А пока новость о смерти Александра взволновала римлян. По городу распространяются памфлеты и пасквили, порочащие покойного и его семью. Вдали от Рима — в Читта ди Кастелло, Перузе, Урбино, Камерино, Пьомбино — народ восстает против представителей Чезаре. Но особенно сильны выступления в Римской Кампанье, подстрекаемые Орсини и Колонна. Орсини возвращаются и снова захватывают свои земли. Сильвио Савелли снова завладел своим римским дворцом. Он открывает тюрьмы и отпускает на свободу пленников, заключенных туда Борджиа. Просперо Колонна ускоренным маршем прибывает из королевства Неаполитанского.
Пытаясь овладеть ситуацией, де Валентинуа хочет помешать своим врагам выступить единым фронтом. По совету своего секретаря Агапито, он напоминает Просперо Колонна о недавнем договоре по поводу брака маленького герцога Сермонеты Родриго Борджиа, сына Лукреции, с девушкой из семьи Колонна. Но с Орсини, подстрекающими народ к бунту, никакого договора быть не может. Поэтому в качестве предупреждения Микеллотто Корелла приказывает поджечь их дворец на Монте-Джордано. Чезаре, как главный капитан Церкви, размещает в Борго армию в 12 000 человек. Конечно, он может проявить инициативу. Но пока Святой престол пустует, власть автоматически переходит к Коллегии кардиналов. На следующий день после смерти папы 18 кардиналов собрались в церкви Минервы: управляющий замка Сант-Анджело испанец Франсиско де Роккамура, епископ Никастро, уверил их в своем повиновении. Он приказывает пушечным выстрелом разогнать испанских солдат, занимающих мост Сант-Анджело. Однако большинство в совете кардиналов благосклонно относится к Чезаре. 22 августа де Валентинуа утвержден во всех своих должностях. Ему поручено следить за обеспечением общественного порядка до назначения нового понтифика. По традиции, римские бароны получают послания с просьбой удалиться из Рима на время конклава. Но события ускоряются. В тот же день в Рим прибывает Просперо Колонна и размещается во дворце, из которого его так давно изгнали. Вечером сторонники Колонны зажигают огни на Капитолии. Радуется население кварталов, традиционно верных этой семье. Разумеется, Орсини немедленно направляются в ту часть города, где остались преданные им люди. Вокруг ворот Сан-Панкрацио они расставляют 2000 своих людей. Оттуда они нападают на сторонников Борджиа, поджигают около сотни домов испанцев.
К счастью, 1 сентября, видя, что силы оказались примерно равны, различные группировки решают подчиниться Священной коллегии. Войска отведены на 20 километров от Рима. Направляющиеся в Неаполь войска французов обязуются оставаться на занимаемых ими холмах.
Чезаре пытается остаться в Риме, ссылаясь на свое плохое здоровье, но, чтобы не ставить кардиналов в неловкое положение, он все-таки решает уехать из города 2 сентября. Выезд, как всегда, обставлен с большой пышностью. Его пушки и бомбарды везут на 13 повозках. На 100 крытых повозках перевозится его багаж. Его сопровождает собственная кавалерия. Сам он расположился на носилках, обтянутых темно-красной тканью, их несут 12 воинов, вооруженных алебардами. Он ослаб и похудел, его иссиня-бледное лицо покрыто нарывами. Теперь в нем трудно узнать красавца, светловолосого атлета, когда-то бросавшего вызов быкам и борцам Романьи. Но, по крайней мере, пока ему еще удается щегольнуть блеском своего сана. За носилками паж ведет его боевого коня, накрытого накидкой из черно-золотого бархата, расшитой его гербом с герцогской короной. В свите — послы Франции и Испании. Его сопровождает мать Ванноцца Каттанеи и брат Джофре. Санчию выпустили из замка Сант-Анджело и передали Просперо Колонне, который должен был отвезти ее в королевство Неаполитанское.
Высокомерно отказав кардиналу Чезарини в аудиенции у ворот Рима, Чезаре прибывает в Непи, семейную вотчину, откуда внимательно следит за тем, что происходит в Вечном городе. Он заставил поклясться 11 испанских кардиналов проголосовать в соответствии с его указаниями. Прибытие князей Церкви происходит последовательно с 30 августа по 10 сентября, пока проводятся, до 13 сентября, ритуальные церемонии папских похорон. Последними прибывают Жорж д’Амбуаз, кардинал Руанский, Асканио Сфорца, освобожденный Людовиком XII за обещание голосовать за Амбуаза, и, наконец, Людовик Арагонский, тесно связанный с Асканио Сфорца. Король Франции заключил с Чезаре тайный договор 1 сентября: де Валентинуа пообещал выступать на стороне Людовика XII против кого угодно, но только не против церкви, и повиноваться ему как вассал; взамен король обязался помочь де Валентинуа вновь захватить земли, которые тот мог бы потерять вследствие смерти Александра VI. Французы заручились голосами 11 испанских кардиналов — и это не считая почти единодушного желания 22 итальянских кардиналов (из 37 участвующих в голосовании — невиданное на предыдущих выборах количество). Они желают видеть избранным одного из своих соотечественников, но различные группировки вносят раздор — на беду Джулиано делла Ровере. Он вернулся в Рим после десятилетнего изгнания и теперь надеется извлечь выгоду из сложившейся ситуации «на благо религии и мира в Италии», — как он доверительно сообщает послу Венеции.
