Наряду с упорядочением консисторского делопроизводства, особое внимание святителя Игнатия было обращено на значение окружных благочинных и их участие в деятельности правящего Архиерея. Кавказская епархия состояла из 18 благочиний. Некоторые из них находились на значительном расстоянии от кафедрального города. В целях предоставления благочинным возможности наилучшего исполнения обязанностей, епископ Игнатий постарался освободить их от лишних забот и должностей. В первую очередь это коснулось вновь назначенного благочинного по городу Ставрополю протоиерея Троицкого собора Феодора Поспелова. Для укрепления духовенства на местах служения Святитель рассматривал их прошения о переводе, только учитывая мнение благочинных, что поднимало авторитет последних. С одной стороны, эта мера облегчила канцелярскую работу Консистории, а с другой в скором времени выявила и очертила характеры благонамеренных и своевольных пастырей. До возглавления кафедры епископом Игнатием все следствия по различным тяжбам в среде духовенства велись Консисторией, обычно оставлявшей благочинных в неведении, что не лучшим образом влияло на исход разбирательства. Для устранения этого отрицательного явления епископ Игнатий предложил использовать для следствия исключительно благочинных. Кроме указанных мер, преосвященный Игнатий старался дать возможность благочинным, кроме формальных официальных рапортов, иметь самое непосредственное общение со своим Архипастырем.
Большое значение владыка Игнатий придавал строительству и благоустройству храмов и духовных учебных заведений. При нем в 1859–1860 годах у кафедрального собора по проекту архитектора Воскресенского была сооружена грандиозная колокольня. Специально для нее был отлит огромный колокол, весивший 523 пуда. В это же время ставропольский купец Ефимий Дмитриев пожертвовал 1000 рублей серебром для устроения иконостаса в кладбищенской Успенской церкви. Наблюдение за его возведением епископ Игнатий поручил протоиерею Феодору Поспелову, а проект заказал тому же архитектору Воскресенскому. Вместе с упомянутым губернским архитектором святитель Игнатий, военный инженер по образованию, разработал проект каменного храма для села Новогригорьевского. Это грандиозное и величественное сооружение построил Ветров, участвовавший в качестве десятника в постройке здания Эрмитажа в Петербурге.
Кавказская духовная семинария, открытая 13 ноября 1846 года в день памяти святителя Иоанна Златоуста, трудами преосвященного Иеремии, во времена управления кафедрой епископом Игнатием, не имея собственного здания, вынуждена была снимать дома у частных лиц, а именно у протоиерея Димитрия Гремяченского. В правление Семинарии постоянно поступали предложения различных граждан Ставрополя, в том числе Д. Соннова и П. Волобуева, взять в наем или купить принадлежащие им дома в различных частях города. Правление Семинарии своим представлением от 28 февраля 1859 года, предоставило решение этого вопроса на усмотрение правящего Архиерея. Уведомив Святейший Синод о положении дел по вопросу размещения Кавказской семинарии, святитель Игнатий в мае 1859 года получил распоряжение и. о. Обер-прокурора Князя С. Урусова составить план смежных каменных домов Д. Соннова и П. Волобуева с обозначением предполагаемого там размещения Семинарии, а также смету на необходимую перестройку. В своем ответе обер-прокурору от 17 сентября 1859 года епископ Игнатий извещает его о том, что купец Д. Соннов, несмотря на двухкратные просьбы правления Семинарии представить планы зданий и проект условий, продал свои дома дирекции ставропольских училищ под размещение там женских гимназий. А одних зданий П. Волобуева, за которые он просит 44 000 рублей, для размещения Семинарии недостаточно. Кроме того, было неизвестно, может ли духовное ведомство выделить необходимую сумму для покупки упомянутых домов. Возможно, владыка Игнатий, убедившись на примере дела о протоиерее Крастилевском в формальном подходе Синода к проблемам далеких Епархий, задался целью решить этот вопрос осторожно и в свою пользу. Уступить Обер-прокурору на этот раз было нельзя, так как в этом случае Семинария вынуждена была бы терпеть различные неприятности в течение долгих лет. Дома этих упомянутых горожан с одной стороны примыкали к базарной площади, а с другой соседствовали с «девичьим училищем и шумной улицей присутственных мест». Расположение это было также неудобно и для преподавательского состава. Да и сами здания нуждались в серьезном ремонте. Поэтому епископ Игнатий отдал предпочтение предложению протоиерея Д. Гремяченского. Протоиерей уступал свои дома за «условную, самую сходную цену». Кроме имевшихся домов он предлагал купить еще «три или четыре соседних двора и выстроить на них трехэтажный каменный корпус», внутреннее расположение которого предоставлялось на усмотрение епископа Игнатия.
