Особенно возмутила свадьба Лжедмитрия с приехавшей в Москву Мариной Мнишек. Появившиеся в столице поляки вели себя нагло и бесцеремонно. В народе пошли толки о том, что царь отвернулся от православных обычаев, потворствует «латинянам». Авраамий Палицын, келарь Троице-Сергиева монастыря, с гневом вспоминал: «Охрану дворца поручил он немцам и литовцам. Полякам раздал все древние царские сокровища. Еретическое лютерское племя стало носить воду в серебряных сосудах, в бане мыться в золотых и серебряных тазах. Разрешил всем еретикам и жидам заходить в святые Божии церкви, даже в храм Успения Богородицы (в Успенский собор), и там класть локти и прислоняться к ракам великих чудотворцев Петра и Ионы. Гордясь в своём безумии, повелел расстрига писать себя в титулах наяснейшим и непобедимым цесарем, полагая, что царский титул для него мал».

Зыбкой ситуацией решили воспользоваться несколько бояр во главе с князем Василием Ивановичем Шуйским. Они организовали заговор против Лжедмитрия. В период свадебных торжеств обстановка в Москве накалилась, и ранним утром 17 мая 1606 года заговорщики проникли в Кремль. Отрепьева и Марину застигли врасплох. «Разом во всех церквах ударили в набат. Тогда из всех углов побежали толпами сотни и тысячи человек, кто с дубинками, кто с ружьями, кто с обнажёнными саблями, с копьями или с тем, что попало им под руку. Все они бежали к Кремлю. Сильно перепуганный Дмитрий швырнул в комнату свой палаш, стал рвать на себе волосы и, ничего не сказав, ушёл от немцев в свою спальню. Те бросились в соседнюю комнату и заперлись, но царя уже не было. Он ушёл из своей спальни потайным ходом, пробежал мимо царицыных покоев в каменный зал, где со страху выпрыгнул в окно с высоты 15 сажень на пригорок и спасся бы, если бы не вывихнул ногу» (Конрад Буссов). Тут его настигли и убили.

Труп «царя Дмитрия Ивановича» выволокли за Спасские ворота. Потом привели инокиню Марфу, бывшую царицу Марию Нагую. Она тут же отреклась от самозванца. Тело Отрепьева сожгли, а пеплом, по легенде, зарядили пушку, выстрелившую в ту сторону, откуда пришёл Лжедмитрий на Москву. Дочь польского воеводы Марину арестовали и отправили в ссылку в Ярославль. В другие города под надзор выслали и польских шляхтичей из окружения самозванца.

Так закончилась авантюра «воскресшего из мёртвых» царевича. Гибель Лжедмитрия I означала падение престижа царской власти. Монарх уже не внушал прежнего трепета. Царя можно было свергнуть, а можно и убить. Тем самым открывался простор для последующих бесчинств Смутного времени.

Через два дня после гибели расстриги сторонники Василия Шуйского созвали импровизированный Земский собор. На нём Шуйский был «выкликнут» московским царём и стал вторым избранным правителем в русской истории. Царь Василий Иоаннович дал крестоцеловальную запись — грамоту, в которой обязался сохранять привилегии боярства, не налагать опалы и не казнить без суда, не отнимать боярские вотчины без согласия Думы, то есть править в соответствии с интересами боярской верхушки. Но и другие подданные получали гарантии своих прав. Шуйский, таким образом, принёс первую в истории России присягу своему народу.

Новый царь не отличался особенными достоинствами. Этот маленький, подслеповатый, тщедушный человек главным орудием своей политики избрал хитрость и интригу. Он неоднократно менял убеждения в зависимости от обстоятельств, был подозрителен и лицемерен. Внушал скорее презрение, чем уважение. «Царь Василий ростом мал, некрасив, очи имел подслеповатые; в книжном учении сведущ, рассудителен и разумен; скуп очень и неотзывчив; единственно к тем благоволил, кто нашёптывал ему ложное на людей, он же их слушал с удовольствием и радостью; любил гадать у волхвов, а о воинах своих не радел» («Летописная книга» Катырева-Ростовского). Не обладая талантами государственного деятеля, Василий Иванович в критический момент встал во главе государства и не сумел установить в нём порядок и покой.

