В шестое заседание Собора приведен был для допроса диакон московского Благовещенского собора Федор Иванов. Его спрашивали (II мая): признает ли греческих патриархов православными? И он отвечал: патриархи неправославны, потому что содержат обливательное крещение и сложение трех перстов для крестного знамения, как видно из "Прения" старца Арсения Суханова "с греки", и подал список этого "Прения" за своею печатью архиереям. Спрашивали потом: признает ли русских архиереев православными? Федор сказал: "Бог-де вас, архиереев, знает, потому что нудите и учите вопреки церковным догматам о св. Символе, об аллилуйе и о сложении перстов мерзко, нечестиво и хульно, по прельщению от сатаны" - и подал Собору свое письмо, в котором изложил свидетельства из книг в защиту сугубой аллилуйи, двуперстия и Символа веры до его исправления. Напрасно архиереи старались показать Федору, что все исправления в новопечатных книгах согласны с преданием святых отцов, - он еще более упорствовал и ожесточался. Чрез два дня (13 мая) Собор изрек свой приговор на диакона Федора о лишении его сана и отлучении от Церкви. И в тот же день Федор вместе с протопопом Аввакумом был расстрижен в соборной церкви и предан анафеме. Когда же выведен был из церкви, то, подняв руку и сложив два перста для крестного знамения, громко кричал к собравшемуся народу: "За сию истину стражду и умираю, братия, и за прочие догматы церковные". На третий день, ранним утром, повезли Федора под охраною вооруженных стрельцов в Угрешский монастырь не прямою дорогою, а по болотам, позади также везли и Аввакума, и, привезши в монастырь, рассадили обоих в особые темницы, и сторожить их поставили стрельцов. Недели через три, сделавшись очень больным, Федор просил себе духовника. Власти приказали из Москвы исповедать его и приобщить, если покоряется Церкви. И 2 июня, когда угрешский игумен Викентий спрашивал Федора, покоряется ли он святой Церкви, он дал сказку, что винится пред государем, просит прощения у освященного Собора и дает обещание не возвращаться на прежнее, а во всем следовать святой Церкви и освященному Собору. Чрез несколько времени написал и послал в Москву другое такое же покаянное письмо. И 26 августа государь, обрадованный рождением ему сына, царевича Ивана Алексеевича, приказал освободить Федора и бывшего попа Никиту из темницы и привезти в Москву. А на следующий день, 27 августа, Федор дал сказку в Патриаршем приказе, что приносит Господу Богу чистое покаяние и просит у великого государя милости, а у освященного Собора прощения и разрешения, что отныне во всем повинуется этому Собору, приемлет Символ веры и верует о кресте, сложении перстов, трегубой аллилуйе и о всех церковных догматах точно так, как напечатано в "Скрижали" и новоисправленных церковных книгах, и ни в чем впредь освященному Собору прекословить не будет. Архиереи поверили раскаянию Федора и велели ему побыть на некоторое время в Покровском монастыре на Убогих "ради совершенного покаяния и исправления". Но он тайно бежал оттуда и, взяв из дому жену и детей, скрылся. Когда же услышал, что его везде прилежно разыскивают и других из-за него хватают и допрашивают, то сам явился и, забыв о своем покаянии, начал по-прежнему изрыгать хулы на Церковь и новоисправленные книги.
