В марте 1610 года Скопин-Шуйский торжественно въехал в спасённую Москву. Именно на него возлагали москвичи главную надежду в войне с Польшей. Но в апреле 1610 года молодой воевода внезапно умер после пира. Ходили слухи, что его отравила свояченница царя Василия (жена его брата Дмитрия, сестра бывшей царицы, жены Бориса Годунова, и дочь Малюты Скуратова), который испугался популярности Скопина. Во главе московских войск встал брат царя — князь Дмитрий Шуйский.
Летом 1610 года, оставив в тылу сопротивлявшийся Смоленск, основные польские силы двинулись к Москве. В сражении у села Клушино близ Можайска войска гетмана Станислава Жолкевского наголову разбили русскую рать. Путь на Москву был свободен. В это время из Калуги к Москве вдруг вновь подступил Лжедмитрий II, потребовавший открыть ворота города «природному государю».
С разгромом русской армии оказались развязанными руки и у шведов. Они начали захватывать северные русские земли, а в июле 1611 года заняли Новгород, о котором давно мечтали. Местные власти заключили со шведским королём Карлом IX соглашение, по которому новгородским государем становился его сын Карл Филипп. Территория Московского царства начала сужаться. На русской земле хозяйничали теперь польские и шведские отряды, разбойничали шайки мятежников и самозванцев. Воспользовавшись хаосом, возобновили свои набеги на южные рубежи и крымские татары.
Власть быстро ускользала из рук царя Василия. Оставленный всеми, он понимал, что сил для сопротивления больше нет. Группа бояр и дворян в июле 1610 года осуществила переворот. «Дворяне начали съезжаться с воровскими полками (тушинцами) и договариваться, чтобы те отстали от Тушинского вора, «а мы де все отстанем от царя Василия». Тушинцы согласились, но неискренне, что отстанут от своего и вместе изберут нового государя. В это время Прокопий Ляпунов (рязанский воевода) послал грамоту в Москву к князю Василию Васильевичу Голицыну и к брату своему Захарию Ляпунову и ко всем своим сторонникам, чтобы свести с престола царя Василия. Захарий Ляпунов и Фёдор Хомутов выехали на Лобное место со своими сторонниками и стали кричать, что царя Василия следует свергнуть. К ним присоединились многие москвичи, и вместе они вошли в Кремль и стали требовать от патриарха Гермогена и бояр того же. Патриарх стал возражать, тогда его насильно вывели из Кремля и отправили за реку. Бояре сначала пытались защитить царя, но потом разошлись. Царь Василий, сидя на троне, услышал в свой адрес брань и крики с угрозами. Под конец его свояк князь Иван Михайлович Воротынский во главе толпы вошёл во дворец и насильно вывел царя Василия и царицу из дворца и отвёл на его старый боярский двор» («Новый летописец»).
Шуйского арестовали и через два дня насильно постригли в монахи с именем Варлаам, позже он был выдан Жолкевскому и вывезен в Речь Посполитую. Там бывший «московитский царь» предстал перед торжествующими магнатами. Это было неслыханным унижением для Москвы. Жалкий старик мог ещё понадобиться полякам, поэтому Шуйского заточили в Варшаве в тюрьму, где он провёл два года. Там он и умер в сентябре 1612 года, а возможно, был убит, когда оказался для польской политики совсем бесполезным. Позже, в 1634 году его останки перевезли в Москву и захоронили в Архангельском соборе Кремля у самого входа, недалеко от могилы Владимира Андреевича старицкого. Так бесславно закончил свою жизнь второй избранный русский царь.
После свержения Шуйского к власти в Москве пришла группа членов Боярской думы. Они вошли в историю под названием Семибоярщина. Возглавлял её один из самых влиятельных бояр князь Фёдор Иванович Мстиславский (ум. в 1624). Поначалу Семибоярщина действительно состояла из семи бояр, но потом её состав менялся. В первый состав Семибоярщины кроме Мстиславского входили князь Иван Михайлович Воротынский (ум. в 1627), князь Андрей Васильевич Трубецкой (ум. около 1612), князь Василий Васильевич Голицын (ум. в 1619), князь Борис Михайлович Лыков-Оболенский (ум. в 1646), боярин Иван Никитич Романов (брат Филарета, ум. в 1640) и боярин Фёдор Иванович Шереметев (ум. в 1650). Таким образом, в Семибоярщину входили два князя Рюриковича, три Гедиминовича и два потомка Андрея Кобылы, представители старых московских родов. Многие члены Семибоярщины были связаны между собой родственными отношениями.
