А пока, спрятав свою последнюю любовницу, Чезаре возвращается в Фаэнцу со своими основными войсками. В его лагерь прибывает некий Леонардо да Винчи. После взятия в плен Людовико Моро Людовиком XII художник лишился покровителя. Флоренция не предложила ему никакой работы. Поэтому он предлагает свои услуги Чезаре, и тот соглашается. Состоя при дворе герцога, художник осуществит многие инженерные работы: так, он разработает планы Чезенского канала и его выхода в море у Порто Чезенатико. Но в Фаэнца он ограничивается наблюдением за возобновлением осады.
Генеральное наступление началось 15-го, но оно провалилось. Все восхищаются мужеством осажденных. «Жители Фаэнцы спасли честь Италии», — пишет Изабелла д’Эсте своему супругу маркизу Франциску де Гонзага, которого де Валентинуа пригласил присутствовать при штурме города. 20 апреля солдаты Чезаре захватили одно из передовых оборонительных сооружений. Там они установили свои батареи несмотря на потоки горящей смолы и стрельбу из фальконетов осажденных. 21 апреля вся артиллерия де Валентинуа в течение семи часов непрерывно палит в одну точку. И тогда взрывается самая большая пушка, стреляющая каменными ядрами; взрывом убиты капитан Ахилл Тиберти де Чезена и его артиллеристы. Многие жители Фаэнцы теряют мужество: один красильщик убегает из города и сообщает герцогу, что в городе не хватает продовольствия и боеприпасов. Демонстративно повесив предателя перед стенами замка, Чезаре ждет предложений Совета Старейшин. И они не замедлили поступить. Против капитуляции Чезаре обещает свою защиту жителям. Хотя взятие Фаэнцы ему дорого обошлось и у него есть основания злиться, как обычно, он настроен весьма благодушно, чтобы завоевать признательность своих новых подданных. Будет занята только крепость — де Валентинуа поручает Микелотто Корелле, исполнителю любых поручений, вступить туда. Красавец Асторре Манфреди и его кузены вольны отправляться, куда им заблагорассудится и забрать их имущество. Обманутый добрым приемом Чезаре, этот молодой человек, вместо того чтобы уехать к своим друзьям в Болонью или Венецию, предпочел остаться в компании герцога: он сопровождает его вплоть до 15 июня, когда герцог возвратится в Рим. 26 июня 1501 года, в тот же самый день, когда благодаря вмешательству Ива д’Алегра Катарина Сфорца выходит из замка Сант-Анджело, Асторре Манфреди заключают в него. Через год — 9 июня 1502 года — Буркард запишет, что из Тибра выловили его труп с привязанным к шее ядром баллисты.
Чезаре отдавал себе отчет в том, что никогда бы ему не удалось господствовать в Фаэнце, пока жив законный повелитель; он не смог бы взять его лейтенантом к себе на службу, потому что популярность молодого человека затмила бы его собственную. Как и Альфонс де Бисельи, муж Лукреции, Асторре Манфреди перестал быть полезным и стал опасным: следовательно, он обязан был исчезнуть. Позже де Валентинуа назначит вице-губернатором Фаэнцы Джованни Вера, своего бывшего наставника, архиепископа Салернского, недавно ставшего кардиналом.
Когда Фаэнца была завоевана, логическим продолжением планов Чезаре должно было стать столкновение с двумя соседними государствами: городом Болонья и Флорентийским государством. Но оба находятся под покровительством Франции, которая ни в коем случае не позволит Чезаре бесконечно увеличивать свои территории. Конечно, Людовик XII не может противиться присоединению романского анклава в Болонье — Кастель-Болоньезе. Когда Вителлоццо Вителли осадил этот город, Джованни Бентивольо, правитель Болоньи, согласился по договору от 30 апреля 1501 года передать его де Валентинуа. Даже больше: он берет сына папы к себе на службу кондотьером, оплатив жалованье 100 расчетов копьеносцев, по три человека в каждом, что представляет собой значительную сумму. Договор подписан кондотьерами Орсини и Вителли, являющимися гарантами сохранения мира. В этом акте Чезаре впервые упоминается с титулом герцога Романьи, который ему только что присвоил отец.