Чтобы пресечь всевозможные слухи о спасшемся царевиче, Шуйский организовал торжественное перенесение останков подлинного Дмитрия из Углича в Архангельский собор Московского кремля. По его настоянию, погибший царевич был причислен Русской православной церковью к лику святых. Во главе церкви вместо смещённого Игнатия теперь встал новый патриарх — казанский митрополит Гермоген. Теперь любое выступление «под знамёнами царевича Дмитрия» выглядело не просто самозванством, но и кощунством. Примкнувший же к мятежникам становился еретиком, дерзнувшим сомневаться в мученичестве святого царевича. Но это не остановило буйные головы на окраинах страны. Против царя Василия выступили воеводы некоторых городов, где уже зрели новые ростки смуты.

Призрак Лжедмитрия не давал покоя растревоженной стране. Он вновь стал знаменем и дворянской оппозиции, и широких народных масс. Нашёлся и новый вождь движения — Иван Исаевич Болотников. Сам он был, вероятно, мелким дворянином, но служил военным холопом у князя Андрея Телятевского. Болотников побывал в крымском и турецком плену, несколько лет рабски трудился гребцом на галере, потом был захвачен немцким кораблём. В Европе скитался из страны в страну, успев повоевать против турок на службе у австрийского императора. Наконец, попал в Речь Посполитую. Здесь он оказался в городе Самборе и в замке Мнишеков встретился с двойником Отрепьева — Михаилом Молчановым, бежавшим из Москвы и выдававшим себя за чудом спасшегося царя Дмитрия. От Молчанова Болотников получил грамоту, скреплённую украденной из Москвы государственой печатью, в которой назначался воеводой «царя», и небольшую денежную сумму.

В России опорным пунктом «царского воеводы» стал город Кромы. В его окрестностях скопилось множество казаков — сторонников Лжедмитрия I, освободившего этот край от налогов на десять лет. Имя «царя Дмитрия» было здесь популярным, и потому Болотников без труда собрал из казацких отрядов небольшое войско. Во главе его он и начал свой поход на Москву.

К Болотникову со всех сторон стекались не только приверженцы первого самозванца, но и все недовольные новым московским царём. По своему составу это движение было разношёрстным. Активную роль в нём играли казаки, крестьяне, холопы и посадский люд. Но к войску Болотникова присоединялись и отряды, во главе которых стояли дворяне. Даже воеводы Путивля и Чернигова — князья Г. Шаховской и бывший хозяин Болотникова А. Телятевский тоже признали власть «царского воеводы». Поддержали Болотникова и народы Поволжья — мордва, марийцы, чуваши. Силы восставших росли с каждым днём. После того как им удалось разбить под Ельцом правительственные войска, они без труда захватили Калугу, Тулу, Каширу, Серпухов и другие города.

Восставшие не призывали изменить общественный строй. Они лишь боролись за себя, свою власть, положение и богатство. Но несмотря на то что Болотников выступал под монархическими знамёнами, в своих «прелестных письмах» (от слова «прельщать», так назывались грамоты-прокламации) он сулил народу смягчение крепостного гнёта. Всё это обеспечивало ему немалую популярность.

В октябре 1606 года воинство Болотникова подступило к Москве. Началась двухмесячная осада столицы. Лагерь мятежников находился у села Коломенского. Исход решающего сражения 2 декабря 1606 года решила измена дворянских отрядов, переметнувшихся на сторону царя Василия. Основные силы Болотникова были разгромлены, и он отступил к Калуге. Чтобы заручиться поддержкой дворянства, Шуйский в марте 1607 года обнародовал «Уложение о крестьянах», определявшее 15-летний срок сыска беглых крестьян. Впрочем, в условиях разрухи этот документ оставался декларацией и не смог укрепить власть «боярского царя».

Под Калугой, осаждённой царскими воеводами, судьба Болотникова казалась предрешённой. Но тут появилась неожиданная подмога. С Терека по Волге подошло войско, которое возглавлял новый самозванец, называвший себя «царевичем Петром». Им был казак Илья Иванов Коровин. В истории он известен с прозвищем Илейка Муромец, поскольку родился недалеко от этого города. «Второй Илья Муромец» оказался не храбрым богатырём, а ловким авантюристом-проходимцем. Он объявил себя сыном царя Фёдора Иоанновича, у которого якобы вместо дочери Феодосии родился сын Пётр. Царевича будто бы подменили девочкой, вскоре умерщвлённой Годуновым, Петра же верные люди долго скрывали в надёжном месте, и вот настало время, когда он объявился. Таким образом, Лжепётр (иногда его называли «Петруша») даже оказался «более законным» наследником престола, чем Лжедмитрий.