К началу третьей пятилетки практика колхозного строительства выявила также необходимость изменения уровня заготовительных цен на сдаваемые государству продукты. Несмотря на повышение этих цен с середины второй пятилетки, они оставались низкими, не возмещали затрат колхозов на производство продукции. Закупочные цены хотя и превышали в 2—3 раза цены, установленные для обязательных поставок, не меняли существенно положения. Продавать продукцию государству могли лишь экономически крепкие колхозы, у которых оставались излишки после выполнения обязательных поставок. В 1938 г. на долю обязательных поставок приходилось 15% валового сбора зерновых и бобовых культур в колхозах, на долю государственных закупок и продаж на колхозном рынке — 5,1%³²⁸.

В предвоенные годы партия и правительство повысили заготовительные цены на некоторые виды колхозной продукции. Рассматривался вопрос о дальнейшем повышении заготовительных и сдаточных (для совхозов) цен на продукты сельского хозяйства, но осуществить это не удалось вследствие нападения фашистской Германии на Советский Союз.

Большое внимание в эти годы уделялось совершенствованию отношений между МТС и колхозами, усилению руководящей и организующей роли МТС в колхозном производстве. В январе 1939 г. СН СССР утвердил новый типовой договор МТС с колхозами³²⁹, который расширял участие МТС в сельскохозяйственных работах колхозов, повышал их ответственность за состояние колхозного производства. Бы изменен порядок начисления натуроплаты за работы МТС³³⁰, служившей вторым важнейшим, после обязательных поставок, источником поступления зерна и других колхозных продуктов государству. В годы второй пятилетки натуроплата по зерновым культурам производилась за цикл (комплекс) сельскохозяйственных работ с учетом урожайности этих культур. Начиная с урожая 1939 г., натуроплата стала начисляться за отдельные виды сельскохозяйственных работ по установленным ставкам. Эти изменения должны были способствовать более полном возмещению за счет натуроплаты затрат государства на строительство МТС. В порядке натуроплаты государство получило в 1939 г. 12,1 млн. зерна (в 1937 г. 11,3 млн. т, в 1938 г. — 10,1 млн. т)³³¹. Намечались дальнейшие существенные изменения в системе натуроплаты за работы МТС: переход к твердым ставкам натуроплаты, дифференцированным по зонам страны, но не связанным с величиной урожайности в колхозах. Эти изменения должны были усилить заинтересованность колхозов в повышении урожайности, ибо колхозы с высокой и низкой урожайностью уравнивались в оплате работ МТС. Начавшаяся война не позволила внести таких изменений в систему натуроплаты³³²

В 1938—1939 гг. были осуществлены важные мероприятия по упорядочению финансового хозяйства МТС и созданию для них твердой финансовой базы (перевод с февраля 1938 г. на финансирование по государственному бюджету)³³³, по усилению материальной заинтересованности МТС в повышении урожайности сельскохозяйственных культур, сокращении сроков и улучшении качества работ, проведении глубокой пахоты, своевременном и полном получении натуроплаты с колхозов (финансирование с учетом выполнения производственно-финансового плана, повышение норм расхода горючего при глубокой пахоте, изменение системы премирования работников МТС: создание премиального фонда путем отчислений от сданной колхозами натуроплаты)³³⁴.

В целях уменьшения текучести механизаторских кадров, улучшения использования техники и повышения качества работы была изменена оплата труда механизаторов. В 1939 г. государство взяло на себя выплату механизаторам МТС денежной части гарантийного минимума (натуральную часть выплачивали колхозы). Были унифицированы и уточнены по республикам, краям и областям сменные нормы выработки трактористов, повышены расценки в трудоднях за их выполнение и перевыполнение, введено дополнительное начисление трудодней за перевыполнение сезонных норм выработки. Для комбайнеров сверх оплаты за убранную площадь устанавливались премии-надбавки за перевыполнение норм намолота зерна. Вводилось премирование за сохранность трактора, экономию горючего и т.п. Вместе с тем в 1940 г. был запрещен самовольный уход трактористов и комбайнеров, работающих в МТС³³⁵.

