Описать деяния Московского Собора 1666 г. поручено было Симеону не в то время, когда происходил Собор, а уже впоследствии, и Симеон окончил свой труд не прежде сентября 1667 г. Это в строгом смысле не есть описание соборных деяний, как они происходили, а есть только сказание о них, составленное хотя на основании подлинных документов, но по личному усмотрению самого автора. Он представил в своем сказании одиннадцать деяний соборных так, как будто каждое из них совершилось в одном, особом заседании Собора, а между тем при описании большей части заседаний сказал не только о том, что происходило в заседании, но и о том, что случилось после с лицом, которое в заседании было судимо. В этом для большего удобства в обозрении событий последуем за автором и мы. Некоторые же заседания он изобразил слишком кратко, и мы постараемся дополнить недостающее в его сказании при пособии тех же самых документов, которыми, вероятно, пользовался и он. В феврале 1666 г. съехались в Москву по грамотам государя все русские архиереи и в том же феврале имели первое свое соборное заседание, которое по справедливости можно назвать только предварительным. Оно происходило в крестовой патриаршей палате, и на нем присутствовало: пять митрополитов Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Иона Ростовский, Павел Сарский и Подонский и Феодосий Сербский и пять архиепископов - Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской и Арсений Псковский. Они при самом открытии заседания постановили: прежде нежели начнем судить других за уклонение от православия в раскол, мы должны соиспытать и совопросить о том же друг друга любовно между собою, чтобы не пришлось кому-либо из нас услышать: Врачу, исцелися сам или: Что видиши сучец, иже во оце брата твоего, бревна же, еже во оце твоем, не чуеши? Лицемере, изми первее бревно из очесе твоего и тогда узриши изъяти сучец из очесе брата твоего (Мф. 7. 3, 5). И потому первее всего каждый из архиереев прочел во всеуслышание Символ православной веры, и когда увидели, что все они в исповедании Символа согласны и единомысленны, то предложили еще друг другу дать ответы на следующие вопросы: а) как признавать святейших патриархов греческих. Константинопольского, Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского, православны ли они? б) Книги греческие, печатные и древние рукописные, по которым греческие патриархи и священники совершают все богослужения, правильны ли и достоверны? в) Московский Собор 1654 г., бывший в царских палатах при патриархе Никоне, признавать ли за Собор правильный? Новгородский митрополит Питирим первый написал свои ответы, что он признает и исповедует православными и всех греческих патриархов, и употребляемые ими богослужебные книги, и Московский Собор 1654 г., бывший в царских палатах, и собственноручно подписал свое исповедание. Подобные же ответы написали один за другим и все прочие архиереи и подписали своими руками. А в конце свитка, на котором помещены были все эти рукописания архиереев, они начертали Символ веры в том самом виде, как он был произнесен каждым из них на Соборе и напечатан в новоисправленных книгах. Вслед за архиереями подобные же письменные заявления дали и архимандриты монастырей: Троице-Сергиева Иоасаф, Новоспасского Иосиф, Юрьева новгородского Феодосий, Хутыня новгородского Иосиф, Знаменского московского Арсений, Николо-Угрешского Викентий. Легко понять, почему наши святители, собравшиеся для суда над расколом, желая предварительно удостовериться, не причастен ли кто из них самих тому же греху, предложили друг другу эти именно, а не другие вопросы. Сущность появившегося у нас раскольнического учения состояла именно в том, что русские церковные книги, напечатанные до патриарха Никона, во всем исправны, православны и не требовали исправления, что Московский Собор 1654 г., определивший исправление их, есть Собор незаконный, что греческие книги, по которым совершено при Никоне исправление наших книг, испорчены и наполнены ересями и сами греческие патриархи, находясь под игом неверных, уклонились от православия. Потому-то, как увидим, эти же самые вопросы предлагаемы были на Соборе и другим лицам, которые обвинялись в принадлежности к расколу.

