После этого ужасного преступления всякое сопротивление прекращается. Король Фредерик, преданный своим испанским кузеном, принимает предложение, сделанное Людовиком XII: за отказ от трона он получает содержание и титул герцога Анжуйского во Франции. Со своей стороны, Чезаре получает значительные доходы во франко-арагонском королевстве и титул герцога Андрии, пожалованный ему Фердинандом Арагонским.

Колонна — союзники Фредерика Неаполитанского — потерпели сокрушительное поражение в этой военной кампании. Папа Александр VI начал захватывать их римские замки еще в начале операций в королевстве Неаполитанском. Города достались ему очень легко. С 27 июля в течение четырех дней он посещает свои новые владения, сопровождаемый эскортом в 50 всадников и 100 пеших солдат. Он направляется в Сермонету, затем останавливается в Кастельгандольфо. После обеда катается на лодке по озеру Альбано, а с берега в этот момент доносятся возгласы: «Борджиа! Борджиа!» и стреляют в его честь из мушкетов. На время своей поездки он оставил управление Ватиканом и текущими делами Церкви Лукреции. Молодая женщина занимает его апартаменты. Она распечатывает письма, адресованные Святому отцу, и отвечает на них, предварительно посоветовавшись с одним из кардиналов курии. Буркард передает ее разговор с кардиналом Лиссабонским. Прелат говорит ей: «Когда папа излагает какое-нибудь дело в консистории, вице-канцлер или, если он отсутствует, другой кардинал записывает предложенные решения; значит, надо, чтобы кто-нибудь записал нашу беседу!» Лукреция отвечает, что она в состоянии писать, и кардинал ее спрашивает: «Где ваше перо?»; Ubi est penna vestra? Молодая женщина прекрасно понимает игру неприличных слов — penna обозначает также мужской половой орган. Она смеется и отказывается от своего несвоевременного рвения. Буркард, начисто лишенный чувства юмора, ядовито замечает, что Лукреция не соизволила посоветоваться с ним по поводу того, что должна была сделать. Еще два раза молодой женщине придется замещать папу: неделю в конце сентября и несколько дней в октябре, когда тот отправится в вотчины, конфискованные у баронов. Такая чрезвычайная ситуация, когда женщина в 21 год руководит христианским миром, совершенно не шокирует приближенных в Ватикане, привыкших к еще большим вольностям: так, Буркард описывает пародию на мессу, которую на Пасху за спиной папы устроил его шут Габриэлетто, или еще чрезмерную набожность священников и монахов, павших ниц перед понтификом на Троицу, чтобы поцеловать землю у его ног, как это делают турки.

Александр не запрещает устраивать в Риме шутовские пародии на набожность. Он предпочитает заняться наследствами и конфискациями, которые могут принести папской казне значительные доходы. В июне 1501 года он отправляет губернатора Рима в один из монастырей забрать имущество, спрятанное там Асканио Сфорца, и среди прочего — 12 серебряных статуй апостолов из его личного алтаря: Буркард отмечает, что на повозках эти статуи везли до Ватикана 4 часа. В мае 1501 года папа признал недействительным завещание кардинала Зено, умершего в Падуе и оставившего Венеции 100 000 дукатов на крестовый поход против турок: когда Венеция отказалась возвратить ему деньги, папа пригрозил ей интердиктом, но ему удалось захватить только 2 сундука по 20 000 дукатов в каждом, спрятанных за пределами территории Венеции в одном из монастырей Анконы.

Эта скаредность в собирании денег объясняется растущими расходами папы, который желает помочь своим детям: Чезаре, постоянно ищущему денег для своих грандиозных предприятий, и Лукреции — ей папа хочет обеспечить новый княжеский союз. Чезаре уже выбрал нового супруга. Обосновавшись в Романье, он ищет для себя соседа, на которого он мог бы положиться, особенно если придется отбивать возможное нападение Венеции. Принц-наследник герцогства Феррарского — Альфонс д’Эсте, сын Геркулеса I, — вдовец. Ему 24 года. У него нет детей. Он великолепно подходит Лукреции, которой как раз исполнился 21 год. Первый раз об этом заходит речь при дворе Феррары в 1501 году, но Альфонс уходит от ответа. Он намерен жениться на Луизе Савойской, вдове герцога Ангулемского. Его сестра Изабелла д’Эсте, маркиза Мантуанская, и золовка маркизы — Елизавета де Гонзага, герцогиня Урбинская, да и сам герцог Геркулес Феррарский изначально и думать отказываются о союзе с выскочками Борджиа. Но Александр VI с помощью кардинала Феррари, епископа Моденского, решительно настроен преодолеть все трудности. Вначале сдержанно настроенный приходит на помощь и Людовик XII. Главный министр короля и его фаворит — кардинал Жорж дʼАмбуаз — получает сан легата a latere (из окружения) во Французском королевстве. В апреле 1501 года он получает значительные полномочия, чтобы иметь доступ во все церковные учреждения и там проводить религиозную реформу. Удовлетворенный король Франции дает Геркулесу совет уступить, предварительно выяснив величину приданого. Герцог требует удвоить сумму, предложенную Александром (100 000 дукатов), отменить ежегодный ценз, выплачиваемый Феррарой папству, и большое количество бенефиций для своих друзей и родственников. Но папу это не смущает: будучи оптимистом, в мае 1501 года он объявляет в консистории, что брак решен. Однако для него оказывается трудным отменить выплату дани Святому престолу — кардиналы могут воспротивиться такому нарушению прав Церкви ради личной выгоды Святого отца. Это требование могло бы стать камнем преткновения при обсуждении брака. Но Лукреция, сама прекрасно сознающая, что этот брак станет для нее ее личным триумфом, убеждает своего отца принять суровые условия Геркулеса. Со своей стороны, папа добавляет очень доходную должность протоиерея собора Святого Петра в Ватикане для брата будущего супруга кардинала Ипполита д’Эсте. Брачный контракт подписан в Риме 26 августа, а 1 сентября союз по доверенности скреплен в Ферраре, в замке Бельфьоре.

