Потерпев поражение в своей Дальневосточной политике, правительство России переключило все внимание на европейско-ближневосточные дела. В конце XIX начале XX в. в Европе сложилось два противостоящих друг другу блока. В 1882 г. был заключен Тройственный союз между Германией, Австро-Венгрией и Италией. В этой ситуации началось сближение между Россией и Францией. 27 августа 1891 г. в обстановке секретности был заключен русско-французский союз. Спустя год, в связи с новым увеличением германской армии между Россией и Францией была подписана военная конвенция. В январе 1894 г. договор был ратифицирован Александром III (1845–1894) и приобрел обязательный характер. Россия брала на себя обязательства выступить против Германии, если Франция подвергнется нападению со стороны Германии или Италии, поддержанной Германией. В свою очередь Франция брала обязательства выступить против Германии, если Россия подвергнется нападению со стороны Германии или Австро-Венгрии, поддержанной Германией. К 1906 г. международная обстановка обострилась из-за противоречий между Англией и Германией, которая открыто бросила вызов притязаниям Англии на мировое господство. Заметно усилились противоречия между Францией и Германией. Франция жаждала взять реванш за поражение в франко-прусской войне 1870–1871 гг. Рост военного и экономического могущества Германии заставил Англию и Францию в 1904 г. объединиться и заключить «сердечное согласие» — «антанта кордиаль», откуда и пошло название Антанта. Противоречия между Россией и Австро-Венгрией на Балканах предопределили участие России в случае большой европейской войны на стороне Антанты. В 1907 г. был заключен англо-русский договор, по которому Россия присоединялась к Антанте. Это соглашение не предусматривало союза против какого-либо государства, но по существу было направлено против Германии.
Поражение в Русско-японской войне, приближение большой войны в Европе заставили правительство принять срочные меры по укреплению обороноспособности страны. Начатые в России военные реформы коснулись и системы высших органов управления армией. 21 июня 1905 г. была утверждена должность начальника Генерального штаба «с правом доклада Его Императорскому Величеству». С образованием Главного управления Генерального штаба (ГУГШ) изменилась структура разведки. До войны Главный штаб имел в составе управления, ведавшего военной статистикой, 7-й отдел, который назывался «Отделом военно-статистического изучения иностранных государств». Основной задачей 7-го отдела были получение, обработка, анализ и обобщение информации о потенциальных противниках и союзниках. 22 апреля 1906 г. приказом военного министра № 252 создается «5-е (разведывательное) делопроизводство в составе части 7-го обер-квартирмейстера Управления генерал-квартирмейстера Главного управления Генерального штаба». Начальником разведывательного делопроизводства ГУГШ становится полковник Генерального штаба Николай Августович Монкевиц.
По службе разведывательное делопроизводство непосредственно подчинялось 1-му обер-квартирмейстеру (генерал-майору А. В. Алексееву, с 1909 г. — Г. Н. Данилову), а затем — генерал-квартирмейстеру. Переписка с начальником Генерального штаба и военным министром, доклады на Высочайшее имя скреплялись подписью прямых руководителей разведывательного делопроизводства. Таким образом, впервые в русской армии был создан центральный разведывательный орган, призванный руководить сбором разведывательной информации и координировать работу других разведывательных подразделений. Происходило окончательное разделение функций оперативных и обрабатывающих служб. Анализом поступающей информации стали заниматься оперативно-статистические делопроизводства частей 2-го и 3-го обер-квартирмейстеров. Каждое из десяти оперативно-статистических делопроизводств ведало определенной страной или группой стран.
Вместе с созданием центрального разведывательного органа появляются и соответствующие подразделения на местах. В течение 1906–1907 гг. создаются самостоятельные разведывательные отделения в штабах военных округов. За военными округами, а значит, и за их разведывательными отделениями, закрепляются соответствующие районы изучения. В основном, это государства, прилегавшие к пограничным военным округам, либо государства, на которые были направлены фронты, формировавшиеся в военное время на основе военных округов. Изучаемые государства окончательно были поделены к 1908 г. К этому же времени завершается формирование структуры разведки и разработка планов разведывания. Для окончательной разработки плана организации разведки и тесного взаимодействия разведывательного делопроизводства ГУГШ с разведывательными отделениями штабов военных округов в 1908 г. было принято решение провести съезд старших адъютантов разведывательных отделений штабов военных округов.
Съезд проходил с 10 по 14 июля в Киеве. Он определил, что ГУГШ «руководит деятельностью окружных штабов, ведет самостоятельную разведку стратегического характера во всех сопредельных государствах, прежде всего в столицах и важнейших военных центрах… Штабы округов ведут разведку в пограничных областях соседних государств…». «Органами разведки, — по мнению участников съезда, — являются: негласные агенты, чины Отдельного корпуса жандармов, Департамента полиции, Отдельного корпуса пограничной стражи, таможенного ведомства, корчемной стражи, чины министерства иностранных дел, лица православного духовенства за границей, а также командируемые за границу офицеры армии».
Таким образом, агентура и чины государственных организаций, привлекавшиеся к работе в разведке в различной степени, попадали практически в один разряд. В то же время каждый из таких «органов разведки» использовался для своих определенных целей. Задачи, для решения которых привлекались «негласная агентура», чины корпуса жандармов, корпуса пограничной стражи и офицеры, командированные за границу, конкретизировались в протоколах заседаний более подробно. В частности, отмечалось, что при помощи «чинов корпуса жандармов проводят вербовку негласных агентов, устанавливают связь с другими органами разведки и получают от них (жандармов) различную информацию».
Присутствовавший на съезде начальник разведывательного делопроизводства ГУГШ полковник Н. А. Монкевиц довел до сведения собравшихся общие планы разведывательных работ на ближайшее будущее, главный смысл которых сводился к тому, чтобы готовить разведку к условиям военного времени. Специальный параграф итоговых протоколов посвящался вопросу «мобилизации разведки». Перед разведывательными организациями ставилась задача готовить агентурную сеть на случай европейской войны, т. е. агентов, не занятых в активных операциях мирного времени. Но в основном протоколы съезда лишь фиксировали общие положения работы разведки, на которых следовало сосредоточиться каждому разведывательному отделению. Практическим же результатом «киевского съезда» стало окончательное распределение «сфер разведывания» между разведывательными отделениями и делопроизводством ГУГШ. В отличие от предварительного проекта, подготовленного к съезду в пятом (разведывательном) делопроизводстве Генерального штаба Н. А. Монкевицем, разведывательным отделениям было разрешено действовать не только в пограничной полосе, но и в столицах изучаемых государств. До этого столицы были прерогативой центрального разведывательного делопроизводства ГУГШ.
В ходе работы съезда обсуждался вопрос и о деятельности контрразведки. Было определено, что заниматься ею должны штабы военных округов (фактически те же разведывательные отделения), а в качестве исполнительных органов привлекать полицию, корпус жандармов, таможенную службу, пограничников.
Еще одним практическим результатом работы съезда стала организация в штабах военных округов «бюро по работе с прессой», по примеру Варшавского военного округа. Опыт показывал, что значительную часть разведывательной информации можно получить из открытых источников. Создание подобных бюро в других военных округах способствовало активизации военной разведки.