Геннадия и в этот раз не позвали в Москву, но Собор на еретиков состоялся, и состоялся не более как через двадцать дней после возведения Зосимы на митрополитский престол, именно 17 октября 1490 г. На Соборе кроме самого великого князя присутствовали с митрополитом те же самые святители, которые участвовали в его избрании и поставлении, равно многие архимандриты, игумены, протоиереи, иереи, старцы и между ними знаменитые Паисий Ярославов и Нил Сорский. Тут же находились и самые жидовствующие: чернец Захария, Гавриил, протопоп новгородский, Дионисий, поп архангельский (протопоп Алексей умер еще пред избранием Зосимы на митрополию), Максим, поп ивановский, Василий, поп покровский, Макарий, дьякон никольский, Гридя, дьячок борисоглебский, Васюк, зять Дионисиев, Самуха, дьячок никольский, и другие их единомышленники. Еретиков обвиняли пред лицом Собора в том, что они старались развратить чистую и непорочную веру в Бога, в Троице славимого, и погубить православное христианство; отвергали Божество Иисуса Христа, Его Воплощение от Пресвятой Девы и Воскресение; ругались святым иконам, совершали литургию по принятии пищи и пития, считали Тело и Кровь Христовы в таинстве Евхаристии простым хлебом и вином, держались больше Ветхого закона и праздновали пасху по-иудейски; в среды и пятки ели мясо и молоко, и творили многие другие еретические дела, и многих простых людей прельстили своими ересями. Обвиняемые ни в чем не хотели сознаться пред великим князем, митрополитом и всем Собором, упорно запирались в своих ересях и были как бы в исступлении ума. Но благоверный государь Иоанн Васильевич, а с ним митрополит, и прочие святители, и весь Собор, обыскав по подлинникам архиепископа Геннадия и по московским свидетельствам ереси означенных еретиков, предали их проклятию, низвергли всех из сана и осудили на заточение. Таким образом, настоящий Собор поступил с жидовствующими снисходительнее, нежели первый на них Собор, бывший при митрополите Геронтии, и далеко не так строго, как желал Геннадий. Некоторых из осужденных еретиков великий князь велел отослать в Новгород к Геннадию. Геннадий же приказал посадить их еще за сорок поприщ до Новгорода на коней, каждого лицом к хвосту, и в одежде, перевернутой передом назад, надеть на головы их берестовые остроконечные шлемы, в каких изображаются бесы, с мочальными кистями, с венцами из соломы и сена и с надписью на шлемах: "Се есть сатанино воинство". В таком виде осужденные водимы были по городу, и встречающиеся плевали на них и говорили: "Се враги Божии и хульники христианские". Наконец шлемы на их головах были сожжены. Это сделал архиепископ, чтобы устрашить еретиков и предохранить православных.
Торжество ревнителей православия было, однако ж, далеко не полным. Не все еретики были осуждены, и главные между ними - Зосима и Федор Курицын остались неприкосновенными. Зосима сумел выдержать на Соборе пред лицом православных то правило, какого и прежде держались все жидовствующие: он казался православным и даже участвовал в проклятии ереси. Этого мало: скоро ему представился новый случай показаться действующим в пользу православных и против жидовствующих. В то время, как известно, и в Греции, и в России было общераспространенное мнение, что с окончанием седьмой тысячи лет от сотворения мира должен окончиться мир и явится Всемирный Судия. Конец седьмой тысячи падал на 1492 г., до этого же года был доведен у нас и миротворный круг, или наша церковная пасхалия, и далее не продолжен. Между тем роковой год приближался и настал, а кончины мира не последовало. Тогда жидовствующие начали глумиться над православными и говорить: "Семь тысяч лет окончились, и ваша пасхалия прошла, отчего ж Христос не является, вопреки вашим ожиданиям? Значит, ложны писания и ваших апостолов и ваших отцов, в особенности же Ефрема Сирина, (будто бы) возвещавших славное Пришествие Христово по истечении семи тысяч лет". Нужно было успокоить православных и установить для них пасхалию на последующее время. И вот, в самом начале осьмой тысячи лет, в сентябре 1492 сентябрьского (а следовательно, в сентябре 1491 январского) года повелением великого князя и, разумеется, с согласия митрополита Зосимы собрались в Москве все до одного русские святители, в том числе и Геннадий, и вместе со всем освященным Собором определили "написати пасхалию на осмую тысящу лет… по преданию св. отец, иже в Никеи Седмаго Собора". Но осуществить это определение не спешили. Не прежде как через год и почти три месяца (27 ноября 1492 г.) "Зосима митрополит на Москве изложил соборне пасхалию на двадцать лет". Не доверяя, однако ж, себе, он послал эту пасхалию к Пермскому епископу Филофею и Новгородскому архиепископу Геннадию, чтобы они также составили каждый свою пасхалию и представили в Москву. Филофей со своим местным Собором составил пасхалию на 19 лет, а Геннадий - на 70 лет. И когда та и другая по рассмотрении их в Москве оказались во всем сходными с митрополичьею пасхалиею, то Собор разослал эту последнюю пасхалию по всем епархиям и, между прочим, писал: "Смиренный Зосима, митрополит всея Руси, трудолюбно потщався написати пасхалию на осмую тысячу