В 1924 году находятся истоки еще одного важного начинания русской эмиграции в Париже, к которому непосредственное отношение имел Николай Александрович. При поддержке еще одного сотрудника YMCA, много сделавшего для Зарубежной России, Джона Рейли Мотта (будущего лауреата Нобелевской премии мира 1946 года), а также с благословения митрополита Евлогия (Георгиевского) удалось приобрести на аукционе здание усадьбы с требовавшей серьезного ремонта церковью. Деньги на приобретение здания дали великая княжна Мария Павловна Романова (100 тысяч франков — очень большие по тем временам деньги), родившийся в России шведский промышленник и чрезвычайно богатый человек Эммануил Людвигович Нобель (племянник известного химика Альфреда Нобеля), упоминавшиеся уже Дж. Мотт и Д. Лурье, англиканский священник Перси Эльборо Тинлинг Видрингтон, болгарский богослов Стефан Цанков. Здание хотели использовать после необходимого ремонта под православный храм и для основания духовной школы. Приобретение состоялось в день памяти преподобного Сергия Радонежского, поэтому будущий центр русской церковности и богословия (существующий и сегодня) назвали «Сергиевым подворьем». Многие верующие русские эмигранты занимались ремонтом подворья, несколько дней работал здесь и Николай Александрович — вместе с другими членами братства святой Софии. Здесь, в Сергиевом подворье, в скором времени состоялась и свадьба племянника Николая Александровича (со стороны Гудим-Левковичей), на которой он присутствовал вместе с Лидией Юдифовной.
А 1 марта 1925 года митрополит Евлогий совершением литургии официально открыл Свято-Сергиевский Богословский институт. Еще через два месяца в нем начались занятия, — для первых десяти студентов. Название «Институт» было дано в память о Петроградском Богословском институте, существовавшем в 1919–1921 годах по благословению патриарха Тихона и созданном с применением церковных реформ, принятых на Соборе (в частности, впервые туда принимали женщин). Протоиерей Сергий Булгаков стал штатным священником Сергиевого подворья (и преподавателем Богословского института). Центр православной богословской мысли, хотя бы на время, оказался перенесенным из России в русскую диаспору Многие русские богословы были приглашены профессорами на богословские факультеты Белграда, Софии, Бухареста, Варшавы, а в Парижском Богословском институте почти 50 лет блестящая плеяда ученых смогла хранить, несмотря на трудные материальные условия, высокий уровень русского богословия. После Второй мировой войны группа профессоров Парижского института приняла участие в создании Свято-Владимирской Духовной академии в Нью-Йорке, — богословская мысль жила и развивалась в эмиграции.
Благодаря Сергиевому подворью довольно близким другом Бердяева стала Елизавета Юрьевна Скобцова (Пиленко), которая в 1932 году стала матерью Марией. Бывшая революционерка, поэтесса, с которой Бердяев познакомился еще в России на «башне» у Вячеслава Иванова, Елизавета Юрьевна, оказавшись в эмиграции и не имея средств прокормить детей, не гнушалась никакой работой (как правило, найденной по объявлению в «Последних новостях») — мыла полы, выводила тараканов, чистила тюфяки. В Сергиевом подворье она занималась на курсах, где особенно сблизилась с отцом Сергием Булгаковым (он там преподавал), — Елизавета Юрьевна стала его духовной дочерью. Работала Скобцова и в Русском студенческом христианском движении, где тоже часто встречалась с Николаем Александровичем. Они сошлись довольно близко, Елизавета Юрьевна стала завсегдатаем бердяевского дома, ее часто можно было видеть на «воскресеньях». В конце концов Скобцова решила принять постриг. Не все считали это возможным — вспоминали ее бывшую политическую деятельность и два неудачных замужества. Бердяев тоже отговаривал ее от монашества, — хотя, конечно, по совсем другим соображениям: он писал ей об опасениях, что монашеский сан может стать для нее препятствием в осуществлении ее собственного призвания. Но митрополит Евлогий (Георгиевский) понял и принял желание Елизаветы. Так Елизавета Юрьевна Скобцова стала матерью Марией.
