Святители же, бывшие тогда в Москве, извещали об этом событии Геннадия Новгородского только следующими словами: "Отец Зосима митрополит своея ради немощи оставил стол Русской митрополии и, пришедши в святую великую соборную церковь, пред всеми положил свой омофор на престол и призывал Господа Бога во свидетеля на то, что ему невозможно более действовать святительски и называться митрополитом, и отошел в монастырь на смиренноиноческое жительство". Достойно замечания, что это удаление Зосимы от престола совершилось в отсутствие из Москвы главного печальника жидовствующих - дьяка Федора Курицына. Зосиме, однако ж, видимо, оказано было снисхождение: он не был судим на Соборе, не был осужден и наказан как еретик. Сначала он отошел в Симонов монастырь, а потом переведен в Троице-Сергиев, где в 1496 г., по свидетельству одной летописи, "причащался Божественных Таин на орлеце, во всем святительском чину". Но беспристрастная история должна сказать, что Зосима был самый недостойный из всех Русских первосвятителей и единственный между ними не только еретик, но и вероотступник.

Прошел год и три с лишком месяца со времени удаления Зосимы от кафедры, и 6 сентября 1495 г. изволением великого государя и советом архипастырей и всего освященного Собора избран был, и наречен на святейшую митрополию всея России, и возведен на митрополичий двор, а 20 сентября поставлен в митрополита игумен Троице-Сергиева монастыря Симон. На поставлении его были: Тихон, архиепископ Ростовский, и епископы - Нифонт Суздальский, Симеон Рязанский, Вассиан Тверской, Авраамий Коломенский, Силуан Сарский и Филофей Пермский. Архиепископ же Новгородский Геннадий прислал только свою повольную, или единосоветную, грамоту.

Новый митрополит не был покровителем жидовствующих, но им по-прежнему покровительствовал сильный дьяк Федор Курицын. Он и брат его Волк упросили великого князя послать в Юрьевский новгородский монастырь архимандритом какого-то Кассиана, которого сами же научили держать жидовство и отречься от Христа. Кассиан, надеясь на Курицына и не боясь Геннадия, начал смело собирать в своем монастыре всех еретиков, дотоле или скрывавшихся в Новгороде, или даже рассеявшихся по другим городам и селам. Приободренные еретики позволили себе тогда совершать в Новгороде такие "сквернения и поругания на Божественные церкви, и на вся священные вещи, и на все православное христианство", которые невозможно передать словом. Да и в Москве и во всех местах, где находились еретики, они, полагаясь на братьев Курицыных и на Ивана Максимова, совратившего в жидовство самую невестку великого князя Елену, делали тайные собрания, приносили жидовские жертвы, совершали жидовскую пасху и прочие праздники, изрекали хулы на Христа, Его Пречистую Матерь и всех святых, ругались над святыми крестами и иконами и увлекли в жидовство бесчисленное множество христиан. Тогда же совершилось в Москве событие, которое могло иметь весьма важные последствия для ереси. Со времени смерти старшего сына и наследника Иоаннова, Иоанна младшего (в 1490 г.), возник вопрос: кого теперь объявит государь своим наследником - внука ли своего Димитрия от покойного сына и княгини Елены или другого своего сына, Василия, от второй жены своей Софии Палеолог. Государь медлил. Образовались партии, из которых одна благоприятствовала одной, а другая другой стороне. Жидовствующие и между ними Иван Максимов, совратитель Елены, не могли не желать торжества ее сыну Димитрию, а противники жидовствующих, и в особенности преподобный Иосиф, естественно, должны были желать успеха сыну Софии. Наконец сторонники Елены превозмогли: они успели вооружить Иоанна и против сына Василия и против жены, так что государь немедленно не только провозгласил своим наследником, но и торжественно венчал (4 февраля 1498 г.) на великое княжение в Успенском соборе внука своего Димитрия. К счастию, торжество Елены, а следовательно и жидовствующих, продолжалось не более года. Иоанн узнал крамолы главных сторонников Елены, знатнейших князей Патрикеевых, своих близких родственников, и князя Ряполовского, вооруживших его против жены и сына, и (5 февраля 1499 г.) Ряполовского казнил, а Патрикеевых - отца Ивана Юрьевича, своего двоюродного брата, и сына его Василия Косого велел постричь в монахи. Заметим, что этот сын, постриженный в Кирилло-Белозерском монастыре и названный Вассианом, с которым не раз придется нам встречаться, был одним из первых приверженцев еретички Елены и за эту-то приверженность насильно пострижен в монашество, на которое столько нападали жидовствующие: не здесь ли тайная причина, почему он, как увидим, постоянно обнаруживал сильную неприязнь против преподобного Иосифа Волоцкого, его учеников и против всего монашества и почему ревностно заступался за жидовствующих. После опалы крамольных бояр Иоанн примирился с женою своею Софиею и сыном Василием и объявил (21 марта) последнего великим князем Новгорода и Пскова, а чрез два года (14 апреля 1502 г.) посадил на великое княжение всея Руси по благословению митрополита Симона; внука же Димитрия вместе с материю его Еленою (11 апреля 1502 г.) заключил в темницу и не велел поминать более великим князем. Последующие события расположились еще больше не в пользу жидовствующих. В Москве начался ряд Соборов, вызванных отчасти самими же еретиками, - Соборов для внутреннего благоустроения Церкви, на которые вызываем был и преподобный Иосиф Волоколамский, успевший в это время приблизиться к Иоанну и расположить его к окончательному поражению ереси. Но будем излагать дело по порядку.

