Все последующие заседания Собора происходили в патриаршей крестовой палате, и на них присутствовало только духовенство, но время этих заседаний, к сожалению, с точностию не обозначено в деяниях Собора. С третьего заседания начался суд над лицами, которые подозревались в противлении Церкви и принадлежности к расколу. И первым приглашен был и предстал пред лицо Собора епископ Вятский Александр, который потому-то как подозреваемый и не участвовал в двух предшествовавших заседаниях. Его вопросили: признает ли своим писание, в котором похулил исправление святого Символа, новопечатные книги и иные чины церковные? Александр не отрекся от своего писания, но только молил удостоверить его, что новоисправленные книги и Символ чужды погрешностей. При этом, вероятно, он и представил на разрешение Собора свои вопросы, написанные еще прежде, о которых мы упоминали. Бывшие на Соборе пастыри и учители разрешили все недоумения Александра и "изъяснили ему истину многими книгами, древними, харатейными, и твердыми доказательствами", на что, без сомнения, потребовалось немало времени. И он, просвещенный благодатию Божиею, тотчас же написал покаянный свиток и вручил Собору. В свитке этом епископ Александр сначала по примеру других архиереев высказал свое исповедание, что признает всех Восточных патриархов православными, книги их греческие, печатные и рукописные, приемлет без всякого сомнения и Московский Собор 1654 г. во всем приемлет и лобызает, а затем продолжал: "Приемлю также и лобызаю и новоисправленные книги, особенно же Символ веры, который ради удостоверения я подписал своею рукою и подаю ныне свящ. Собору; равно без всякого сомнения приемлю и о сложении перстов и прочие исправления. А что прежде сего я как человек смущался о вышеписанном, наиболее о прилагательном имени истинного в св. Символе, те все мои сомнения совершенно отвергаю, потому что во всем том ныне истинно уверился истинным уверением от древних рукописных книг и от греческих, особенно же в том, что св. соборная, апостольская, Восточная Церковь, мать наша, означенного прилагательного имени в Символе веры никогда не имела и не имеет. Посему отныне и я, без всякого сомнения, так держу и от сердца моего исповедую. И ради достоверного свидетельства это исповедание мое подписую моею рукою". По прочтении на Соборе свитка, поданного епископом Александром, он "абие прощения сподобися, и к тому не по мятежницех, но по истине побораше". Александр, очевидно, если восставал прежде против новопечатных книг, то по одному лишь недоразумению, а не по слепому фанатизму, не считал казавшихся ему погрешностей в этих книгах ересями и имел настолько здравого смысла и христианского смирения, что способен был понять и принять вразумления других архипастырей, сознать свое заблуждение и покориться Церкви. Он подал добрый пример бывшим своим единомышленникам, среди которых пользовался уважением по самому своему сану, и некоторые из них действительно последовали его примеру, но не все.

В четвертом заседании, на котором вместе с другими русскими святителями присутствовал и Вятский епископ Александр, предстал пред лицо Собора протопоп Аввакум. Он еще прежде, недель за десять, привезен был из Мезени в Москву и после напрасных увещаний, сделанных ему Крутицким митрополитом Павлом, отослан в Пафнутиев монастырь под начало. Сюда также несколько раз присылали архиереи убеждать его, но безуспешно, и Аввакум даже написал в ответ им, как сам сознается, "с большою бранью" свою сказку. На Соборе его допрашивали о тех хулах, которые написал он на исправленный Символ веры, на троеперстие в крестном знамении, на новоисправленные книги и исправителей, и о клеветах его на московских священников, будто они не веруют во Христа вочеловечившегося, не исповедуют Его Воскресения, не исповедуют Духа Святого истинным, и пр. и пр. Аввакум вступил в состязание с отцами Собора, упорно отстаивал свои мысли, оставался глух ко всем доказательствам и убеждениям и дерзко "укори в лице весь освященный Собор, вся неправославными нарицая". Ввиду такой нераскаянности и ожесточения Собор определил лишить Аввакума священства и предать анафеме. Определение Собора исполнено 13 мая в соборной церкви Мшения Пресвятой Богородицы. Но Аввакум и при этом остался себе верен. "Власти стригли меня, - говорит он, - потом и проклинали, а я их проклинал сопротив; зело было мятежно в обедню ту тут". Далее рассказывает еще, будто за него сильно заступилась царица Марья Ильинишна пред своим супругом: "Как стригли (меня), в то время велико нестроение вверху у них бысть с царицею покойницею; она за нас стояла тогда, миленькая, напоследок и от казни отпросила меня". Лишенный сана и отлученный от Церкви, Аввакум сослан был в Угрешский монастырь и заключен здесь в темницу, в которой и содержался под стражею до сентября, а в сентябре перемещен опять в боровский Пафнутиев монастырь, где содержался прежде.

