Гонзальве Кордуанский направил в Остию три галеры и легкое весельное судно с пропускным свидетельством в королевство Неаполитанское. Чезаре больше не колеблется. Он немедленно отплывает в Ардеа. Выгрузив лошадей, он добирается до Неаполя по песчаному берегу. 28 апреля друзья и родственники встречают его с распростертыми объятиями — кардиналы Борджиа и Лорис, Джофре де Сквиллаче и его жена Санчия. Она живет в своем собственном дворце; Чезаре так и не удастся помирить ее с мужем. Гонзальве принимает Чезаре в Шато-Неф. Он рассказывает ему о том, что задумали он и покойный Пьетро Медичи против Флоренции. Чезаре мог бы участвовать в этой экспедиции, помогая ей своими связями и влиянием в Пизе, Сиене и Пьомбино. Де Валентинуа охотно соглашается: таким образом он получит возможность отомстить флорентийцам; сейчас он понял, что они его постоянно обманывали. Он начинает собирать небольшую армию. Он даже отправляет своего капитана Балдассара да Сципионе собрать вооруженных дворян в Риме. Затем он решает перейти из Тосканы в Романью, нарушая таким образом клятву, которую его вынудил дать кардинал де Карвахаль в Остии. Но Юлий II не дремлет. Предупрежденный о намерениях Чезаре, он жалуется Его Католическому Величеству, что де Валентинуа нарушил свои обещания: крепость Форли не сдалась, как это было условлено. Король Фердинанд, боясь потерять дружбу папы, дает Гонзальве приказ арестовать того, кому он только что оказал гостеприимство.
Оказавшись в затруднительном положении — с одной стороны, он дал слово — выдал пропускное свидетельство Чезаре, с другой, обязан повиноваться своему королю. Великий Капитан выбирает долг. Вечером 26 мая, накануне выступления в поход — ополчение готово, намечены встречи, бомбарды погружены на галеры, герцог приходит в Шато-Неф попрощаться с Гонзальве. Он едет в свой лагерь и прощается со своим адъютантом Педро Наварро. «Но, — говорит дворянин, — я здесь для того, чтобы вам составить компанию сегодня ночью, и не имею права спать!» Осознав вдруг, что за ним следят, Чезаре восклицает: «Санта Мария, меня предали! Как жестоко со мной поступил сеньор Гонзальве!» Нуньес де Окампо, кастелян крепости, просит его шпагу и ставит часового у двери. Снова Чезаре стал пленником. Сторонники рыцарских традиций возмущены. Капитан Балдассар да Сципионе, которому Чезаре доверил свое пропускное свидетельство, чтобы не потерять его, бросает вызов всякому, кто осмеливается отрицать вероломство короля Фердинанда Арагонского и королевы Изабеллы Кастильской. Но не находится ни одного человека, готового принять подобный вызов. Все, совершенное когда-то, в конечном итоге обернулось против Чезаре. В его камере, il forno, за двойными решетками он с горечью вспоминает собственное высказывание: «Лучше всего обманывать тех, кто прослыл мастером коварства».
Целых три месяца, используя всевозможные средства, от него пытаются добиться приказа его последним сторонникам: оставить пока еще занимаемые ими города Романьи. В Форли до сих пор сопротивляется Гонзальве де Мирамонте. И только 10 августа, добившись выдачи заложников и убедившись, что обещанные 15 000 дукатов переданы на хранение в один из венецианских банков, он выходит из крепости с опущенным копьем во главе своих 200 лучников в полном боевом вооружении. Знамя Чезаре развевается на ветру. Со всех сторон раздаются крики: «Герцог! Герцог!» На церемонии сдачи крепости присутствуют папский губернатор и дворянин, посланный Лукрецией. Так заканчивается господство Чезаре в Романье. Повсюду преследуют и уничтожают сторонников Чезаре, особенно в Камерино и Пезаро. Чезаре далеко и бессилен что-либо предпринять. Казалось бы, в 29 лет его карьера окончательно погублена.