Отвергая Божество Иисуса Христа, Божественное происхождение Его учения и Церкви и все собственно христианские догматы и учреждения, жидовствующие не могли не отвергать, в частности, христианской иерархии и христианского монашества, на которое действительно и нападали. Но, вооружаясь на первую и на последнее в их идее, или принципе, не нападали ли жидовствующие на самое поведение современных им русских иерархов и всего духовенства, белого и монашествующего? Не напрасно епископ Геннадий, жалуясь митрополиту и другим святителям на одного из первых вождей ереси жидовствующих, чернеца Захарию, называл его прямо стригольником. А известно, в чем состояло лжеучение стригольников: они отвергали всю церковную иерархию прежде всего за поставление духовных лиц по мзде, потом за их нетрезвую и зазорную жизнь и, наконец, за то, что они принимали приношения от христиан, делали поборы, собирали себе большие имения. Очень вероятно, что такие же точно укоризны против нашего духовенства повторяли и жидовствующие вслед за чернецом Захариею. Как бы то ни было, впрочем, только на все эти предметы в начале XVI в. сочло нужным обратить строгое внимание наше церковное и гражданское правительство.

В 1503 г. составился Собор в Москве. На нем присутствовали под председательством митрополита Симона Геннадий, архиепископ Новгородский, шесть епископов и множество низшего духовенства, в среде которого находились и знаменитые старцы - Паисий Ярославов, Нил Сорский и Иосиф Волоколамский, В совещаниях Собора принимали участие оба великих князя Иоанн III и сын его Василий. Первые вопросы, возбужденные на Соборе, касались поставления лиц на священные степени и состояли в том, следует ли брать за поставление какие-либо пошлины и каких лет должны быть поставляемые. Известно, что всякая мзда за поставление, всякая симония строго запрещена апостольскими и соборными правилами и потому всегда преследовалась как в Греции, так и в России. Но у нас вошло в обычай по примеру Церкви Греческой, на основании гражданских греческих узаконений делать некоторые сборы с поставляемых на церковные должности, даже на архиепископские кафедры, не в виде мзды за самое поставление, а в виде уплаты за протори, или издержки, необходимые при поставлении. Такие сборы делались иногда не только с лиц поставляемых, но и от мест, для которых они поставлялись. Владимирский Собор 1274 г. не отменил совершенно этих сборов, но только назначил им меру, и очень небольшую, для предупреждения злоупотреблений. Настоящий Собор поступил иначе: присутствовавшие на нем на основании правил святых апостолов (правило 29) и святых Соборов (IV Вселенского правило 2; VI Вселенского правило 22) уложили: "От сего времени впредь нам, святителям, - мне, митрополиту, и нам, архиепископам и епископам, и нашим преемникам, от поставления архиепископов и епископов, архимандритов и игуменов, попов и диаконов и от всего священнического чина ничего никому не брать и поминков никаких не принимать; также от ставленых грамот - печатнику от печати и дьякам от подписи ничего не брать, и всем нашим пошлинникам - моим, митрополичьим, и нашим, архиепископским и епископским, пошлин от ставления никаких не брать; также нам, святителям, у архимандритов, игуменов, попов и диаконов от священных мест и от церквей ничего не брать, но каждого поставлять без мзды и без всякого дара и отпускать на его место". Что же касается до возраста лиц, поставляемых на церковные степени, то Собор только возобновил определение прежнего Владимирского Собора, согласное с правилами древних Соборов (VI Вселенского правила 14, 15), чтобы поставляемые в священники имели не менее 30 лет, в диаконы - не менее 25 и в иподиаконы - не менее 20. "Если же кто из нас и после нас, - прибавили в заключение святители, - митрополит ли, архиепископ или епископ, от сего дня впредь некоторым нерадением дерзнет преступить настоящее уложение, то да лишен будет своего сана и да извержется сам и поставленный от него без всякого ответа". Все это уложение состоялось 6 августа 1503 г. и утверждено печатями обоих великих князей, Иоанна и Василия, подписью и печатаю митрополита и подписями прочих архиереев. Не может быть сомнения, что уложение вызвано было существовавшими в нашей Церкви злоупотреблениями, но оно оказалось бессильным предупредить новые злоупотребления. Как ни прискорбно, но мы не можем утаить или исказить ясного свидетельства летописей, что первым нарушителем этого уложения явился один из святителей, участвовавших в его составлении, и не кто другой как знаменитый Геннадий Новгородский. Едва возвратившись с Собора в свою епархию, он "начал брать мзду с священников за поставление еще больше прежнего вопреки своему обещанию по совету своего единомысленного любимца дьяка Михаила Алексеева. И, обыскав (обследовав) то, великий князь и митрополит свели Геннадия с кафедры на Москву". В июне 1504 г. он подал митрополиту грамоту, в которой отрекся от управления епархиею "своея ради немощи", поселился в Чудовом монастыре и там 4 декабря 1505 г. скончался.