Следует отметить, что не все проекты субмарин специального назначения удалось реализовать. Менее известен советский АПЛ Пр. 717 (ЦКБ «Волна»). Это был нетрадиционный проект, потребовавший от профильных НИИ значительных усилий в его реализации Работы начались в 1967 году под официальным названием «большая транспортная десантная подводная лодка — минный заградитель». По замыслу разработчиков корабль предназначался для скрытой переброски десантных сил и техники на большие расстояния, установки минных заграждений на удаленных от базы океанских коммуникациях. Кроме этого, субмарина могла транспортировать подразделения подводных боевых пловцов и диверсантов с полным комплектом вооружения и транспортными средствами. Однако соответствующие мощности ВПК так и не были найдены, и проект в начале 70-х годов закрыли Строительство лодки так и не началось.

50-е, 60-е годы XX века были продуктивны в попытках советского ВМФ создать специальные дизельные и атомные субмарины, способные действовать с мощным десантом и спецподразделениями боевых пловцов и диверсантов в регионах океана, контролировавшихся странами НАТО. В 50-х годах данным задачам соответствовали проекты дизель-электрических ПЛ 632 и 648. Кроме прочего, корабли могли обслуживать в море тяжелые гидросамолеты, осуществлять транспортировку ГСМ, крылатых ракет и другого вооружения. В конце 50-х годов ЦКБ-16 (главный конструктор — Н.А. Кисилев) был выдан заказ на проектирование подобной по назначению лодки, но с атомной энергетической установкой (Пр. 664). 01.03.1960 года задание утвердило Министерство обороны, и уже в сентябре этого года оказались подготовлены четыре варианта эскизного проекта корабля. Несмотря на высокую загруженность верфей ВПК, в 1964 году строительство субмарины было начато на Северном машиностроительном заводе. Однако вскоре работы были прекращены, так как необходимость ввода в строй новых проектов АПРК на то время холодной войны стало более актуальным

Необходимость в принятии на вооружение ВМФ субмарин, способных выполнять скрытые транспортные переброски средств ведения войны и диверсионно-десантных подразделений, оставалась. Поэтому при создании программы отечественного судостроения на период 1965—1970 годов вновь вернулись к созданию транспортно-десантной подводной лодки с атомной энергетической установкой. В 1965 году соответствующее задание было выдано ЦКБ-16 (Пр. 748, главный конструктор — Н.А. Киселев). Возможности корабля поражали. Лодка могла принять на борт усиленный батальон морской пехоты с полным вооружением, три плавающих танка типа ПТ-76, шесть ротных минометов, два бронетранспортера. В целом проект предусматривал вместимость корабля: 1200 человек и около 20 единиц бронетехники. При наличии столь внушительного «подводного гарнизона» расчетная автономность АПЛ составляла 80 суток. Представленный заказчику эскизный проект лодки не был утвержден, но работы над ним продолжены.

С целью ведения скрытых подводно-диверсионных действий на коммуникациях противника в 1990 году на базе АПЛ Пр. 667А (К-411) после переоборудования была создана субмарина Пр. 09774. Лодка предназначена мя транспортировки СМПЛ. Во время модернизации корпус корабля пришлось удлинить до 162,5 метра, исключить из конструкции торпедные аппараты, провести другие работы, связанные с назначением АПЛ.

Американское военно-морское ведомство, спецслужбы соответствующего уровня уделяют постоянное внимание совершенствованию подводного разведывательного флота. В США заканчивается строительство многоцелевой ПЛ «Джимми Картер» (такт, номер SS № 23). Это третья новейшая атомная лодка класса «Сивулф» («Морской Волк»). В строю находятся две субмарины данной серии (SS № 21, SS № 22). Они введены в состав ВМС США в 1997—1998 годах. Лодки предназначены для транспортировки и высадки подразделений сил специальных операций. АПА оборудованы шлюзовой камерой, вмещающей 9 подводных диверсантов-разведчиков, барокамерой. В ее отсеках могут быть размещены 40 подводных диверсантов, на вооружении которых находятся носители ASDS и два подводных аппарата типа LMRS.

Лодка оборудована, по мнению американских специалистов, настолько совершенной техникой, что позволяет «...спустя час найти на дне океана брошенную русскими на счастье монетку». Для этого на вооружении разведывательных сил флота находятся подводные аппараты двойного назначения: «Элюминаут», «Си клифф», «Алвин», «Дип Джип», «Дипстар» 2000, 4000, 12 000, 13 000, 20 000 (индекс глубины погружения), «Кабмарин» и другие. Активно используются глубоководные беспилотные приборы, оснащенные современным оборудованием. Возможность их применения позволила некоторым представителям российского военно-политического руководства и ряду специалистов выразить сомнения относительно правильности решения правительства о затоплении в водах океана орбитальной станции «Мир». И они оказались недалеки от истины.

В марте 2001 года американские спецслужбы начали секретную операцию по подъему останков российской станции, приводнившихся в зоне ответственности 7-го флота США (район падения 44,25 гр. южной широты и 29,55 гр. западной долготы). По мнению космонавта Владимира Волкова, эти действия есть «прямая угроза безопасности России. Прямо в руки американцев передано почти 12 тонн космической аппаратуры. Это бесценный подарок... что во много раз дороже золота».

По мнению члена-корреспондента Международной академии информатизации при ООН контр-адмирала Николая Мормуля, в недавнем прошлом начальника технической службы Северного флота России, «США располагают техникой, которая способна поднять фрагменты станции "Мир" практически с любой глубины...». Было отмечено, что при ее падении в районе приводнения фрагментов станции уже находилось 27 рыболовецких судов. Все разведки мира используют подобный класс плавсредств в качестве разведывательных (см.: Г. Тельнов. Американцы тайно поднимают со дна океана станцию «МИР»// Жизнь, № 14(24) от 11.04. 2001. С.5.)

После гибели в Баренцевом море в августе 2000 года АПРК «Курск» со всем экипажем представители разведуправления и управления ФСБ по Северному флоту высказали серьезные опасения в возможном появлении подводных диверсантов-разведчиков США или Великобритании в районе гибели подводного крейсера. Поэтому было организовано охранение места залегания «Курска», в том числе противодиверсионное. По мнению некоторых специалистов, план проникновения на АПРК был оперативно разработан в августе 2000 года на одной из баз ВМС США — в Коронадо (штат Калифорния) или Литтл-Крик (штат Вирджиния). Учитывая серьезную подготовку американских и английских подразделений специального назначения, на борт российских кораблей охранения были посажены боевые пловцы из отрядов противодиверсионных сил и средств отдела противолодочной обороны управления боевой подготовкой, которым с 2000 года присвоен статус отрядов специального назначения. В любое время они могли быть усилены боевыми пловцами управления разведки, взвода водолазов единственного в России морского полка Внутренних войск МВД или бойцами отряда специального назначения ФСБ «Касатки».

Кроме кораблей задачу прикрытия погибшей АПРК осуществляли атомные подводные лодки противолодочной дивизии Северного флота, такие, например, как «Даниил Московский». Осенью 2001 года операция по подъему «Курска», за исключением носовой части подводного крейсера, успешно завершилась, а в марте 2002 года все члены ее экипажа были опознаны за исключением четырех человек.