Уложение Московского Собора, состоявшееся 6 августа, обращено было непосредственно к святителям. Продолжая свои заседания, Собор составил в сентябре месяце другое уложение, которое относилось уже к низшему духовенству, белому и монашествующему. Бесчиние некоторых вдовых священников издавна служило у нас предметом пререканий и соблазна. Еще святитель Петр, митрополит Московский, дал правило, чтобы вдовые священники шли в монастыри и там священнодействовали, а если хотят жить в мире и любить мирские сласти, то не священнодействовали бы. Митрополит Фотий повторил это правило, но от времени оно потеряло свою силу. Впоследствии митрополит Феодосий вступил было в борьбу с нравственными недостатками московского духовенства, в том числе и вдовствующего, но ничего не мог сделать. Псковичи в 1468 г. сами отлучили от мест вдовых своих священников за их зазорное поведение, хотя не имели на то права. Настоящий Собор также засвидетельствовал, что многие священники и диаконы, вдовцы, забыв страх Божий, держат у себя наложниц и продолжают священнодействовать. А потому, ссылаясь на распоряжения прежних митрополитов Петра и Фотия, определил: "а) всем вдовым священникам и диаконам воспретить священнослужение на будущее время; б) тех из них, которые обличены или сами сознались в сожитии с наложницами и возвратили свои ставленые грамоты святителям, разлучить с наложницами и лишить сана, так чтобы они жили в мире, ходили в мирской одежде и платили подати наряду с мирянами; если же кто из таких, не возвратив своей грамоты, отойдет в дальние места с своею наложницею, как будто с женою, и будет священнодействовать в чужих епархиях, то виновного по обличении предавать гражданскому суду; в) тем вдовым священникам и диаконам, которые по смерти жен живут чисто и незазорно, стоять в церквах на клиросах и причащаться в алтарях - священникам в епитрахили, а диаконам в стихаре с орарем и за стояние на клиросах (т. е. за исправление должности чтецов и певцов) пользоваться четвертою частию церковных доходов от священников и диаконов, поступивших на их места; г) тем же из вдовых священников и диаконов, живущих чисто, которые захотят постричься в монашество, разрешить после пострижения священнодействовать, но только в монастырях, а не в мирских церквах". В монашествующем духовенстве большим соблазном для мирян служило то, что в некоторых монастырях иноки и инокини жили вместе или, по крайней мере, в монастырях женских служили и были духовниками игумены и иеромонахи. Против этого обычая вооружался еще митрополит Фотий. И настоящий Собор постановил: "Впредь чернецам и черницам в одном монастыре не жить, и в каком монастыре начнут жить чернецы, там служить игумену, а черницам не жить; если же в каком монастыре начнут жить черницы, там служить попам-бельцам, а чернецам не жить". Наконец, одним из главнейших пороков в нашем духовенстве, белом и монашествующем, на который жаловались во все времена, была нетрезвость. Против этого порока, не повторяя других правил, Собор определил только: "Если священник и диакон в какой-либо день упьются допьяна, то им на другой день отнюдь не служить литургии". Надобно заметить, что в рассмотренном нами втором уложении Московского Собора 1503 г., которое, подобно первому его уложению, скреплено было и обоими великими князьями и всеми архипастырями и потом разослано по России, начальная статья о вдовых священниках встречена была духовенством не без сильного ропота. Один из вдовых священников города Ростова - Георгий Скрипица - написал по этому случаю резкое послание к отцам Собора, святителям. "Вы осудили, - говорил он между прочим, - всех иереев и диаконов, настоящих и будущих, за смерть их жен, но в смерти они невиновны, смерть наводит Бог. И за такую вину, за посещение Божие вы, как злодеев, отлучили от священства братию свою, не испытав грехов их. Вы положили в Церкви вечную вражду между собою и священниками; как же дерзаете входить в святой алтарь?.. Зачем вы смешали добрых с злыми и, не разлучив злых от праведных, велите постригаться в монашество, чтобы священнодействовать?.. Писано: