Первым директором SOE, получившим прозвище КД (CD), был сэр Фрэнк Нельсон, член парламента, консерватор, бывший офицер индийской армии и бывший представитель SIS в Базеле. Хотя Нельсону исполнилось почти шестьдесят лет, он все еще спокойно выдерживал шестнадцатичасовые рабочие дни. Начав с поста главы Восточноевропейской секции, генерал-майор Колин Габбинс осенью 1940 года стал начальником оперативного отдела (обозначенным "М"). Габбинс, со временем занявший пост директора SOE, выпускник Сандхарстской военной академии, в сентябре 1939 года был откомандирован в Варшаву, чтобы возглавить там миссию MI(R).

Наиболее важные из первых операций SOE проводились во Франции рядом секций SOE, в том числе секцией F (односторонние операции SOE) и секцией RF (операции, проводившиеся совместно с французским Сопротивлением).

Первоначальные попытки приобрести во Франции хотя бы одного оперативника не увенчались успехом. Первая операция состоялась лишь в марте 1941 года — совместная операция французского Сопротивления и SOE под кодовым названием "Саванна" (Savannah). Целью миссии была ликвидация членов специальных немецких экипажей, чьи самолеты сбрасывали осветительные ракеты, указывавшие бомбардировщикам британские мишени. Но когда команда, задержавшись из-за споров по поводу средств транспорта, наконец прибыла во Францию, выяснилось, что немцы так ужесточили меры безопасности, что выполнить задание невозможно.

Первого успеха секция F добилась, 5–6 мая 1941 года забросив во Францию с парашютом Жоржа Беге. После его уведомления о прибытии без инцидентов во Францию отправились новые агенты SOE, образовавшие костяк первой агентурной сети "Автожир" (Autogiro) секции F.

К числу наиболее успешных команд 1941 года принадлежала "Жозефина Б" (Josephine В), три члена которой прибыли 11–12 мая 1941 года. 6–7 июня 1941 года они устроили взрыв такой силы, что он уничтожил шесть из восьми трансформаторов электростанции Пессак, выведя ее из строя на год. Дюжина охранников электростанции были тотчас же демобилизованы из вермахта, предстали перед трибуналом и были казнены за халатность.

В следующем месяце. 5 июля 1941 года, секция RF сбросила двойку агентов под зловещим кодовым названием "Пытка" (Torture). Их миссия провести диверсию на немецком аэродроме в Каприке близ Кана не была завершена, так как местный фермер выдал радиста вскоре после его приземления. Его партнер отказался от выполнения задания и со временем добрался до Тулузы, где организовал агентурную ячейку под кодовым названием "Легендарная" (Fabulous).

В 1941 году операции SOE во Франции не принесли очевидной пользы. По словам одного из агентов SOE:

Понесенные потери были крайне высоки. Схвачены были почти все агенты, отправленные во Францию в 1941 году. Сам я сумел ускользнуть лишь благодаря стечению ряда необычайных обстоятельств. Я все еще не принимал никакого участия в оперативной деятельности. Снаряжение и средства связи, которыми нас снабдили для первых операций, никуда не годились.

Неудачи секции F в 1941 году привели к назначению в сентябре 1941 года нового главы секции. Новый глава, полковник Морис Бакмастер, поступил в SOE в марте 1941 года и оставался там в течение длительного времени. Окончив колледж в Итоне, он служил в Париже репортером "Le Matin", затем занялся бизнесом. В 1938 году был включен в резерв и прошел курс SIS в чине капитана. В следующем году прошел службу в Британском экспедиционном корпусе и одним из последних покинул Дюнкерк.

Бакмастер прибыл как раз вовремя, чтобы стать свидетелем провала ячейки "Автожир", окончившегося арестом пятнадцати ее членов. Но SOE удалось добиться и некоторых успехов. 5–6 мая тройка парашютистов приземлилась в провинции Шер с поручением уничтожить радиопередающие вышки в Аллуи. 9 мая антенные вышки, которыми немцы пользовались для подавления радиопередач Би-би-си, были устранены без потерь со стороны команды SOE.