Благодаря этим мерам в сложной обстановке предвоенных лет был выполнен необходимый объем тракторных работ в колхозах. В 1939—1940 гг. удалось стабилизировать уровень использования сельскохозяйственной техники (и в частности тракторов), который начал снижаться вследствие замедлившихся темпов обновления, изношенности части машин и неудовлетворительной организации ремонтного дела. Выработка на один условный 15-сильный трактор (в га мягкой пахоты) составляла в 1938 г. 440, в 1939 г. — 419 и в 1940 г. — 411³³⁶. Сократились сроки проведения ряда сельскохозяйственных работ, стала преодолеваться практика мелкой пахоты, снижавшей урожайность в колхозах. Увеличился объем и возросла роль натуроплаты за работы МТС в системе государственных заготовок, что было важно в связи с необходимостью увеличения продовольственных и сырьевых резервов. В 1939 г. натуроплата составляла 50,8% в государственных заготовках зерна в колхозах (в 1937 г. — 45,0%).

В годы третьей пятилетки совершенствовались формы государственного планового руководства колхозным производством. В декабре 1939 г. постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР «О порядке планирования посевов зерновых культур в колхозах»³³⁷ сельскохозяйственным артелям была предоставлена большая самостоятельность в планировании производства. До этого времени колхозам в централизованном порядке устанавливались виды зерновых культур и планы посева по каждой культуре в отдельности, что сдерживало творческую инициативу и ослабляло заинтересованность колхозников в повышении урожайности путем правильного, с учетом местных условий, подбора культур. С 1940 г. колхозам стала планироваться общая посевная площадь зерновых культур с выделением посевов озимых. Право выбора зерновых культур в соответствии с почвенно-климатическими условиями и распределения по культурам установленного плана сева предоставлялось колхозам. Расширению самостоятельности и улучшению планирования производства самими колхозами способствовал также погектарный принцип исчисления обязательных поставок колхозной продукции.

В результате проведенных партией и правительством в годы третьей пятилетки мероприятий по организационно-хозяйственному укреплению колхозов, развитию внутриколхозных производственных отношений и совершенствованию взаимоотношений между государством и колхозами общественное хозяйство колхозов выросло. Помимо уже приведенных показателей о росте неделимых фондов, расширении посевных площадей и увеличении поголовья скота, процесс укрепления и развития общественного хозяйства колхозов отражала динамика колхозных доходов. В 1937 г. денежные доходы колхозов составляли 14,2 млрд. руб., в 1940 г. — 20,7 млрд. руб., или возросли почти в 1,5 раза. На один колхоз приходилось соответственно 59 тыс. и 88 тыс. руб. денежных доходов³³⁸. Неуклонный рост общественного хозяйства колхозов свидетельствовал об упрочении колхозного строя.

В предвоенные годы развивались и повышали свою роль в сельскохозяйственном производстве совхозы, представлявшие собой, в отличие от колхозов, государственные социалистические предприятия в сельском хозяйстве. К началу 1941 г. в стране насчитывалось 4159 совхозов вместо 3992 в 1937 г. Среди них было 476 зерновых, 203 свекловичных, 43 хлопковых, 62 прочих специальных культур (эфиромасличных, табачных, махорочных, чайных), 494 плодово-виноградных, плодово-овощных и картофеле-овощных, 870 молочных и мясомолочных, 666 свиноводческих, 201 овцеводческий, 125 коневодческих, 44 оленеводческих, 28 звероводческих, 101 птицеводческий и 808 совхозов других направлений³³⁹. Необходимо было укрепить совхозы в организационно-хозяйственном отношении, повысить освоение техники, поднять культуру земледелия и животноводства, увеличить производство продукции.