лет, понеже чаемь всемирного Пришествия Христова на всяко время… О летех же и временах несть наше искати… И аще где обрящутся иныя слогы, кроме отеческих преданий и не по благословению нашего смирения и всего освященнаго Събора, сим несогласны и развратны, да отвратятся и не приемлются, и от св. съборныя и апостольския Церкви да отлучатся таковая мудрствующие". Получив эту пасхалию от митрополита и рассылая ее по своей епархии, Геннадий разослал также и свою пасхалию вместе с толкованием на нее, пастырскими наставлениями и окружною грамотою, под общим заглавием: "Начало паскалии преложно на осмую тысящу лет". Здесь он объявляет, что написал свою пасхалию по поручению митрополита и окончил 21 декабря 7001 (т. е. 21 декабря 1492 г.), что она сходна с митрополичьею, по свидетельству самого митрополита, только продолжена на 70 лет; что она не вновь составлена, а выведена из прежней пасхалии; что время Второго пришествия Христова неизвестно и ложно думали некоторые, будто оно настанет с окончанием седьмой тысячи лет. Кроме того, в толковании, или первой части своего сочинения, Геннадий излагает самые начала пасхалии, дает понятие о великом миротворном круге, или 532-летнем периоде, по истечении которого числа Пасхи повторяются в том же точно порядке, в каком они следовали в предшествовавшем периоде, и объясняет, что при помощи этого миротворного круга, этой алфы (как называли греки миротворный круг, потому что ????, если буквы ее принять в значении цифр и сложить, дает ровно 532) можно выводить и продолжать пасхалию на сколько угодно лет, без конца. Далее говорит, что именно при помощи миротворного круга и сам вывел свою пасхалию на 70 лет из прежней, которую нашел "во владычне Василиеве книге" (т. е. Новгородского владыки Василия) и которая доведена там только до 7000 г. Наконец, дает наставления, каким образом, когда истечет эта семидесятилетняя пасхалия, продолжать ее и далее на столько лет, на сколько угодно будет Богу продлить бытие мира.
Но, являясь, по-видимому, поборником православия на Соборах, которые созывал против жидовствующих и по делу составления пасхалии, и прикрываясь подобными действиями пред глазами православных, митрополит Зосима не считал нужным скрываться в кругу своих единомышленников и в частных беседах. Он, по словам преподобного Иосифа, когда обретал людей "простейших", то напоял их ядом жидовским и, провождая самую невоздержную и нечестивую жизнь, предаваясь даже грехам содомским, изрыгал иногда дерзкие хулы на Самого Христа Бога и Богородицу, издевался над святыми крестами и иконами, не признавал ни евангельских, ни апостольских, ни отеческих уставов и в своем лжеучении простирался даже далее, нежели, сколько известно, простирались прочие жидовствующие, именно: будто бы отвергал самое бессмертие души, воскресение тел и будущую жизнь. Вместе с митрополитом действовали Федор Курицын, Сверчок, Иван Максимов, Семен Клеванов и многие другие, тайно державшиеся ереси. Они, когда встречали людей благоразумных и знающих Божественное Писание, то не осмеливались приводить их прямо в жидовство, но старались криво толковать им разные места Ветхого и Нового Завета и таким образом хитро склоняли этих людей к своей ереси, обольщая их, с другой стороны, астрологиею и баснословиями. А людей простейших учили прямо жидовству. Потому если кто и не отступал в жидовство, то многие научились от еретиков укорять Божественное Писание, впали в сомнения и не только в домах, но и на торжищах производили прения о вере. Невольно думается, что в словах Иосифа, вовсе не скрывавшего своей неприязни к Зосиме, есть преувеличения о его поведении и особенно о его лжеумствованиях, тем более что Иосиф судил только по слухам и хотя в одном месте ссылается на достоверных свидетелей, но тут же замечает, как иные говорили: "Мы у него (митрополита) не слыхали ничего". Да и самые преступления и мудрования, приписываемые Зосиме, так чудовищны и почти невероятны в лице первосвятителя Церкви, еще занимающего кафедру! Но нет никакого основания сомневаться, что Зосима держался ереси жидовствующих и вел недостойную жизнь. Когда некоторые из православных, будучи не в силах переносить это, стали его обличать в отступничестве и содомских делах, то он одних из обличителей отлучал от Божественного причастия, а других - священников и диаконов - лишал священства, говоря: "Не должно осуждать ни еретика, ни отступника, и если святитель будет даже еретик и кого-либо отлучит, то за его приговором последует суд Божий". А как некоторые, несмотря на все это, продолжали свои обличения против митрополита, то он жаловался государю и клеветал на них. И по воле государя невинные осуждались на заточение, заключаемы были в оковы и темницы, лишались своих имений. Другие же, не ограничиваясь словесными обличениями ереси, собирали от Божественных книг письменные ответы и посылали против еретиков. В это-то время решился писать и действовать против жидовствующих и преподобный Иосиф Волоколамский, которого пригласил к себе на помощь его епархиальный владыка Геннадий Новгородский и о котором считаем здесь необходимым сообщить несколько биографических сведений.