Архимандрит Илия скончался в 1659 г. На место его братия избрала постриженника своего же монастыря, иеромонаха Варфоломея, который жил тогда в звании приказного старца на Соловецком подворье в Вологде. В марте 1660 г., на Вербное воскресенье, Варфоломей поставлен был в Москве в сан архимандрита Новгородским митрополитом Макарием, и затем присутствовал на происходившем тогда Соборе по делу патриарха Никона до самого окончания Собора, и подписался под его решением, так что мог отправиться в свою обитель только в конце августа. Но и новый настоятель Соловецкого монастыря ничего не мог сделать против общего приговора братии, состоявшегося 8 июня 1658 г., о непринятии новопечатных Служебников. И хотя спустя год успел было составить вместе со всеми священниками монастыря и со всею братиею на черном Соборе 22 октября 1661 г. новый приговор, чтобы по примеру соборной церкви в Москве и всех обителей ввести и в Соловецком монастыре "пение наречное" и впредь совершать службы по новоисправленным печатным книгам, только этот приговор остался мертвою буквою и вовсе не исполнялся, как и обнаружилось чрез некоторое время. В начале 1663 г., едва только архимандрит Варфоломей отправился по монастырским делам в Москву, как в обители произошла великая смута из-за того, что при совершении литургии некоторыми священниками заметили небольшие отступления от установившегося чина. Особенно нападали все на уставщика иеромонаха Геронтия, обвиняя его, будто он приходил к келарю и просил новых Служебников, все еще находившихся в монастырском казнохранилище, чтобы по ним служить, и, несмотря на клятвенные удостоверения Геронтия, что у него "ни в уме, ни в помышлении того никогда не бывало, чтобы желать новых Служебников", грозили его убить. Получив известие о смуте, архимандрит поспешил возвратиться с дороги в обитель и, по расследовании дела наказав виновников смуты, составил (16 февраля 1663 г.) вместе со всеми священниками и диаконами монастыря приговор, чтобы "впредь от них возмущения никакого не было и никаких чинов нововводных", а кто из них станет вводить какие-либо новые чины без государева указа и святительского повеления или укорять другого нововводными чинами и того не докажет, тех смирять монастырским жестоким смирением; если даже сам архимандрит станет превращать церковные чины и вводить новые без государя и святительского веления, то и архимандриту священники должны смело говорить о том, а если не послушается, то писать на него Новгородскому митрополиту. После такого приговора о введении в Соловецком монастыре новых Служебников вместо доселе употреблявшихся старых нечего было и думать, хотя приговор, не без намерения изложенный в таких общих чертах, по букве вовсе не касался новых Служебников. Раскол не переставал укореняться в монастыре. Старец Герасим Фирсов написал новое сочинение или только распространил прежнее о сложении перстов под названием: "Послание к брату", поместив здесь многочисленные выписки из разных книг и свидетельства о двуперстии, доселе употребляемые раскольниками. А другой старец Феоктист, находившийся в изгнании в Анзерской пустыне, составил "Слово о антихристе и тайном царстве его", где, раскрывая свои мысли, что антихрист уже царствует в мире духовно, а чувственно обнаруживает себя в своих предтечах - Римских папах, старался доказать, что и Никон есть предтеча антихриста. Оба эти сочинения, написанные еще до Собора 1666 г., много могли способствовать усилению раскола в Соловецком монастыре и его окрестностях.

Как ни слаба начертанная нами картина вновь появившегося у нас раскола по оставлении Никоном патриаршей кафедры, но и эта картина показывает, что раскол в продолжение каких-нибудь семи или осьми лет наступившего междупатриаршества успел проникнуть во многие места России, везде смущал умы верующих, везде находил не только последователей, но даже проповедников и в лице главных своих вождей успел открыто заявить свою враждебность и ненависть к господствующей Церкви. Нельзя сказать, чтобы власти духовные, особенно блюстители патриаршей кафедры, были невнимательны к делу, начатому Никоном. Они продолжали печатать или перепечатывать новоисправленные книги, и "по благословению преосвященных митрополитов, архиепископов и епископов и всего освященного Собора меж патриаршеств" изданы были в Москве: Пролог (1659 - 1661), Псалтирь следованная (1660), Минея общая с праздничною (1660 - 1663), Минеи месячные (1663), Триодь цветная (1660), Триодь постная (1663), Шестоднев (1660, 1662), Требник (1662), Канонник (1662) и др. В то же время власти принимали меры и против раскола и, например, в 1661 г., как мы видели, сослали в Тобольск попа Лазаря и подьяка Федора; в 1664 г. удалили из Москвы на Мезень протопопа Аввакума; в 1665 г. заключили в монастырь старца Григория Неронова, хотя нельзя не сознаться, что действия властей против раскола вовсе не отличались ревностию и энергиею. Царь Алексей Михайлович, как мы упоминали, еще в конце 1662 г. выразил свою скорбь о несогласии в церковных службах, производившем в народе соблазн, а по местам и расколы, и тогда же положил созвать для рассуждения об этом Собор с участием Восточных патриархов, но Собор не состоялся. В начале 1665 г. посланный царя, приглашая Иерусалимского патриарха Нектария в Москву для суда над Никоном, присовокупил: "Да есть у нас и другие дела, которые без вас устроить нельзя, весь церковный чин в несогласии, в церквах служит всяк по-своему". А к концу того же года, когда Никон просил позволения приехать в Москву, ему отвечали, что в Москве теперь многая мирская молва о разностях в церковной службе и о печатных книгах и что если он приедет, то может произойти смятение. Ввиду этой-то многой мирской молвы, которая могла разразиться самыми худыми последствиями, а с другой стороны - ввиду того, что прибытия Восточных патриархов, на суд которых царь желал передать и вопрос о расколе, нельзя еще было ожидать в скором времени, царь решился в начале 1666 г. созвать для этой цели на Собор своих только русских архиереев с прочим духовенством.