Монашеское служение началось еще в тридцатых: экономический кризис многих сделал безработными. Мать Мария открыла приют для бедных и обездоленных, где каждый был принят как брат и сестра. Денег на это начинание у нее не было, но было страстное желание помочь людям. Нашлись друзья, с чьей помощью она сняла дом на Вилла де Сакс в Париже. Очень быстро он не смог вместить всех страждущих, и тогда мать Мария перебралась в большой полуразрушенный дом на улице Лурмель. Ремонтировали этот дом самостоятельно — мать Мария, ее мать Софья Борисовна, ее дети — Юрий и Гаяна, друзья. Мать Мария и плотничала, и столярничала, и красила стены… Из старого гаража рядом с домом была сделана церковь, украшенная иконами, написанными и вышитыми самой матерью Марией (она владела искусством лицевого шитья). В доме на Лурмель можно было встретить бездомного эмигранта и душевнобольного, которого энергичная монахиня выручила из психиатрической лечебницы с жестоким режимом, безработного и наркомана, проститутку и убежавшую из дома молоденькую девушку. Для матери Марии все люди были братьями и сестрами во Христе, и она пыталась помочь и поддержать каждого, кто встречался на ее пути. Ее друг, Константин Мочульский вспоминал слова матери Марии: «Путь к Богу лежит через любовь к человеку, а другого пути нет… На Страшном суде меня не спросят, успешно ли я занималась аскетическими упражнениями и сколько я положила земных и поясных поклонов, а спросят: накормила ли я голодного, одела ли голого, посетила ли больного и заключенного в тюрьме. И только это спросят». В 1935 году мать Мария основала объединение «Православное дело», которое развернуло активную деятельность: было создано два общежития для бедных, дом для выздоравливающих туберкулезных больных в Нуазиле-Гран, на улице Лурмель открыли приходскую школу, издавался даже одноименный журнал. Николай Александрович поддерживал начинания своей давней знакомой, они относились друг к другу с неизменной симпатией, не раз в трудных ситуациях оказывались «по одну сторону баррикад».
В Богословском институте преподавали многие близкие знакомые Николая Александровича — не только Булгаков, но и Вышеславцев, Зеньковский, Лосский, Франк. Бердяев, не будучи богословом и считая себя «свободным философом», лекций не читал, но в жизни института участвовал. Сохранились воспоминания отца Александра Шмемана о том, как часто в годы его обучения в Богословском институте там бывал Бердяев. Но в самой церковной жизни эмиграции не было единства, что привело к раздорам, церковной смуте, завершилось карловацким расколом, а затем усугубилось церковным разрывом в 1931 году. Большинство эмигрантов, при всей их ностальгии и любви к родине, негативно воспринимали все происходящее в Советском Союзе. Поэтому тот вопрос, который обсуждался еще на первых собраниях братства Святой Софии, вопрос об отношениях церкви и власти, неминуемо должен был встать перед верующими эмигрантами. Осенью 1921 года состоялся Русский Всезаграничный церковный собор в Сремских Карловцах, где большинство участников во главе с митрополитом Антонием (Храповицким) высказались за восстановление на престоле «законного православного царя из дома Романовых», а также обратились к мировой общественности с рядом политических по своей сути заявлений. Конечно, это было отрицательно воспринято в России. Патриарх Тихон не признал решения Собора каноническими и поручил все заграничные приходы попечению митрополита Евлогия. В результате эмигрантские приходы раскололись на «карловчан» и «евлогиан». Причем правые круги эмиграции, как правило, поддерживали митрополита Антония, а либеральные — свободно мыслящего, не чуждого новшеств Евлогия. Именно Евлогий благославил братство Святой Софии, благодаря ему начал работать Богословский институт на Сергиевом подворье. Бердяев принадлежал к «евлогианам». Да и Евлогий, лично знавший Николая Александровича, с большим сочувствием относился к его деятельности, несколько раз оказывал поддержку его начинаниям, присутствовал на заседаниях РФА.