В сентябре Сидни Джонс прибыл во Францию на парусном судне с заданием учредить наибольшую ячейку, базирующуюся в Марселе. Эта группа, получившая кодовое название "Изобретатель" (Inventor), должна была специализироваться в диверсиях на железных дорогах и в портах. И когда вермахт в ноябре вступил в южную половину Франции, диверсанты подожгли до пятидесяти вагонов, доставлявших провизию войскам в Марселе.

И хотя в 1942 году во Франции SOE удалось добиться некоторых успехов, в Голландии его преследовали сплошные провалы. Первоначальная попытка SOE внедрить агентов в Голландию в августе 1941 года не удалась, так как вражеский патруль заметил моторную лодку, доставившую их на берег. Затем двое агентов спрыгнули в Голландии с парашютами 6–7 сентября. Из-за предательства оба вынуждены были бежать и попытаться вернуться в Англию.

В октябре SOE сбросил с парашютами Хюба Лауверса и Тиса Такониса, чтобы те отыскали пропавшую двойку. Однако радиопередатчик был настолько дефектным, что они смогли связаться с Лондоном лишь 3 января 1942 года. Фактически неисправность передатчика дала им несколько лишних месяцев свободы, потому что немецкие пеленгаторы засекли адрес, с которого Лауверс вел передачи, и 6 марта его арестовали. Три дня спустя Таконис тоже стал пленником немцев.

Неспособность SOE организовать успешную агентурную сеть — сущий пустяк по сравнению с последствиями захвата Лауверса. Лауверса заставили вести передачи в Лондон под немецким контролем. Выходя в эфир 21 марта, он был убежден, что в SOE заметят отсутствие в радиограмме контрольной отметки. В SOE пропуск заметили, но не поняли, что агент работает под контролем.

Ему не только ответили, но и известили, что 27 28 марта прибудет еще один агент Арнольд Батсен.

Прибытие Батсена положило начало операции "Северный полюс" (North Pole), которой руководили Герман И. Гискес из абвера и И. Шрайедер из Sicherheitsdienst и о ходе которой ежедневно осведомлялись Канарис, Гиммлер и Гитлер. Гискес и Шрайедер ежедневно передавали донесения Канарису по телетайпу, что исключало возможность перехвата, а тот передавал сведения Гиммлеру и Гитлеру.

Поскольку абвер и SD контролировали единственный канал радиосвязи с Лондоном, они начали операцию по дезинформации, позволившую им отлавливать агентов SOE в Голландии одного за другим. В течение двух недель прибыли еще семь агентов. Вскоре все они были либо мертвы, либо находились в немецких застенках, а немцы завладели вторым радиопередатчиком. Прямым последствием этого стало то, что еще двое агентов с радиопередатчиками, спрыгнувшие с парашютами, приземлились прямо в руки немцев. В июне и июле прибыло еще трое агентов и два радиопередатчика, что дало немцам шесть подконтрольных передатчиков.

Затем в конце июня коллекцию немцев пополнил видный представитель нидерландского правительства в изгнании Жорж Жамбро, его радист и их передатчик, который использовали для донесений о мнимом падении боевого духа и мерах безопасности в движении Сопротивления. В начале сентября немецкий комитет по встрече ждал еще четверых агентов, что дало абверу и SD еще один передатчик.

SOE продолжал действовать, даже не догадываясь, что затевают Гискес и Шрайедер. В октябре и ноябре в руки немцев попали еще тринадцать агентов. К декабрю 1942 года число захваченных немцами британских агентов достигло сорока трех. Что более важно, абвер и SD контролировали в общей сложности четырнадцать передатчиков. Передача дезинформации продолжалась до 1943 года, с января по апрель прибыли еще тринадцать агентов. Однако немцы держали всех пленных в одном месте, что привело к утечке информации; в июне 1943 года слухи дошли до британского посольства в Берне. И наконец, SOE получил весть, что восемь агентов, спрыгнувших с парашютами в Голландии 1–2 марта, схвачены немцами.

Хоть это и кажется невероятным, но глава голландской секции, пропустив предостережения мимо ушей, отправил к немцам в мае еще трех агентов и восемнадцатый передатчик. Операция провалилась лишь после того, как двое из трех новоприбывших бежали и добрались до Берна в ноябре.