В августе 1610 года Семибоярщина заключила с командующим польскими войсками С. Жолкевским договор. Бояре приглашали на русский престол Владислава на условиях, во многом схожих с договором тушинских «бояр». Религиозный вопрос был поставлен жёстко. Условием присяги польскому принцу стало обязательное принятие им православия. Вскоре в Москве состоялась присяга новому «московскому царю». Начали чеканить монеты с именем «государя Владислава Жигимонтовича» (то есть Владислава Сигизмундовича). А в сентябре бояре открыли ворота города полякам, и Москва была оккупирована захватчиками.
После вступления в Москву польских войск Лжедмитрий II опять отошёл к Калуге. Здесь, окружённый немногочисленными сподвижниками, он и обосновался. В один из декабрьских дней 1610 года самозванец, как обычно, отправился на загородную прогулку, но в дороге его приближённый князь П. А. Урусов зарубил своего сюзерена. Теперь лагерь приверженцев Лжедмитрия II почти распался. Но буквально через месяц Марина Мнишек родила сына, которого в честь «деда» назвала Иваном. Этот младенец и стал разменной монетой в бурной деятельности ловкой авантюристки. Так появился новый самозванец, на этот раз «потомственный», названный современниками «ворёнком».
Прибытие Владислава затягивалось. Поляки вели себя в Кремле как хозяева. Чтобы решить все вопросы, к Сигизмунду направили Великое посольство, в состав которого вошёл и бывший «тушинский» патриарх Филарет. Но Сигизмунд отказался снять осаду Смоленска и отпустить сына в Москву. Он сам мечтал взойти на русский престол. Переговоры зашли в тупик, и король просто приказал арестовать послов. Перед нашей страной встала реальная угроза потери независимости.
В этих условиях большую роль в отпоре врагу сыграла Русская православная церковь. Именно она призвала к защите православной веры и восстановлению царства. Патриарх Гермоген снял присягу Владиславу и призвал народ к сопротивлению. За это поляки посадили его в темницу кремлёвского Чудова монастыря. Но слова опального патриарха и обращения настоятеля Троице-Сергиева монастыря Дионисия нашли отклик в сердцах людей. В начале 1611 года в Рязани стало формироваться всенародное ополчение для освобождения Москвы. Во главе него встал дворянин Прокопий Петрович Ляпунов. К рязанцам присоединились жители ещё нескольких городов: Ярославля, Костромы, Нижнего Новгорода, Мурома. Соратниками Ляпунова стали также бывшие сподвижники «Тушинского вора» казачий атаман Иван Мартынович Заруцкий и боярин князь Дмитрий Тимофеевич Трубецкой, возглавлявший остатки тушинцев. Было создано и временное правительство — «Совет всей земли». В марте того же года войска ополчения подошли к Москве. В городе вспыхнуло восстание против оккупантов, которые, пытаясь его ликвидировать, подожгли посад. С большим трудом ополченцам удалось захватить Белый город. Во время уличных боёв был тяжело ранен предводитель одного из передовых отрядов князь Дмитрий Михайлович Пожарский. Китай-город и Кремль остались в руках польского гарнизона.
С ходу освободить Москву не удалось. Началась затянувшаяся осада, во время которой ополчение развалилось. Причиной тому стали противоречия, возникшие в рядах самих ополченцев. Среди них было много казаков, оттеснённых от управления. Требуя для себя привилегий, казачество постоянно роптало. Противниками казаков оказались дворянские руководители ополчения и прежде всего Ляпунов. По его инициативе в июне 1611 года был принят «Приговор всей земли», восстановивший прежние крепостнические порядки. Слухи о готовящейся расправе дворян над казаками взорвали обстановку. 22 июля 1611 года казаки вызвали Ляпунова на свой круг и убили его. С потерей главного руководителя стало распадаться и всё ополчение. Осада Москвы вяло продолжалась, но в начале 1612 года атаман Заруцкий со своими отрядами ушёл из Москвы в Коломну. Там он встал на сторону Марины Мнишек и «ворёнка». Остальные ополченцы вскоре присягнули вновь появившемуся «царю».