Таким образом, благодаря архипастырской внимательности к проблемам духовной школы Семинария с тех пор окончательно обосновалась в трех домах, в ближнем соседстве с церковью святого апостола Андрея Первозванного и Архиерейским домом [1359]. Преподаватели и воспитанники Семинарии имели теперь возможность всегда бывать за богослужением, которое совершалось по монастырскому уставу, и освежаться чистым воздухом в уединенной роще, недоступной для светских лиц.
Святитель Игнатий, явивший себя наставником русского иночества, в дни своего архипастырского служения на Кавказе не мог оставить монашество без попечения Епархии. Будучи ревностным иноком, несшим бремя Епископского служения как послушание Церкви, он по-прежнему стремился к безмолвию монастырской жизни. Поэтому особой светлой радостью проникнуты слова его проповеди, произнесенной им при открытии Ставропольского Иоанно-Мариинского монастыря, бывшего до того времени общиною [1360].
Разъяснив значение монашества вообще, указав на неизбежность скорбей в иноческой жизни, Святитель говорил с воодушевлением, достойным радостного приветствия: «Дщери Небесного Отца! Приветствую вас с дарованием иноческих прав и наименования обители вашей! Приветствую вас с открывшимся для вас поприщем иноческих подвигов… вы призваны Отцом Небесным в дщери Ему… Соделайтесь достойными призвания Божия!»
В это же время благодаря заботам Святителя и брата его, губернатора Петра Брянчанинова, в городской думе было принято решение «отдать во владение девичьему монастырю, именуемому Иоанно-Мариинским… землю» вблизи Ставрополя «с оговоркою… чтобы вершина родника, протекающего по меже… оставалась в пользовании города».
Помимо Иоанно-Мариинского монастыря, в Кавказской епархии было еще два мужских и один женский монастырь. В области черноморских казаков находилась Марие-Магдалининская женская пустынь, основанная в 1849 году, которая имела 55 насельниц, двух священников и диакона. Настоятельницей монастыря была игумения Митрофания из вдов дворянского звания, назначенная сюда при открытии обители из Полтавского Покровского монастыря. Духовником обители святитель Игнатий назначил иеромонаха Феофана, из насельников Кавказского Архиерейского дома. Расположенный в этой же области мужской Екатерино-Лебяженский монастырь не имел даже класса по церковной иерархии, но учрежден был на особых правах по черноморскому положению. Настоятель его, архимандрит Никон, являлся вместе с тем благочинным обоих черноморских монастырей.
В особых условиях находился Крестовоздвиженский заштатный Кизлярский монастырь, удаленный более чем на 500 верст от кафедрального города. Монастырь этот, по словам его настоятеля архимандрита Германа, более столетия стоял «на рубеже России, отделяющем горские племена Кавказа магометанского исповедания в кругу кочевого народа ногайского племени, блуждающего, подобно бессловесным, по необозримым безводным степям, лежащим между рек Терека и Дона… и едва не на берегу моря Каспийского». Не получая дотаций от государства, на собственных трудах своих, он пребывал «не в том состоянии, в каком бы следовало ему быть в благоденствующие дни России. Не однажды за свою историю обитель эта испытывала на себе «хищничество» народов, «в горах жительствующих», которые разграбляли его. Вместе с тем гражданские и военные власти в условиях военного положения часто вынуждены были действовать в ущерб духовных интересов обители. Благодаря терпению и кротости, епископ Игнатий находил общий язык со светской властью, которая «в военных соображениях находила средство быть неограниченной», и тем самым искал возможности для нравственного и духовного благоустройства обителей.