После Болоньи казалось весьма заманчивым атаковать Флоренцию. Вителлоццо Вителли хочет отомстить флорентийцам, казнившим его брата Паоло. Орсини — Паоло и его брат Джулио — торопят Чезаре выступить в поход. К их просьбам присоединяются просьбы изгнанных Медичи — кардинала Джанни и его брата Пьетро, сына Лоренцо Великолепного. Флоренцию ослабила борьба с непокорным городом Пизой, но она надеется, что защиты ее покровителя, короля Франции, будет достаточно, чтобы отговорить де Валентинуа выставить против нее контингент французских войск, которым он располагает: триста расчетов копьеносцев и две тысячи пехотинцев под командованием Ива д’Алегра. 2 мая король приказывает этим войскам присоединиться к армии, направляющейся из Ломбардии в королевство Неаполитанское. Но де Валентинуа все еще угрожает: ему нужно через флорентийские земли добраться до Пьомбино — маленького княжества, на котором он остановил свой выбор. 17 мая в Форно-деи-Кампи флорентийские комиссары подписывают с ним договор. Ему предоставляется кондотта, должность кондотьера на три года. За 30 000 дукатов в год де Валентинуа поставит триста расчетов копьеносцев, по три всадника на каждое копье. Эти войска могут стать частью контингента, обещанного Флоренцией Людовику XII для его похода на Неаполь.
Флорентийцы подписали соглашение с Чезаре, не имея ни малейшего желания его исполнять. Они хотят как можно быстрее избавиться от опасной армии, где находятся их злейшие враги — Вителлоццо и Орсини. Сознавая свою силу, де Валентинуа пытается использовать сложившуюся ситуацию. Он требует выплатить ему вперед четверть жалованья кондотьера за год и выдать половину флорентийской артиллерии для похода на Пьомбино. На этот раз флорентийцы отказываются. Решив, что он потерял достаточно времени, 25 мая Чезаре пускается в путь по направлению к побережью, забрав в Пизе необходимую ему осадную артиллерию. С 28 мая папский флот, состоящий из 6 галер, 3 бригантин и 6 галиотов, ждет его у берега. С помощью этого флота с 1 по 5 июня он захватил острова Эльбу и Пьяносу. Он осаждает Пьомбино, несчастный повелитель которого Джакомо Аппиано тщетно в Лионе просит короля Людовика XII спасти его от сына папы. Осада Пьомбино продлится 2 месяца, но Цезарь не увидит капитуляции города: к 17 июня он уже вернулся в Рим на одной из папских галер, чтобы присоединиться к французской армии, направляющейся в Неаполь, потому что теперь нужно послужить французскому королю, чтобы расплатиться за оказанную им военную и дипломатическую помощь в Романье.
Людовик XII постарался максимально обезопасить себя, чтобы избежать ошибок, допущенных в царствование Карла VIII, когда Неаполитанские Арагонцы изгнали французов из своего королевства. 11 ноября 1500 года он заключил с арагонским королем Испании Фердинандом союзнический договор о разделе Неаполитанского государства. По этому договору Людовик XII должен получить Возделанные равнины и Абруцци и титул короля Неаполя; Фердинанд — Пуллию и Калабрию и титул герцога. Теперь необходимо, чтобы папа, как сюзерен этого государства, согласился на сделку. 25 июня 1501 года Александр ее одобрил. Он провозглашает низложение короля Фредерика под предлогом, что тот вошел в сговор с султаном. 29 июня объявлено о заключении союза папы с Францией и Испанией. Франко-испанский поход должен стать первым актом крестового похода против врага христианского мира — Турка.
Понтифик принимает Ива д’Алегра, предводителя авангарда французских войск, затем главнокомандующего армии Людовика XII Стюарта д’Обиньи в зале Попугая. Затем Александр VI направляется в замок Сант-Анджело. Сидя вместе с Чезаре — знаменосцем Церкви — в своей лоджии, он наблюдает, как по мосту проходят войска: 12 000 пеших солдат и 2000 всадников пресекают Тибр. За ними движутся 4000 пехотинцев, в основном, испанцы в желто-красной униформе — это солдаты Чезаре. Неаполитанская кампания оказывается молниеносной. Королю Фредерику помогают его союзники — бароны Колонна, он рассчитывает на сопротивление крепости Капуа. Но 24 июля ворота крепости оказались предательски открыты. Последовала ужасная резня. Убито более 4000 человек. Чтобы избежать насилия, женщины бросались с крепостных стен. Чезаре, по сообщению историка Гишардена, который описывал события по прошествии долгого времени, выбирает самых красивых женщин, прячет их от грубой солдатни, чтобы оставить для собственного потребления. В этом явно слышится отголосок слухов, позорящих де Валентинуа, согласно которым он — единственный виновник резни в Капуа, тогда как следовало бы в этом обвинить командующего войсками Сан-Северино.