Сказание о деяниях созванного теперь Московского Собора, до нас дошедшее, составлено Симеоном Полоцким, и мы, прежде нежели начнем пользоваться этим сказанием, считаем нужным несколько познакомиться с самим автором, тем более что нам придется еще не раз встречаться с ним в последующей истории. Иеромонах Симеон Петровский-Ситнианович или Ситианович родился в 1629 г., вероятно, в Белоруссии. Кто были его родители и какое имя дано было ему при рождении, неизвестно. Воспитывался в киево-могилянской коллегии, когда в числе наставников ее находился Лазарь Баранович, который потому и называл Симеона своим учеником. А по выходе в 1650 г. из коллегии Ситнианович, может быть, слушал, следуя тогдашнему обычаю, дополнительные лекции в каком-либо из высших иезуитских учебных заведений в Польше или за границею, что и могло послужить поводом к названию у нас Симеона в последующее время учеником иезуитов. В 1656 г. мы видим Симеона уже в Полоцке как инока православного Богоявленского монастыря и в звании дидаскала братской школы. В этом году царь Алексей Михайлович дважды посетил Полоцк, в июле и октябре, и в одно из этих посещений молодой учитель богоявленской школы имел радость поднести царю своего сочинения "Метры на пришествие великого государя" и тем обратить на себя его внимание. Спустя три года, когда чудотворная икона Богоматери, взятая Алексеем Михайловичем из полоцкого Богоявленского монастыря с собою в поход и потом в Москву, принесена была обратно в новой богатой ризе, Симеон приготовил приличные "вирши", или стихи, которые и были торжественно произнесены восемью его учениками при встрече иконы (1 апреля) у больших городских ворот. К концу 1663 или в начале следующего года, после того как Полоцк снова перешел под власть Польши и для православных в нем опять настало тяжелое время, Симеон Ситнианович переселился в Москву, где и сделался известным под именем Симеона Полоцкого. В Москве по указу государя поручено было ему обучать латинскому языку молодых подьячих Тайного приказа, чтобы приготовить из них хороших переводчиков. Обучение открывалось в Заиконоспасском монастыре, и летом 1665 г. здесь построено было как для школы, так и для помещения учителя особое "хоромное строение". Могущественный тогда у государя Паисий Лигарид в состоянии был и сам оценить ум и знания ученого пришельца из Полоцка, но для Симеона на первых порах много мог значить и добрый отзыв о нем Черниговского архипастыря Лазаря Барановича пред Паисием. Посылая к последнему при письме от 14 августа 1664 г. книгу иезуита Боймы об исхождении Святого Духа и главенстве папы и приглашая Лигарида проверить по источникам приводимые в ней свидетельства святых отцов, Баранович присовокупил: "Прошу сообщить книгу и достопочтенному отцу Симеону Ситниановичу-Петровскому, знаменитому брату моему, известному своею ученостию, - пусть испытает на ней силу ума своего и окажет услугу св. Церкви, пользуясь помощию твоей святыни". Паисий и Симеон служили иногда друг другу в качестве переводчиков. Когда к концу 1664 г. патриарх Никон внезапно явился в Успенский собор и царь приказал позвать к себе для совета главнейших бояр и архиереев, позван был также и Симеон, чтобы переводить с латинского языка речи Паисия Лигарида, не говорившего по-русски. А спустя около двух лет, когда прибыли в Москву Восточные патриархи и Симеон, вовсе не знавший по-гречески, произнес пред ними приветственное Слово на латинском языке, это Слово тотчас же переводилось для патриархов на греческий язык Лигаридом, как сам он свидетельствует в своей истории, называя при этом Симеона "ученейшим".