священнику, впадшему в блуд, не священствовать. А о чистых иереях и диаконах где писано, чтобы отлучать их от священства и принуждать к пострижению?.. И вашему Собору кто не подивится, кто не посмеется в чужих землях, услышав, что иереям и диаконам по смерти жен запрещено служить?.. Если бы вы осудили и одного невинного человека, и тогда вам следовало бы поскорбеть и помыслить об ответе пред Богом. Но вы осудили всех иереев Божиих как нечистых без свидетелей, чем оскорблены не только осужденные, но и священники, имеющие жен, ибо и каждый из них может лишиться жены и должен тогда не священствовать… Вы говорите: "Мы совершили то ради благочестия, очищая Церковь, так как попы вместо жен держат наложниц". Но рассудите, от кого то зло сталось в нашей земле: не от вашего ли нерадения, что вы злых не казнили, не отлучали от священства? Вы ни сами, ни чрез избранных священников не наблюдаете за священниками и не посылаете в города и села испытывать, кто как пасет Церковь Божию, но назираете за священниками по царскому чину: чрез бояр, дворецких, недельщиков, тиунов, доводчиков ради своих прибытков… Зачем вы положили вражду не только с священниками, но и с Вселенскими Соборами? Чего они не учинили, то учинили вы своим произволением… А прибавлять к правилам святых отцов, как и убавлять от них, за это угрожает проклятие". В заключение Скрипица убеждал архипастырей, чтобы они сотворили любовь с чистыми иереями и диаконами, помиловали их и благословили священнодействовать, а отлучили от священства только нечистых и законопреступных. Самая справедливая и главная мысль в этом послании та, что отлучать от священства вдовых иереев и диаконов, живущих зазорно, есть основание в правилах апостольских и соборных, а запрещать иереев и диаконов, живущих во вдовстве чисто, основания нет и что, следовательно, Московский Собор сделал от себя прибавление к древним правилам. Эту мысль повторяли тогда многие, как свидетельствует преподобный Иосиф Волоколамский, и он, по внутреннему ли побуждению или по поручению церковных властей, написал ответ, в котором целым рядом примеров доказывал, что и древние Соборы, Вселенские и Поместные, когда находили нужным, дополняли и изменяли прежние соборные правила и что запрещено под страхом проклятия прибавлять или изменять что-либо только в учении веры, в догматах, а отнюдь не в правилах и постановлениях Церкви.

Когда окончился Собор, рассуждавший о вдовых священниках, преподобный Нил Сорский, на нем присутствовавший, и другие белозерские пустынники начали выражать сожаление, что монастыри владеют землями и селами, и молили самодержца, всегда принимавшего их у себя с большим уважением за их строгую жизнь, чтобы он о том посмыслил. В числе этих белозерских пустынников находился и князь-старец Вассиан, который действительно имел свою пустыню на Белоозере, считался учеником преподобного Нила Сорского и нарочно приехал в Москву, дабы убедить великого князя отнять у монастырей имения, как и сам впоследствии сознавался. Иоанн приказал быть Собору и рассудить, следует ли монастырям владеть селами. На Соборе обнаружились два совершенно противоположные мнения. Одно отстаивали Нил Сорский и белозерские пустынники, т. е. не иноки Кирилло-Белозерского монастыря, общежительного и владевшего многочисленными вотчинами, а старцы, может быть и постриженники этого монастыря, только жившие вне монастыря, уединенно, имевшие свои отдельные пустыньки и скиты на Белоозере, но не имевшие никаких вотчин. Нил говорил, что монахам неприлично владеть имениями: монахи дают обет нестяжательности и отрекаются от мира, чтобы помышлять только о спасении своей души, а имения опять влекут их в мир, заставляют сноситься с мирскими людьми, вести с ними тяжбы и вообще обременяют иноков мирскими попечениями; монахам следует жить по пустыням и питаться не от имений, а от своих трудов, своим рукоделием. Другое мнение выражали и защищали настоятели двух знаменитых общежительных и весьма богатых отчинами монастырей: Троицко-Сергиева Серапион и особенно Волоколамского Иосиф. Их мысли были следующие: