила от власти интригана И. М. Милославского. Конечно, Иван Михайлович и его родственники (боярин Матвей Богданович и окольничий Ларион Семёнович) заседали в Думе, но на первое место в правительстве выдвинулся боярин князь Василий Васильевич Голицын. Возглавивший после восстания Посольский приказ (и связанные с ним Малороссийский, Великой России и Смоленский приказы), князь в октябре того же года был пожалован почётным титулом «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель». В 1682 году он возглавил военные Иноземский, Рейтарский и Пушкарский приказы и финансовые Новгородскую, Галицкую, Владимирскую и Устюжскую четверти. Главное военное учреждение, Разрядный приказ, оказалось под началом думного дьяка Василия Семёнова, которого Софья выбрала «не из знатных», «чтобы подлежал к ней и князю Голицыну». Стрелецкий приказ попал в руки ещё одного сторонника царевны — дьяка Фёдора Шакловитого, которого она сделала думным дворянином и окольничим. Таким образом, к концу года Софья и Голицын сосредоточили в своих руках руководство дипломатией и вооружёнными силами государства.