Второе заседание Собора совершилось только 29 апреля, в неделю святых жен-мироносиц, следовательно, спустя около двух месяцев после первого заседания. Такое замедление могло зависеть от того, что признали, может быть, неудобным открыто заниматься судом над раскольниками и волновать народ в продолжение святого Великого поста, который начался в том году 25 февраля, и в продолжение святой Пасхальной недели, а занимались в продолжение всего означенного времени только приготовительными работами для Собора, предварительными допросами и увещаниями лиц, которые должны были судиться на Соборе. Это второе заседание в действительности было первым, потому что на нем только последовало торжественное открытие Собора самим государем. Заседание происходило не в патриаршей крестовой, а в царской столовой палате. Когда собрались в нее все архиереи, бывшие и на первом заседании, кроме митрополита Сербского, и прочие члены духовенства, равно и царский синклит, князья, бояре, окольничие и думные люди, тогда вышел и царь и обратился к духовенству с речью. Он выразил свою радость при виде собравшихся архипастырей своей земли, но вместе и свою скорбь при воспоминании о том, что понудило его созвать их. "Небесный Домовладыка, говорил царь, - посеял на ниве нашей православной державы одну только чистую пшеницу благочестия, но враг завистливый, спящим нам, кому поручено быть стражами пшеницы, всеял в ней куколь - душепагубные расколы… Уже богохульное учение обносится не только в разных странах Богом врученного нам царства, по городам и весям, но вторглось в самую нашу столицу, коснулось нашего слуха, представлено нам в свитках. И мы узнали, что оно содержит следующие хулы: нынешняя Церковь не есть Церковь, Тайны в ней Божественные - не тайны, крещение - не крещение, архиереи - не архиереи, учение неправедное - и все в ней скверно и неблагочестно. Многие скудоумные заразились этим лжеучением и, как бы обезумев, уклонились в нововозникшие сонмища, отвергли крещение, не исповедуют своих грехов иереям Божиим, не причащаются Животворящим Тайнам и совсем отчуждились от Церкви и от Бога". Изобразив такими яркими чертами положение раскола в России, царь умолял архипастырей и пастырей со всем тщанием заняться этим делом, чтобы за свое нерадение и небрежность не отвечать им пред Богом в день Страшного суда, а о себе свидетельствовал, что готов положить за Церковь Божию все свое и самого себя. Затем царь объявил, что он в то самое время, как размышлял об утолении мятежа церковного, обрел при помощи Божией в своей царской сокровищнице бесценный бисер - книгу "Хризовул", утвержденную всеми Восточными патриархами и другими греческими архиереями и присланную ими царю Федору Ивановичу и патриарху Иову (разумелось известное определение Цареградского Собора 12 февраля 1593 г. о Русском патриаршестве), и, называя эту книгу данным от Бога оружием против раскола, пожелал прежде сам прочитать ее на Соборе и потом уже передать архиереям. Приняв на то благословение от святителей, царь сел на свое царское место, велел также сесть архиереям и боярам и, сидя, читал всю книгу. Когда же дошел до Символа веры, начертанного в книге, то поднялся и прочел Символ стоя и спросил архиереев и бояр: так ли они содержат святой Символ и прочие догматы, как изложено в "Хризовуле"? На речь царя отвечал от лица Собора Новгородский митрополит Питирим также речью: благодарим Бога, благоволившего даровать Церкви Своей такого доброго и ревностного стража и поборника; благодарим и самого государя, величая его вторым Константином, истинным расширителем православия, верным слугою Христовым, теплым рачителем кафолической веры; свидетельствовал, что все собравшиеся архипастыри веруют и содержат Символ и все догматы точно так, как прочитано государем в книге "Хризовул", и готовы употребить все меры против врагов Церкви при пособии крепкой царской десницы. По окончании речи митрополита царь поцеловал Символ веры, начертанный в книге "Хризовул", и передал Собору; архиереи все один за другим также поцеловали и передали боярам, окольничим и думным людям, которые поступили так же. И потом велено было чудовскому архимандриту Иоакиму отнести книгу "Хризовул" как духовное сокровище в Успенский собор, и заседание окончилось.