Переход к новой экономической политике существенно изменил условия работы транспорта. Если при «военном коммунизме» транспорт перевозил грузы только государственных предприятий, причем фактически бесплатно, то с переходом к нэпу и развитием в стране товарно-денежных отношений должны были перевозиться грузы, принадлежащие различным категориям клиентов. Декрет СНК от 9 июля 1921 г. «Об оплате за перевозки по железным дорогам и водным путям» восстанавливал платность перевозок всех грузов без исключения; расчеты между государственными предприятиями и кооперативными объединениями и транспортными органами должны были осуществляться безналичным путем, перечислением денежных сумм в Наркомфин¹⁰⁵⁶. В соответствии с этим декретом железные дороги и НКПС не могли непосредственно использовать доходы от перевозок грузов на развитие своего транспортного хозяйства. Такой порядок был изменен после перевода транспорта на хозяйственный расчет.

На железнодорожном транспорте хозяйственный расчет начал внедряться на основании постановления СНК от 16 января 1922 г.¹⁰⁵⁷

НКПС с этого временя должен был составлять свой бюджет, исходя из принципа самоокупаемости. Доходы от перевозок грузов, пассажиров и других транспортных услуг должны были возмещать расходы по эксплуатации перевозочных средств и путевого оборудования. Транспорт должен был стать рентабельной отраслью. Это требовало введения принципа материальной заинтересованности и материальной ответственности работников транспорта в правильном и экономном использовании всех ресурсов.

Необходимость соблюдения режима экономии и достижения самоокупаемости железных дорог нуждалась в дальнейшем расширении принципа платности транспортных услуг и изменения порядка использования выручки железных дорог от транспортных операций. Декретом от 16 января 1922 г. расширялась номенклатура оплачиваемых транспортных услуг: устанавливалась полная оплата грузовых и пассажирских перевозок (за исключением воинских) и платность так называемых «прочих» услуг железнодорожного транспорта, например, сдача в аренду вагонов, складов и т.п. Изменялся порядок расчета грузоотправителей с железными дорогами: ведомственные перевозки, выходящие за пределы основного государственного плана, должны были оплачиваться грузоотправителями наличными деньгами. Доходы, полученные НКПС за сверхплановые перевозки, поступали в полное его распоряжение, что стимулировало увеличение объемов перевозок, улучшение эксплуатационной работы сети. В развитие принципа экономического стимулирования и улучшения производственной деятельности транспорта декрет от 27 марта 1923 г. разрешал НКПС распоряжаться не только сверхплановой выручкой, но и доходами от основных плановых перевозок¹⁰⁵⁸.

Однако январский декрет 1922 г. имел ограниченную сферу применения, так как вводил хозрасчетные отношения применительно к железнодорожному транспорту в целом как отрасли народного хозяйства. В отдельных звеньях железнодорожного транспорта, например на дорогах, хозрасчет не вводился, и они существовали за счет сметных ассигнований НКПС.

Переход к нэпу потребовал отмены ограничений, установленных в годы «военного коммунизма» для перевозки частных грузов и пассажиров. Восстановление народного хозяйства и развитие товарно-денежных отношений обусловили широкое привлечение на железные дороги и водные пути грузов частного сектора. В 1922 г. перевозки частных грузов железнодорожным транспортом резко возросли: среднесуточная погрузка частновладельческих грузов увеличилась с 0,3% от общей погрузки в ноябре 1921 г. до 1,5% в январе 1922 г. и до 18,8% в ноябре 1922 г. В последующие годы восстановительного периода перевозки частных грузов возросли еще больше¹⁰⁵⁹.

Усложнение хозяйственных связей транспортной отрасли с потребителями ее услуг, принадлежащими к различным социально-экономическим секторам, вызвало необходимость введения с 1 августа 1922 г. нового устава железных дорог. Этот устав предусматривал платность перевозок, отмену ограничений в перевозках, восстанавливал ответственность железных дорог за сохранность перевозимых грузов, а также определял права и обязанности каждой из сторон. Новый устав явился фундаментом для построения нормальных взаимоотношений железных дорог и клиентуры, пользующейся их услугами.

На водном транспорте — речном и морском — несмотря на большее оживление частного предпринимательства по сравнению с железнодорожным, переход к новым принципам хозяйствования, перевод на хозрасчет потребовал более продолжительного времени. Морской флот был переведен на хозрасчет постановлением СТО от 13 июня 1922 г., а на речном транспорте это было осуществлено лишь летом 1923 г. Однако в судостроении перевод предприятий на хозрасчет был осуществлен раньше, на основании декрета СНК от 13 октября 1921 г. «О мерах к развитию торгового судоходства и судостроения на началах хозяйственного расчета»¹⁰⁶⁰.

Перестройка транспорта на началах нэпа заняла более продолжительное время, чем перестройка легкой промышленности или сельского хозяйства, — около двух лет. Замедленный переход к нэпу на транспорте объяснялся прежде всего особенностями во взаимоотношениях государственных предприятий. Многие предприятия и учреждения социалистического сектора находились на государственном бюджете и не должны были оплачивать свои перевозки. Кроме того, транспорт сам получал бесплатно топливо, материалы, оборудование. Железные дороги и пароходства некоторое время и после перехода промышленных объединений на хозрасчет перевозили их грузы фактически бесплатно. В экстренном порядке бесплатно перевозились продовольствие и семена в Поволжье в 1921 г. Бесплатно вывозились оттуда дети. В навигацию 1922 г. флот бесплатно доставлял в пострадавшие от засухи районы продовольствие и предметы потребления. Все это послужило причиной более позднего перевода транспорта на новые принципы хозяйствования. Только 20 июля 1923 г. было принято постановление «О переводе на коммерческий расчет правлений государственных речных пароходств», согласно которому все речные государственные пароходства (за исключением Среднеазиатского) снимались с государственного бюджета и переводились на хозяйственный расчет; каждое пароходство получало право на самостоятельное ведение транспортных операций, индивидуальный устав и строилось по типу государственного треста, функционировавшего на основе декрета от 10 апреля 1923 г.

Речные пароходства длительное время работали с убытком, что обусловливалось трудностями восстановления флота. Расходы на ремонт и восстановление судов были очень большими, а уровень тарифов на водные перевозки оказался недостаточным для возмещения издержек по эксплуатации. Повышение же тарифов сдерживало бы поступление грузов на водный транспорт, т.е. мешало оживлению оборота, затрудняло выполнение задач, поставленных партией и правительством. В связи с этим, хотя решение о внедрении хозрасчета было принято, принцип самоокупаемости производственных затрат был отодвинут на последующие годы. В 1924—1925 гг. в целях оживления торговли и привлечения грузов на водный транспорт провозная плата на речном транспорте была понижена. Это при сохранении убыточности речного транспорта позволило промышленным, заготовительным и торговым организациям, пользующимся услугами речного флота, добиться удешевления своей продукции. Так, если в цене ржи в дореволюционный период фрахтовая ставка достигала 12%, то в 1925 г. она снизилась до 7%, в цене соли — соответственно 21 и 15%, бревен — 5 и 3,75%¹⁰⁶¹. Поэтому в эти годы речной транспорт был убыточной отраслью и добиться рентабельности речным пароходствам удалось уже после восстановительного периода. Волжское пароходство впервые дало прибыль в 1926 г.