Военные расходы потребовали увеличения налогового бремени. В августе 1677 года государство отменило все церковные «тарханы» — освобождения вотчин духовных землевладельцев от налогов. Затем последовал сбор с духовенства «запросных денег» на жалованье ратным людям. Архиереи и монастырское начальство бросились в ноги боярам-«милостивцам», тесно связанным со своими родовыми обителями. Стоило руководившему финансовыми делами И. М. Милославскому заболеть, как его преемник Р. М. Стрешнев решил переложить тяжесть дополнительных налогов на всё податное население — брать «десятую деньгу» с горожан, а с сельского населения — по полтине с двора. С 1679 года началось восстановление налоговых привилегий монастырей.
Перепись населения стала основанием введения подворного обложения. В ходе военно-окружной реформы (1680) ратные люди полковой службы распределялись по девяти разрядам-округам. Наиболее обеспеченных и исправных в службе дворян и детей боярских разрешалось оставлять в старых сотнях и записывать вновь в рейтары и копейщики, а всех остальных верстать в солдатскую службу, как и всех рейтар и копейщиков недворянского происхождения. Однако по финансовым соображениям правительство так и не решилось ликвидировать старую поместную конницу.
Не удалась и реформа местного управления: в 1679 году были отменены должности губных старост под предлогом освобождения налогоплательщиков от обязанности «кормить» этих должностных лиц, но воевода без них не имел возможности контролировать территорию уезда.
Весной 1680 года царь самостоятельно высмотрел себе невесту — дочь выезжего польского дворянина Семёна Грушец-кого. Неожиданный выбор огорчил И. М. Милославского: боярин явно рассчитывал на иную кандидатку в царицы и не нашёл ничего лучшего, как невесту «тяжким поношением омерзить, представляя, что якобы мать ея и она в некоторых непристойностях известны». Историк и государственный деятель XVIII века В. Н. Татищев писал, что интрига Милославского «привела его величество в великую печаль, что не хотел и кушать». Несмотря на то что обвинение оказалось ложным, состоялись традиционные смотрины; но Фёдор не обратил внимания ни на одну из боярских дочерей. Свадьба с Агафьей Грушецкой состоялась 18 июля 1680 года в присутствии узкого круга придворных — похоже, царь опасался, что обиженные бояре могли демонстративно не явиться на церемонию. Но после брачной ночи государь «для обличения тех клевет, призвах старых бояр несколько, ея без стыда в рубашке им показал» — для удостоверения сохранённой новобрачной невинности.
Став царицей, Агафья Семёновна начала менять сложившиеся придворные порядки: появлялась на людях, сопровождала супруга на выходах и сидела с ним рядом. Она совершила переворот в женской придворной моде — носила шапку по-польски, оставляя волосы частично открытыми, и такие же шапочки, отороченные мехом, дарила своим боярыням, а ведь появление замужней женщины в таком виде по московским понятиям считалось совершенно неприличным.
Царская женитьба означала уход с первых ролей в политике боярина Милославского. Военные приказы были сосредоточены в руках клана Долгоруковых — князя Юрия Алексеевича и его сына Михаила; при дворе главную роль стали играть сделавшийся боярином царский любимец Иван Языков и новый постельничий Алексей Лихачёв.
Но радость в царской семье вскоре сменилась бедой: в июле 1681 года в Коломенском царица родила сына Илью и через неделю скончалась; вслед за матерью умер и новорождённый царевич. Убитый горем Фёдор даже не смог выйти из дворца, чтобы присутствовать на похоронах супруги и сына. Голландский резидент Иоганн фан Келлер опасался за его жизнь и предполагал: «Как бы не случилось нового горя и как бы его царское величество не умер... очень вероятно... что здесь произойдут большие изменения в правительстве и что один из царевичей от второго брака [Алексея Михайловича]... молодой человек, подающий надежды и очень уважаемый, может сменить его на троне».