Папа узнает об этом 4 сентября, и в честь знаменательного события пушки замка Сант-Анджело палят до самой ночи. 5 сентября Лукреция направляется в церковь Санта-Мария-ди-Популо возблагодарить Деву. Она роскошно одета в «платье из плюшевой парчи». Ее окружают послы Франции и Испании, 4 епископа, 300 всадников. Их сопровождают переодетые шуты. От радости после церемонии дочь папы отдает свое платье из плюшевой парчи — Буркард оценивает его в 300 дукатов — одному из своих шутов; он тут же его надевает и кричит: «Многая лета светлейшей герцогине Феррарской! Да здравствует папа Александр!» Понтифик собирает консисторию, где поет дифирамбы дому д’Эсте. Он приказывает расцветить огнями замок Сант-Анджело и улицы Рима. Непрерывно звонит огромный колокол Капитолия. Лукреции подают кушанья на серебряных блюдах — такое право имеют только замужние женщины. Молодая женщина высоко ценит такую честь: во время своего вдовства она была вынуждена пользоваться исключительно фаянсовой посудой.

15 сентября в Ватикан прибывают два посланника Феррары — Герардо Сарачени и Этторе Беллингери, опытные юристы и дипломаты — приветствовать свою будущую герцогиню: для герцога Геркулеса они должны подготовить о ней отчет. Дочь папы показалась им уставшей. На аудиенциях ее часто заменяет Франческо Борджиа, кардинал Козенца. Причина проста: радуясь своему предстоящему браку, ночи напролет она танцует вместе со своим братом Чезаре, новым герцогом Романьи. Эти развлечения иногда принимают скабрезный характер эротических сказок Боккаччо.

31 октября 1500 года Чезаре приглашает папу и Лукрецию в свои апартаменты в Ватикане. Он пригласил 50 самых знаменитых куртизанок Рима. «После ужина женщины легкого поведения, — пишет Буркард, — танцевали со слугами и другими приглашенными. Сначала они были в платьях. Потом они оказались совершенно голыми. Так как ужин был окончен, подсвечники с зажженными свечами поставили на пол. Гости принялись разбрасывать каштаны, а куртизанки собирали их, ползая между подсвечниками. Наконец, на всеобщее обозрение были выставлены шелковые накидки, обувь, головные уборы — их пообещали тем, кто лучше всех продемонстрирует куртизанкам свою мужскую силу. Совокупления происходили тут же при всех в зале. Присутствующие, выступившие арбитрами, раздавали призы тем, кто был признан победителем». Буркард доставил себе удовольствие, охотно рассказывая об этом особенном вечере, но он его не придумал: приглашение куртизанок и похотливые танцы имели место, это признают историки папства. Сомнение может только вызывать присутствие Лукреции и папы до конца оргии. Лукреции было невыгодно, чтобы при феррарском дворе, где были прекрасно осведомлены обо всех ее действиях, узнали о ее присутствии на этом скандальном вечере, хотя обычно представители герцога Геркулеса в Ватикане расхваливали своему повелителю сдержанность, набожность и благочестие дочери папы. Папа простудился на безумном вечере и на следующий день, в праздник Всех Святых, не смог явиться в собор Святого Петра, чтобы служить торжественную мессу и там провозгласить обычные папские индульгенции живым и мертвым. Он передает свои полномочия кардиналу Святой Пракседы, объявляющему «семь лет и столько же сроков полного отпущения» всем верующим, присутствовавшим на службе в соборе Святого Петра.