Судьба самого Чезаре всецело зависит от Их Католических Величеств. Они настроены крайне враждебно. Они прекрасно помнят, что он является другом французского короля, их злейшего врага, и папа, поддержка которого им нужна, его ненавидит. Они уже дали указания своему послу в Риме, как только узнали, что Чезаре нашел приют в Неаполе: «Мы с крайним неудовольствием узнали о приезде герцога, и не только из политических соображений. Вы знаете, что этот человек своими преступлениями приводит нас в ужас, и у нас нет ни малейшего желания, чтобы человек с такой репутацией считался состоящим у нас на службе, даже если он передал нам свои крепости, людей и деньги. Мы написали Гонзальве Кордуанскому, герцогу Террановы, чтобы он направил герцога к нам, предоставив ему две галеры, — так он не смог бы сбежать; или же Гонзальве мог бы его направить к императору Священной Римской империи; или во Францию к жене. Пусть Его Святейшество узнает, как горько для нас сознавать оскорбление, которое было бы нанесено ему, если бы герцог де Валентинуа был принят в Неаполе, и пусть не сомневается, что герцог там не найдет пристанища и не сможет переехать в другие провинции, где он мог бы смутить покой Его Святейшества».
Испанские суверены считают, что нарушение обещания выдать пропускное свидетельство и арест Чезаре оправдывают тот факт, что не все города Романьи были переданы папе. Но когда выполнены и эти условия, они находят еще один предлог, чтобы удерживать Чезаре в заключении. В их собственном королевстве герцогиня Гандийская, вдова дона Хуана, возбуждает дело против своего шурина. Она обвиняет его в убийстве своего мужа и герцога Бисельи. Следовательно, Чезаре должен быть осужден в Испании. 20 августа его переводят из Шато-Неф в Искья, а потом везут на корабле под охраной его злейшего врага Просперо Колонны. Для пущей безопасности галера окружена целой флотилией.
В Риме наконец свободно вздохнули. Франция возмущена: ведь было условлено, что Чезаре будет освобожден, если отдаст Форли. «Слово испанского короля, как и карфагенская вера, не имеет никакой ценности!» — восклицает Людовик XII. Но все это лишь слова.
В сентябре 1504 года Чезаре ступил на берег Грао де Валенсия, откуда 75 лет назад уехал Алонсо Борха, заложивший основы величия его семьи. Бывший кардинал Валенсийский проехал по практически неизвестному ему городу, его бывшей епископской резиденции. Его заключили в крепость Чинчиллы, на горе, в 20 километрах на юго-восток от Альбасеты. Сначала заключение держалось в тайне, в его распоряжении был только один слуга, но со временем, но приказу короля, к нему были приставлены еще восемь слуг благодаря многочисленным просьбам: во-первых, испанских кардиналов — они обратились к Юлию II, который сообщил об этом королю Фердинанду; короля Жана Наваррского, подталкиваемого своей сестрой Шарлоттой д’Альбре, женой Чезаре; а особенно — Лукреции, постоянно обращающейся из Феррары то к папе, то к маркизу Мантуанскому Франциску де Гонзага, своему деверю, чтобы они просили Его Католическое Величество об освобождении пленника.
Начало процесса затягивается, возможно, из-за смерти Изабеллы Кастильской 26 ноября 1504 года: королева больше, чем ее супруг, была настроена отомстить за герцогиню Гандийскую. Проходит восемь месяцев. В мае 1505 года Чезаре, ощутив нехватку денег, просит своего шурина, короля Жана Наваррского, потребовать у Людовика XII выплаты приданого Шарлотты д’Альбре — он так и не получил обещанные 100 000 ливров. Но король недоволен Чезаре и решает лишить его преимуществ, когда-то дарованных ему. Одна за другой рушатся все надежды, но неудачи не сломили Чезаре. За время заключения он излечился от последствий своей долгой болезни и вновь обрел былую силу. Он решает бежать.
Чезаре заключен в верхней части самой высокой башни замка — башни Почестей. Внизу видны крыши городка Чинчиллы. Под каким-то предлогом он вызывает к себе коменданта крепости Габриэля Гузмана и просить назвать ему все здания, находящиеся за башней. Гузман поворачивается к нему спиной и высовывается между зубцами стены. Тогда Чезаре бросается на него, валит на землю и пытается сбросить со стены. Но противник оказывается сильнее и побеждает его. Цезарь оправдывается тем, что хотел испытать свою силу, как когда-то, борясь с крестьянами Романьи. Но такое объяснение никого не убеждает. Дан приказ перевести его в Кастилию, в крепость Медина-дель-Кампо, Ла Мота — это и крепость, и королевская резиденция одновременно.