В седьмом своем заседании отцы Собора были свидетелями трогательного зрелища. Пред ними предстал привезенный из далеких лесов ветлужских старец Ефрем Потемкин. Его спрашивали: "Правда ли, что ты многих людей прельстил и отвлек от св. православно-кафолической Церкви; дерзаешь хулить Символ веры и все новоисправленные книги; проповедуешь пришествие антихриста, лжепророчествуешь о семилетнем голоде, превратно толкуя евангельские, апостольские и пророческие слова; называешь троеперстие в крестном знамении зловерием и уничижаешь архиерейское благословение?" Ефрем, как только услышал этот вопрос, весь затрепетал, начал горько плакать и рыдать и, обливаясь слезами, начал сам обличать свое прежнее безумие и заблуждения. Затем написал на бумаге свое покаяние и подал святителям. Здесь он заявлял, что покоряется во всем освященному Собору и верует во святую соборную и апостольскую Церковь; что прежде заблуждался "неведением книжного разума, не зная чину московских обычаев, будучи воспитан от юности в земле Польской" (оттуда же, как мы упоминали, был и старец Спиридон Потемкин, вероятно родственник, если не брат Ефрема); просил прощения, что прежде хулил безумно новоисправленные книги, Символ веры, троеперстие, проповедовал о пришествии антихриста и о семилетнем голоде, не умея истолковать пророчества Даниилова. Каялся также и просил прощения и в том, что когда был строителем в Болдине монастыре, то прочитал среди церкви в день Пятидесятницы только одну молитву, и в том, что несколько уже лет, живя в лесу и не выходя из него, не причащался Пречистых Тайн и не имел духовника. Отцы Собора поверили искренности раскаяния старца Ефрема Потемкина, но пожелали, чтобы он объехал те места, города и веси, где прежде сеял раскол и многих прельстил, чтобы пред всеми обличил свое прежнее лжеучение и прочел свое покаянное писание везде: в Балахне, в Нижнем Новгороде, в Макарьевском желтоводском монастыре - и всех увещевал обратиться к святой православной Церкви. В спутники Ефрему в качестве свидетелей назначили старца Знаменского монастыря Филарета и диакона Василия. Мать Ефрема и сестра, бывшие старицами в Новодевичьем монастыре, подали челобитную освященному Собору, чтобы Ефрема не посылали и не подвергали такому всенародному посрамлению. Но сам Ефрем отверг эту челобитную и охотно отправился в путь с назначенными спутниками, везде читал покаянное свое воззвание и умолял всех, кого прежде прельстил, обратиться к святой православной Церкви. По возвращении в Москву ездившие с Ефремом представили Собору отчет о совершенном путешествии, и Собор, выслушав отчет, с радостию удостоверился в истинном покаянии старца Ефрема и признал его достойным прощения. В назначенный день старец прочел в соборной церкви во время литургии пред всем народом свое "покаянное писание", обливаясь слезами, и весь архиерейский Собор также всенародно изрек покаявшемуся старцу разрешение и прощение. На житье послан был Ефрем в Новоспасский монастырь.
Восьмое соборное заседание было также радостным для присутствовавших. На нем принесли покаяние один за другим два расколоучителя: старец иеромонах Бизюкова монастыря Сергий Салтыков и старец уставщик Симонова монастыря Серапион, бывший смоленский протопоп. Старец Сергий, тот самый, которого протопоп Аввакум рекомендовал царю в кандидаты архиерейства, своею волею явился на Собор и, горько рыдая о своем прегрешении, подал "покаянное писание", в котором говорил, что прежде находился в великом смущении о святом Символе веры, о сложении перстов и о прочем новоисправленном, но теперь уверился во всем из древних рукописных славянских книг, а особенно из греческих, и радостно приемлет и лобызает новоисправленный Символ и все другие исправления в церковных книгах как правые и истинные, и за это свое исповедание готов пострадать даже до смерти. Вслед за тем Сергий дал письменный ответ на те три вопроса, на которые отвечали друг пред другом на первом заседании Собора сами архиереи, т. е. что признает православными греческих патриархов, греческие книги, печатные и рукописные, и Московский Собор 1654 г. Видя непритворное раскаяние Сергия, святители простили его и разрешили и отпустили на его обещание в дорогобужский Бизюков монастырь.
Старца Серапиона, симоновского уставщика, предварительно призывал к себе 15 мая митрополит Сарский и Подонский Павел и допрашивал: когда находился в Симоновом монастыре под началом Иконийский митрополит Афанасий (выдававший себя за племянника Цареградского патриарха), спрашивал ли ты его, как у греков крестят младенцев, как читают Символ веры и как слагают персты для крестного знамения? Серапион сказал: спрашивал, и Афанасий мне отвечал, что у них крестят чрез обливание, читают Символ, как в новоисправленных церковных книгах, и в крестном знамении употребляют троеперстие, а двумя перстами крестятся армяне. А через два дня, 17 мая, будучи позван для допроса на Собор, Серапион подал здесь следующее писание: "Святейших четырех патриархов признаю благочестивыми и православными, и веру их, и греческие книги их старые, печатные и писаные, и церковную службу, и Символ православной веры, и сложение перстов во образ Св. Троицы похваляю, и Собору властей Московского государства, митрополитов, архиепископов и епископов во всем покоряюсь и ни в чем не прекословлю. А что прежде имел под сомнением или считал неверным по своему неразумию или кого из православных христиан в чем соблазнил, во всем том каюся пред Собором и прошу прощения". Серапион был прощен, но для совершенного исправления послан в Макарьевский желтоводский монастырь.