Чезаре далеко, и главой испанских кардиналов становится Бернардино де Карвахаль. В такой ситуации кажется практически невероятным их желание проголосовать за Амбуаза. Это становится понятно во время тайного голосования 21 сентября: Карвахаль получает 12 голосов, а Амбуаз — 13, но у Джулиано делла Ровере — 15, у Карафа — 14, у Риарио — 8.
Жорж д’Амбуаз понимает, что не имеет ни малейшего шанса быть избранным. В тот же самый вечер вместе с Асканио Сфорца и флорентийскими кардиналами Содерини и Медичи, заручившись поддержкой испанских кардиналов, он выдвигает кардинала Франческо Пикколомини-Тодескини, немощного старца 80 лет, которому жить осталось явно недолго. Этот переходный папа избран на следующий день, 22 сентября, единодушно, за исключением его собственного голоса. В память о своем дяде он берет имя Пия III.
Своим избранием новый папа был косвенно обязан де Валентинуа. Он признает это, оказав помощь Чезаре, земли которого постоянно подвергаются нападениям его врагов. Во время похорон Александра и заседаний конклава венецианцы предоставили войска Гвидобальдо де Монтефельтре и пообещали ему овладеть крепостью Сан-Лео 24 сентября. Он как раз сражался с Педро Рамиресом, управлявшим Урбино от имени Чезаре. Флорентийцы, со своей стороны, помогли Джанпаоло Бальони выгнать из Маджоне сторонников де Валентинуа, а Джакомо Аппиано — вернуться в Пьомбино. Бальони наступал на Камерино вместе с последним оставшимся в живых представителем семьи Варано. Вителли, вернувшиеся в Читта ди Кастелло, праздновали свое возвращение, пронеся с триумфом золотого тельца по улицам, чтобы уничтожить память о красном быке Борджиа. На побережье Адриатики Бартоломео Алвьяно восстановил власть Пандольфо Малатеста в Римини и Джованни Сфорца в Пезаро. К счастью, хорошо укрепленная Чезена могла продержаться, ее защищала армия Диониджи ди Нальдо из 1000 старых солдат.
Именно в это невеселое время по просьбе испанских кардиналов Пий III разрешил Чезаре вернуться в Рим. 3 октября Чезаре встречают кардиналы д’Амбуаз, д’Альбре, Сфорца и Сан-Северино. Его сопровождают только 500 пеших солдат и 150 лошадей. Всех остальных солдат он направил Людовику XII для участия в неаполитанской кампании. Изнуренный болезнью, он принимает венецианского посла Джустиниани, пришедшего навестить его во дворец Сан-Клементе. Несмотря на физическую слабость, он настроен как никогда оптимистично, разговаривает с чрезвычайной надменностью и уверяет, что скоро вернет себе все свои провинции и должности. И действительно, некоторое время спустя булла от 8 октября подтверждает его в должности викария Церкви и знаменосца. 12-го различные города Романьи снова присягают ему. 13-го Пий III направляет бреве во Флоренцию: он просит предоставить право свободного прохода де Валентинуа, который идет наказать тиранов, завладевших его территориями. Но 14 октября удача изменила Чезаре. В Риме под звуки трубы по приказу Гонзальве Кордуанского оглашен эдикт, запрещающий испанским капитанам воевать под знаменем Чезаре, предписывающий присоединиться к Гонзальве Кордуанскому и остановить Людовика XII, идущего на Неаполь. Подчиняясь этому призыву, многие солдаты Чезаре покидают его войско, среди них — некий Уго де Монкада, впоследствии ставший одним из лучших генералов Карла V. Испания заключила тайный договор с Алвьяно, Бальони и Орсини: схватить герцога или преследовать его, «пока он не умрет». Чезаре предупрежден и пытается ускользнуть из Рима 15 октября. Дезертировали две роты солдат, его сопровождают только 70 рейтар, когда у ворот Сада он наталкивается на Орсини. Его преследуют до самого Ватикана. Чтобы избежать окружения, Чезаре решает из предосторожности по крытому проходу пробраться в замок Сант-Анджело. С ним оба «римских инфанта» — Родриго и Джанни, а также его собственные внебрачные дети — Джироламо и Камилла. Орсини и Алвьяно разграбили его дворец. К счастью, Чезаре предусмотрительно вывез оттуда ценные предметы, и теперь кардинал д’Эсте должен был отвезти их в Феррару. Замок Сант-Анджело окружен, Чезаре зовет на помощь Микеллотто и Таддео делла Вольпе — командующего войсками, которые он направил французам. Оттеснив Орсини, Таддео смог пробиться через мост Сант-Анджело и присоединиться к своему повелителю. Казалось бы, еще не все потеряно.