Однако сведения, добываемые тайными агентами, освещали в основном организацию тыла японской армии. Их донесения поступали в штаб действующей армии кружным путем (через Китай или Европу) и почти всегда опаздывали. Изменения в структуру военной разведки были внесены после создания штаба главнокомандующего русскими войсками на Дальнем Востоке после поражения русской армии в 1904 г. под Ляояном. В каждой из трех сформированных на базе Маньчжурской армии новых (1-й, 2-й и 3-й) армий было сформировано разведывательное отделение штаба армии. Донесения военных агентов из-за рубежа стали теперь поступать напрямую в разведывательное отделение штаба главнокомандующего.
Формально деятельность разведывательных отделений штабов армий объединялась штабом главнокомандующего. Но на практике взаимодействие между ними было слабым и сводилось, в основном, к обмену разведывательными сводками. При этом сводки не отличались полнотой и достоверностью. В начале 1905 г. после неудачи русских в сражении под Мукденом японцам удалось захватить штабной обоз с делами разведывательного отделения. Русские агенты в Японии оказались на грани провала, и многих пришлось отозвать. В целом дальней разведке не удалось решить те задачи, которые были перед ней поставлены.
Не менее сложными оказались и вопросы организации ближней разведки, основной задачей которой являлся «сбор сведений о противнике непосредственно в районе расположения и действий его армий». В начале Русско-японской войны руководство разведкой непосредственно на театре военных действий осуществляло разведывательное отделение управления генерал-квартирмейстера штаба Маньчжурской армии. Работало оно неэффективно. Сводки данных о противнике составлялись не регулярно и предназначались только для высшего командования. Штабы дивизий, корпусов и отрядов до 26 октября 1904 г. не получали из штаба армии разведывательных данных и были вынуждены довольствоваться сведениями своей войсковой разведки (т. е. безотносительно к общей стратегической обстановке).
В октябре 1904 г., после разделения маньчжурских войск на три армии, при каждой из них было создано разведывательное отделение. Кроме того, собственные разведывательные отделения были в штабе Приамурского военного округа и штабе тыла войск Дальнего Востока. Разведка осуществлялась также штабами войсковых частей. Все они действовали практически независимо друг от друга. В результате наблюдалась полная дезорганизация в руководстве разведкой. Сбор сведений о противнике на театре военных действий осуществлялся, в основном, средствами войсковой разведки (захват пленных, добывание различного вида документов, предметов снаряжения, обмундирования и т. п.) и тайной разведки (направление лазутчиков, в основном китайцев и корейцев). Дополнительным источником информации служили сообщения иностранной печати.
К руководству ближней разведкой, как правило, привлекались лица, знакомые с местными условиями жизни в этом регионе. Среди них были генерал-майор Кондратович, служивший ранее в Маньчжурии и имевший связи среди китайцев и местных миссионеров, капитан Кузьмин, бывший инструктор корейских войск, генерал-майор Вогак, долгое время прослуживший на Дальнем Востоке, штабс-капитан Афанасьев и штабс-капитан Россов, владевшие китайским языком. Сведения от лазутчиков доставляли также представитель военного комиссара Мукденской провинции в городе Ляоян штабс-капитан Пеневский, штабс-капитан Блонский, военный комиссар Мукденской провинции полковник Квецинский. Поступала информация и от начальника транспортной службы армии генерал-майора Ухач-Огоровича и хабаровского купца 1-й гильдии Тифонтая, китайца по национальности. Так, например, первые сведения о воинских частях Японии с номерами полков и дивизий были получены от лазутчиков-китайцев штабс-капитана Пеневского.
Но самые ценные сведения о противнике на основании документальных данных получала войсковая разведка. Большой объем информации разведка получала из допросов военнопленных, которые давали довольно полные и достоверные сведения. Важным источником информации служили предметы снаряжения и обмундирования с номерами и нагрудными личными знаками. Ценные сведения давали солдатские записные книжки, дневники с кратким изложением действия войсковой части, карты, найденные в сумках убитых офицеров с нанесенными расположениями войск, конверты от писем с обозначением точного адреса японского военнослужащего (армия, дивизия, полк, рота) и т. п. Еще одним источником получения сведений о противнике являлась иностранная печать, хотя и здесь были свои трудности. Прежде всего, не хватало переводчиков, особенное хорошим знанием письменного японского языка. К тому же японцы весьма строго следили за тем, чтобы в прессу не просачивалась информация военного характера. И, тем не менее, из японской печати все-таки можно было черпать кое-какие сведения о противнике. К ним относились официальные донесения японских начальников (особенно в начале войны) и отдельные объявления в японских газетах. Значительно больший интерес представляли корреспонденции иностранных военных журналистов, побывавших на театре военных действий с японской стороны и напечатавших свои наблюдения без цензуры в своих странах. В этих корреспонденциях содержались порой интересные данные о тактике японской армии, моральном духе, некоторых вопросах ее материально-хозяйственного обеспечения.
Своеобразным видом разведки была разведка флангов. Линейная тактика, применявшаяся в войне, предусматривала нанесение поражения противнику за счет обхода его флангов. По своим масштабам, привлекаемым силам и средствам эта разведка приближалась к дальней разведке. С самого начала войны придавалось большое значение не левому приморскому флангу, а правому (Монголия) флангу русской армии. В штаб Маньчжурской армии поступали донесения о движении китайских войск генералов Юаньшикая и Ma к нейтральной полосе и даже в тыл нашего расположения. Истинные намерения китайского правительства русскому командованию были неизвестны. Достоверных данных о том, что Китай до конца войны сохранит строгий нейтралитет, не было. Допускалось, что при удобном случае и при условии высадки Японией десанта где-либо на западном побережье Ляодунского залива Китай открыто перейдет на сторону Японии.
Для проверки слухов о движении Юаньшикая и Ma и вообще для наблюдения за правым флангом были приняты следующие меры:
1) В конце февраля 1904 г. прикомандированный к штабу Маньчжурской армии штатный слушатель Восточного института штабс-капитан Колонтаевский был отправлен в район реки Ляохэ и участка Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД) Синминтин — Гоубаньцзы — Инкоу.
2) Еще до начала войны был сформирован отряд пограничной стражи под командованием подполковника Переверзева для наблюдения реки Ляохэ и охраны железной дороги на участке Инкоу — Ташичао — Ляоян — Мукден. При отряде находился командующий 21 сотней пограничной стражи поручик Коншин. Он имел кадровых разведчиков из китайцев, корейцев и нижних чинов пограничной стражи, знающих китайский язык, и вел разведку в районе нижнего течения Ляохэ. С началом военных действий штабом Маньчжурской армии было предложено поручику Коншину усилить кадры своих разведчиков и продолжать разведку в районе реки Ляохэ и Синминтинской железной дороги, высылая по временам разведчиков и в расположение войск генерала Ma. Ввиду ожидаемого движения генерала Ma на Ляоян — Мукден отряд полковника Переверзева был усилен полевыми войсками и переименован в Ляохэйский отряд. Этот отряд должен был продолжать активно вести тайную разведку посредством китайцев на правом фланге русской армии.
3) Так как не было точных сведений о численности китайских войск генералов Юаньшикая и Ma, то в конце марта 1904 г. в район расположения этих армий был командирован штабс-капитан Россов. Под видом датского корреспондента и купца он должен был выяснить на месте точную дислокацию, численность, состояние и качество китайских войск.
4) Для этой же цели в апреле месяце того же года под видом русского купца был командирован есаул Уральского казачьего войска Ливкин.