Значительное сопротивление режиму С.Д. Меркулова оказывали левые силы Приморья. Большевистская организация создала областной революционный комитет РКП(б), Дальбюро ЦК РКП(б) ассигновало средства на ведение подпольной работы. 18 июня 1921 года левые партии для свержения белого правительства создали Межпартийное социалистическое бюро (МСБ), которое сформировало военно-технический отдел, взявший на себя основную работу по разложению войск Дальневосточной армии и ведению разведки в белогвардейских штабах. Большевики распространяли в воинских частях газеты и листовки, завозимые из Хабаровска и Читы, а также издаваемые на месте партизанами и подпольщиками. Особое внимание большевики уделяли работе по разложению белой армии.

В свою очередь, контрразведка пыталась выявить большевистские подпольные организации путем наружного наблюдения, внедрения агентуры, массовых облав и арестов. Например, в Никольск-Уссурийске местная контрразведка с привлечением частей гарнизона провела массовые обыски и арестовала 150 человек. Иногда в ходе массовых облав в застенки попадали невинные люди, что вызывало даже протесты прессы. В некоторых случаях власти даже были вынуждены освобождать часть арестованных[367].

Благодаря внедренной агентуре спецслужбам удавалось добыть протоколы, доклады и переписку секретного характера местной коммунистической организации и опубликовать их в местной белогвардейской газете «Заря»[368].

27 июля 1921 года Дальневосточное бюро ЦК РКП(б) постановило начать подготовку к восстанию с целью свержения белого режима. Партизаны активизировали свою деятельность: взрывали мосты, нарушали связь, обстреливали поста и казармы.

В каппелевские части под видом безработных вступили несколько десятков коммунистов и комсомольцев. Главную работу в частях белых взял на себя Военно-технический отдел МСБ. 11 августа контрразведка сообщала о том, что коммунисты имели агентуру во всех общественных и даже правительственных учреждениях, которая всеми средствами и способами старалась подорвать авторитет Временного Приамурского правительства, вела коммунистическую пропаганду среди войск[369].

По данным дальневосточного историка Ю.Н. Ципкина, к осени 1921 года в подпольные организации входило 18 % солдат и 15 % офицеров[370]. В контакт с Межпартийным социалистическим бюро вступали даже представители командования каппелевских войск, обещавшие признать ДВР и оказать помощь большевикам в совершении переворота в обмен на деньги, амнистию и обещание не расформировывать войска после успешного разрешения вопроса. Однако контрразведке Временного Приамурского правительства с помощью японской разведки удалось раскрыть эти планы[371]. Шедшие на переговоры с начальником Полевого штаба главкома НРА бывшим полковником П. Луцковым каппелевские офицеры были перехвачены контрразведкой и ликвидированы[372].

Осенью стала вырисовываться возможность двух антиправительственных заговоров: большевистского (в рамках МСБ) и эсеровского. И первые, и вторые были готовы сотрудничать друг с другом в подготовке переворота. Однако среди приморских большевиков зрела уверенность в успехе будущего выступления без участия эсеров. 27 сентября 1921 года нелегальная Владивостокская общегородская партконференция РКП(б) приняла решение о практической подготовке восстания. Однако контрразведка Временного Приамурского правительства с помощью японцев раскрыла заговор[373].

В Хабаровске контрразведка внедрила в государственную организацию ДВР своего агента Н. Антоненко, которой руководство поручило осуществлять связь с партийными и комсомольскими подпольными организациями Владивостока. Таким образом, был нанесен удар по подполью, арестовано около 100 человек. После захвата белыми войсками Хабаровска Н. Антоненко под именем Л. Кременецкая работала в контрразведке полковника Щербова[374].

9 октября 1921 года во Владивостоке начались массовые аресты. В результате провала погибли более 200 подпольщиков, в том числе ряд офицеров и солдат — членов подпольных ячеек в войсках[375]. Арестованных большевиков держали на гауптвахте. В ночь с 17 на 18 октября они были убиты офицерами контрразведки[376].

13 октября 1921 года правительство ввело «Особое положение об охране государственного порядка», ужесточало законы, ввело смертную казнь, усилило охрану государственных учреждений и правительственных чиновников, запретило все собрания без особого на то разрешения.

В декабре 1921 года перед нелегальным отъездом в Читу был арестован ответственный работник областной организации РКП(б) Я.И. Дерелло (Н.И. Дорелло). Под пытками он выдал 21 человека[377]. Контрразведка захватила на квартире у известной общественной деятельницы М.В. Сибирцевой архив подпольного горкома РКП(б), чистые бланки документов, сводки белой контрразведки, военные карты, письма нелегально работавшего во Владивостоке специального уполномоченного правительства ДВР Р. Цейтлина. Была раскрыта тайная типография. «Это говорит о том, — пишет Ю.Н. Ципкин, — какой обширной информацией владели спецслужбы приморского режима. Только протесты общественности не позволили им расправиться с Сибирцевой»[378].

В ноябре началось наступление Белоповстанческой армии из Приморья на север. 22 декабря белогвардейские войска заняли Хабаровск и продвинулись на запад до станции Волочаевка Амурской железной дороги. Но из-за недостатка сил и средств наступление белых было остановлено, и они перешли к обороне в районе Волочаевки.

В захваченном белыми Хабаровске коммунисты и комсомольцы развернули подпольную деятельность. Всей подпольной работой в районах, занятых белоповстанцами, руководил Центр в составе члена Дальбюро ЦК РКП(б) В.А. Масленникова, члена правительства ДВР И.В. Слинкина, члена Военного совета Восточного фронта П.П. Постышева.

9 января 1922 года в Хабаровске была создана контрразведка, которая начала аресты всех подозреваемых в связях с большевиками, НРА и партизанами, проводила повальные обыски, поощряла доносы. Ей удалось задержать бывшего военного комиссара Васильева и в ходе допросов получить сведения о некоторых партийных работниках. 9 февраля партизаны попытались напасть на тюрьму, но безрезультатно и с потерями — в плен к белогвардейцам попало 10 человек. Контрразведка раскрыла конспиративную квартиру в Арсенальной слободке.

В январе 1922 года контрразведка через агента А. Попова смогла разоблачить работавших в штабах белых войск большевиков. С помощью шифровальщицы Черненко был раскрыт комсомольский комитет в составе И. Климанова, В. Коношенко, А. Помилуйко, А. Цапурина и др. Предположительно последние под пытками назвали 15 имен комсомольских активистов. Правда, многие из них смогли уйти к партизанам[379].

5 февраля 1922 года части НРА перешли в наступление и 14 февраля заняли Хабаровск.

Из-за провала похода белоповстанцев, огромных масштабов коррупции белогвардейский режим поразил острейший кризис. Выходом из сложившегося положения могло стать установление военной диктатуры. Кандидатом на роль «спасителя Отечества» являлся 48-летний генерал-лейтенант М.К. Дитерихс, намеревавшийся под знаменем монархии собрать разрозненные антибольшевистские силы. Но монархическая форма правления уже не имела поддержки среди широких слоев населения, различных политических партий и даже белогвардейцев. Поэтому период нахождения у власти Верховного правителя Земского Приамурского края сопровождался террором, который, по оценке некоторых исследователей, достиг своего апогея[380].