Хорошо информированный голландец оказался прав — третьему царю из дома Романовых жить осталось недолго. Но последние месяцы его царствования стали самыми плодотворными. Врачи и придворные старались отвлечь больного от грустных мыслей. Это как будто удалось — Фёдор стал выезжать на охоту, увлёкся чтением — в это время в его покои из Приказа книг печатного дела доставили по его указанию 13 книг, в том числе несколько иностранных. Интересовался он и музыкой — ему были продемонстрированы некие «образцовые флейты».
Несмотря на плохое самочувствие, овдовевший царь ездил по монастырям. В феврале 1682 года вновь состоялись смотрины, в результате которых царицей стала молодая и красивая сестра будущего сподвижника Петра I адмирала Фёдора Апраксина Марфа. И вновь свадьба совершилась в узком кругу приближённых, но, судя по всему, радости новобрачным не доставила. Фан Келлер докладывал, что, по его сведениям, «этот неосторожный шаг, как и предсказывали врачи, привёл к печальным результатам, против которых они должны с трудом и стараниями искать лекарства». А В. Н. Татищев прямо указал, что «сия государыня царица, как многие достоверные утверждали, девицею по нём осталась».
Молодой царь стремился поднять авторитет Церкви и сделать русскую иерархию первенствующей в православном мире. Так появился проект об учреждении для опального Никона титула папы, под властью которого должны были находиться четыре патриарха, 12 митрополитов и 70 епископов. Но Никон умер по дороге из ссылки — и радикальных изменений не произошло, появилось лишь несколько новых епархий.
Двадцать четвёртого ноября 1681 года состоялся боярский приговор об отмене местничества — системы занятия должностей в соответствии с происхождением и заслугами рода, и в январе следующего года на совещании выборных представителей от всех чинов служилых людей царь объявил об уничтожении «братоненавистного и любовь отгоняющего» обычая. Решение не вызвало сопротивления аристократии: придворные XVII века уже делали карьеру благодаря не столько достоинству предков, сколько милости государя; к тому времени местнические споры, в которых погрязло почти всё дворянство, стали препятствием нормальной работе учреждений и военной службе.
Царь открыл в «верхе» — дворцовых покоях — «Верхнюю типографию», которая под надзором писателя и учёного Симеона Полоцкого выпускала светские книги, и школу при ней. В его короткое царствование начали действовать и другие школы: у царского духовника протопопа Никиты; у церкви Успения, «что на Успенском вражке»; училище в Заиконоспас-ском монастыре под руководством Сильвестра Медведева. Последний представил переработанный проект организации в России академии, ученики которой должны были пользоваться привилегиями: с них обещали не взыскивать отцовские долги до окончания курса, судить не в приказе, а у представителей царя и патриарха и предоставить престижную работу и чины «по их разуму» на государственной службе. Однако главную задачу академии видели в охране православной веры; её преподаватели должны были приносить особую присягу, за отклонение от православного учения им грозило наказание вплоть до сожжения на костре.
После пожаров 1676 и 1680 годов в Москве развернулось массовое каменное строительство с выдачей желающим материалов из казны в рассрочку на десять лет. Не случайно В. О. Ключевский предполагал: «Процарствуй Фёдор еще 10— 15 лет и оставь по себе сына, западная культура потекла бы к нам из Рима, а не из Амстердама». Но его дни были уже сочтены.
В последний месяц жизни Фёдор Алексеевич присутствовал на стрельбах в подмосковном селе Воскресенском, где сравнивались качества оружия разных стран — пищалей длинных «казачьих винтованных», турецких, русских и «немецких». Первым из русских царей он посетил Немецкую слободу. Государь поручил мастерам Оружейной палаты починить его компас. Но уже в начале апреля Фёдору стало хуже: всю Страстную неделю он не выходил из дворца и не присутствовал на обязательных для главы государства богослужениях. На Пасху 16 апреля он ещё смог посетить Успенский собор, но затем слёг окончательно.