На фронте (с обеих сторон вместе) было сосредоточено свыше шестисот тысяч бойцов - число, не превзойденное до тех пор в истории войн, если не считать полулегендарных сражений древности. В середине февраля японцы начали атаковать восточное крыло русской армии, угрожая глубоким обходом. Русские, в общем, успешно оборонялись, когда обнаружилось на противоположном крыле, на равнине к западу от Мукдена, быстрое наступление больших японских масс: главная опасность оказалась на правом крыле. Задерживая русский центр на укрепленных позициях к югу от Мукдена, японцы стремились выйти к железной дороге севернее этого города и перерезать русскую коммуникационную линию. В то же время им удалось вбить клин между центром и левым крылом русского фронта (между III и I армиями). Тогда их усилия сосредоточились на том, чтобы поймать в гигантский «мешок» около Мукдена II и III армии. Клещи, оставлявшие вне своего обхвата только I армию в гористой местности к востоку, грозили сомкнуться, когда Куропаткин отдал приказ об отступлении.

В своих «Итогах войны» главнокомандующий писал: «Отступи мы от Ляояна днем позже, Ляоян мог обратиться для нас в Мукден; отступи мы от Мукдена днем раньше, Мукден мог обратиться для нас в Ляоян…»

Отступление от Мукдена действительно прошло менее благополучно: правда, основные массы II и III армий ушли вовремя из японских клещей, и когда кольцо сомкнулось, русских войск внутри не оказалось. Но потери были очень велики; около 30 000 человек было взято в плен; а II и III армии были настолько расстроены боем, что пришлось отвести их не до Телина, как предполагалось раньше, а еще на несколько десятков верст севернее. Отступление прикрывала менее пострадавшая I армия ген. Линевича. Впрочем, японцы, истощенные боем, почти не преследовали.

Мукденский бой был несомненным поражением русской армии. Она потеряла - по сведениям главного штаба - 89 500 человек (включая пленных) - свыше четверти своего состава; японцы (по тем же сведениям) потеряли 67 500 человек.77 Ей пришлось отступить почти на полтораста верст. Тем не менее, Мукден не был ни Седаном, ни Ватерлоо; русская армия осталась и после него грозной боевой силой, а японцы были сильно истощены, несмотря на победу. Они в последний раз воспользовались преимуществом своей более ранней готовности - и все же не добились решающего результата. Разговоры о Мукдене как о небывалом и позорном разгроме объяснялись политическими соображениями - желанием доказать негодность русской власти.

25 февраля японцы заняли Мукден. 5 марта был опубликован приказ государя об увольнении Куропаткина с поста главнокомандующего и о назначении на его место ген. Линевича. Куропаткин проявил большое смирение и самоотверженность: он просил разрешить ему остаться в армии, хотя бы на самом скромном посту. Государь назначил его командующим 1-й армией: Куропаткин и Линевич поменялись местами.

«Солдаты до последней минуты боготворили Куропаткина"», - писало «Новое Время». Действительно, б. главнокомандующий очень заботился о солдате; армия была при нем всегда сыта, одета, обута, но - «все было сделано для тела солдата и ничего для души», - писал в «Русском Инвалиде» П. Н. Краснов: у Куропаткина не было «Божией искры» полководца, хотя его теория отступления по образцу 1812 г. и была, как показали события, во многом правильной.

Исход Мукденского боя был воспринят русским обществом как естественное следствие всего хода событий: удивил бы обратный результат. Толки о мире начались и на страницах легальной печати, не исключая «Нового Времени».

Указом 12 декабря был намечен ряд реформ: новый закон о печати, расширение прав «национальных меньшинств» в культурно-просветительной области, свобода вероисповеданий. Разработка этого последнего вопроса повела к постановке на очередь реформы русской церкви.

Церковные круги, во главе с митрополитом С.-Петербургским Антонием, выдвинули проект преобразований для установления большей независимости церкви от государства. 17 марта в «Церковном Вестнике» появилась записка группы 32 столичных священников. «Только свободно самоуправляющаяся церковь, - говорилось в ней, - может обладать голосом, от которого горели бы сердца человеческие. Что же будет, если свободою религиозной жизни, исповедования и проповедования своей правды будут пользоваться все виды большего или меньшего религиозного заблуждения, все религиозные общества и союзы, - и только православная церковь, хранительница подлинной Христовой истины, одна будет оставаться лишенною равной и одинаковой с ними свободы?» Записка кончалась требованием созыва поместного собора русской церкви.

Обер-прокурор синода, К. П. Победоносцев, в это время фактически почти устранился отдел, не посещал заседаний комитета министров и был проникнут мрачным безнадежным настроением. «Я чувствую, что обезумевшая толпа несет меня с собою в бездну, которую я вижу перед собой, и спасенья нет, - писал он Витте, с которым, по старой памяти, сохранял хорошие отношения. - Я не в силах опровергать целое мировоззрение». Самоустранение властного обер-прокурора облегчало дело сторонников реформы.

Синод на заседании 22 марта единогласно высказался за восстановление патриаршества и за созыв в Москве всероссийского собора для выборов патриарха. Синод должен был стать совещательным органом при патриархе, каковым предполагалось избрать с.-петербургского митрополита Антония (Вадковского).

Но протесты против этого плана раздались не только из окружения обер-прокурора, но и со стороны видных богословов, убежденных сторонников восстановления приходского самоуправления. «Требуется возродить церковь. Но это возрождение надо провести правильными путями, не повторяя самовластных способов действия 1721 г.», - писал М. А. Новоселов и, критикуя решение синода, добавлял: «Поспешность поистине поразительная, вызывающая представление скорее о т. н. Виттовой пляске, чем о серьезном обсуждении святого и великого дела!»

Перед лицом разногласий в церковной среде государь 31 марта положил на докладе синода следующую резолюцию: «Признаю невозможным совершить в переживаемое ныне тревожное время столь великое дело, требующее и спокойствия и обдуманности, каково созвание поместного собора. Предоставляю Себе, когда наступит благоприятное для сего время, по древним примерам православных Императоров дать сему делу движение и созвать собор всероссийской церкви для канонического обсуждения предметов веры и церковного управления».

Это не задержало введения начала веротерпимости; оно было близко государю с ранних лет, только в этой области он долгое время не желал действовать против своего учителя, К. П. Победоносцева, влияние которого, впрочем, и ограничивалось гл. обр. сферой церковных вопросов. 17 апреля, на Пасху, был издан указ о веротерпимости, предоставлявший всякому совершеннолетнему русскому подданному право исповедовать любое христианское вероучение, отдававший старообрядцам и сектантам их молитвенные дома и отменявший все прошлые законы, противоречащие этим началам. На основании этого указа сразу же вернулись к униатству десятки тысяч крестьян в Западном крае, только формально числившихся православными.

Между тем 2-я тихоокеанская эскадра свыше двух месяцев стояла в береговых водах Мадагаскара. В морских кругах сознавали, что она слабее японской; газетная кампания (в которой наиболее видное участие принимал капитан Н. Л. Кладо) побудила снарядить 3-ю эскадру, состоявшую из старого броненосца «Николай I», еще более старого бронированного крейсера «Владимир Мономах» и трех броненосцев береговой обороны, приспособленных для плавания в Балтийском море. Адм. Рожественский считал эти подкрепления сомнительными, особенно ввиду малой скорости их хода; но так как и в его эскадре было два-три не более быстрых судна, он не мог убедительно возражать против их отправки. 2 февраля 3-я эскадра вышла из Либавы под командой адм. Небогатова.