На пятом заседании Собора читана была челобитная суздальского попа Никиты "на книгу "Скрижаль" и на новоисправленные церковные книги", при чем находился и сам Никита. Во время чтения присутствовавшие замечали, что в своей челобитной Никита похулил святых отцов, Дионисия Ареопагита, Василия Великого, Кирилла Александрийского, Григория Богослова, называя изречения их, приведенные в "Скрижали", еретическими; похулил патриарха Никона, утверждая, что он "совершенно оставил христианскую веру, и принял зловерие жидовское и ереси Ариеву, Несториеву, Македониеву, Диоскорову, Аполлинариеву, Маркионову, и совершенно возлюбил богоотметную ересь римскую"; похулил всех греческих патриархов, архиереев, иереев и весь греческий народ, будто бы они не имеют истинного крещения и все их священные книги полны разных ересей и повреждений, потому что печатаются в типографиях венецианской, парижской и других латинских; похулил и новоисправленные славянские книги. Когда чтение челобитной кончилось, Никиту спросили: "Твой ли это свиток?" Отвечал: "Мой". Еще спросили: "Так ли ты содержишь и веруешь, как написал в свитке?" Отвечал: "Не иначе". Тогда архиереи начали вразумлять его, объяснять и обличать его заблуждения от Божественного Писания, но Никита не хотел и слушать, говоря, что сам знает Писание лучше всех архиереев, и резко порицал их. Архиереи, не обращая внимания на все эти нестерпимые укоризны и ругательства, не переставали убеждать и умолять его к обращению - все было напрасно. Как упорного и ожесточенного в своей злобе, попа Никиту, который уже около семи лет находился в запрещении, Собор определил совсем лишить священства и отлучить от Церкви. По исполнении этого приговора 10 мая в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы Никита сослан был вслед за Аввакумом в Угрешский монастырь и заключен там в темницу, но не захотел страдать, подобно Аввакуму, за свои убеждения и скоро, хотя притворно, как показали последствия, начал каяться. Уже 2 июня он заявил угрешскому игумену Викентию, приходившему испытать его в темнице, что сознает свою вину пред государем, просит прощения у священного Собора и готов во всем последовать святой соборной Церкви. А затем написал челобитную к самому государю и две челобитные, из которых одна помечена 21 июня, к священному Собору. У государя просил милости и прощения за то, что оскорбил его и подвиг на гнев своим невежеством, а пред священным Собором приносил полное покаяние и излагал свое исповедание, что признает православными всех греческих патриархов и их книги, печатные и рукописные, всех русских архиереев и самого бывшего патриарха Никона, которого прежде называл еретиком, и все новоисправленные при нем книги, которые по безумию называл никонианскою ересью; приемлет новоисправленный Символ веры, троеперстие для крестного знамения, книгу "Скрижаль" и обещается быть сыном святой Восточной Церкви, всегда единомысленным с нею. По прочтении этого исповедания на Соборе все возрадовались духом о раскаявшемся грешнике и благодарили за него Бога, но не решились тотчас разрешить Никиту и воссоединить с Церковию, а положили подвергнуть его на некоторое время искусу, чтобы удостовериться, не притворно ли он кается.