Об отеческом окормлении иноков свидетельствует собранная со всех концов России под омофор Святителя-подвижника братия Кавказского Архиерейского дома. Скупые строки формулярного списка о монашествующих, которые частично заполнены рукою Преосвященного Игнатия, позволяют представить себе образы этих совершенно различных между собой учеников Святителя. В документе этом представлены биографии выходцев из дворян, духовенства, купцов, казаков, крепостных крестьян, и даже отставного унтер-офицера из лезгин. Упомянутая здесь братия, начиная от послушника и кончая заслуженным протоиереем, кандидатом богословия, происходила родом в основном из удаленных от Кавказа мест: Санкт-Петербурга, Вологодской, Тамбовской, Владимирской и Харьковской губерний. Эти первые помощники епископа Игнатия всячески поддерживали Святителя в его заботах о нравственном и духовном облике духовенства и мирян Епархии.
Преосвященный Игнатий, сталкиваясь со случаями нравственных проступков клира, не стремился наказывать провинившихся переводом на другой приход, отчего обычно только шире распространяется соблазн среди мирян Епархии. Напротив, несмотря на свои телесные немощи и многочисленные заботы по управлению Епархией, а также связанные с подготовкой его письменных трудов, Владыка собирал таковых вокруг себя, в Архиерейском доме, для совершения богослужений, несения клиросных и других послушаний. Исправляя их «духом кротости», Владыка всячески стремился, чтобы это не коснулось тяжелым бременем их семей, оставшихся на время без кормильца. Только за вторую половину 1858 года на исправлении в Кавказском Архиерейском доме побывало 9 клириков Епархии. Назначения эти производились ввиду их «нетрезвой жизни» или «нанесения обид» сослужащей братии или прихожанам, а иногда, как, например, протоиерей села Средне-Егорлыкского И. Преображенский, по подозрению благочинного, «для усмотрения образа служения». Сроки послушания, назначаемые обычно от одного до трех месяцев, как правило, сокращались. Так на прошениях диакона с. Покойного Константина Салафильева и пономаря Старо-Щербиновской церкви Якова Чупрыны с просьбами отпустить их к семьям в связи с приближающимся праздником Рождества Христова, несмотря на только начавшийся декабрь, стоят резолюции Преосвященного: «во внимание к смирению просителя срок епитимий сократить», и просто «прошение удовлетворить». Часто эконом Архиерейского дома иеромонах Иустин ходатайствовал о смягчении епитимий, позволении священнодействовать вместо несения клиросного послушания или же вовсе присоединялся к просьбам о прекращении их срока.
После ознакомления с Епархией «преосвященный Игнатий… в своих предложениях на имя Кавказской духовной семинарии отметил, что священнослужители Края стоят, за редким исключением, на высоте пастырского призвания». И лишь диаконы, имеющий низкий образовательный ценз, «не всегда и не везде удовлетворяли своему назначению» [1361]. И действительно, уже к концу 1857 года, то есть ко времени вступления епископа Игнатия на Кавказскую кафедру, в Епархии из 222 протоиереев и священников 138 имели богословское и 5 философское образование. Не получившие образование священники, по свидетельству благочинного Кубанского казачьего войска священника Стефана Гливенко, благочинного Феодора Маковского и других, «от природы наделенные хорошими способностями», постоянно стремятся к самообразованию. Кроме того, как отмечает благочинный Черноморского войска Афанасий Кучеров, нравственное состояние клириков в его благочинии «неукоризненное». О духовенстве своего благочиния священник Феодор Маковский свидетельствует, что они «по мере полученных в Семинарии познаний не оставляют прихожанам своим преподавать» не только духовные наставления, но и «врачебные и сельскохозяйственные». Дополнительно в пользу Кавказского духовенства красноречиво говорит отмеченное Архипастырем внешнее благолепие их храмов. В характере Кавказского духовенства, «неленностного в совершении богослужений и назидании паствы», особенно поразительно для святителя Игнатия, как нового лица в Крае, «было радушие, странноприимство и откровенность», соответствующие кавказским просторам.
Беспокоясь о духовно-нравственном уровне пастырей, епископ Игнатий настоятельно рекомендовал приходским священникам выписывать, приобретать выходящую из печати духовную литературу; творения святых Отцов, журналы «Душеполезное чтение», «Труды Киевской Духовной академии» и «Христианское чтение», а также «Пространный катихизис». Не оставлял он своим вниманием и Духовную семинарию. Видя пожирающее все большее количество человеческих душ губительное вольнодумство и протестантское отвращение к православной аскетике, Святитель высказывался о необходимости контроля над преподаванием светских дисциплин в духовных школах. Особое внимание он придавал философии, из которой, по его мнению, с особой полнотой следовало преподавать логику. Само преподавание, считал Святитель, следует доверять «зрелым мужам, изучившим положительные науки, философию и писание Отцов Церкви», опытно познавшим значение Христианства, в отличие от молодых людей, склонных к «односторонним увлечениям».
С первых дней пребывания в Ставрополе святитель Игнатий интересовался духовно-воспитательной стороной жизни и поведением учащихся. Так, в «книге поведения», где правление Семинарии на заседании 15 марта вынесло постановление об объявлении признательности правления при общем собрании воспитанников лучшим ученикам, положена резолюция Преосвященного: «Желая знать, кто именно из воспитанников заслуживает внимание своего начальства особенным благонравием, предлагаю Семинарскому правлению впредь означать сих воспитанников поименно в журнальной статье. Игнатий, епископ К. и Ч.» В отношении тех учеников духовной школы, которые неустойчивостью своего поведения обнаруживали духовную отчужденность по отношению к образу будущего пастыря, владыка Игнатий был сторонником мер рассудительных, нестрогих. При употреблении предусмотренных мер взыскания от выговора до содержания в изолированном помещении на хлебе и воде, Преосвященный подписывал наставникам Семинарии не оставлять без внимания ожесточение и упорство наказуемых. Но вместе с тем Святитель подчеркивал, что «высокий, благородный характер воспитателя главнейшая узда… для воспитанников». «Благочестивый и благонамеренный воспитатель, — писал Владыка наставникам Семинарии, — должен положить себе за правило не прибегать в час своего гнева ни к выговору, ни к наказанию. Час гнева есть час безумия для всякого разгневавшегося, хотя бы разгневавшийся принадлежал к первейшим мудрецам» [1362]. В целом предписания святителя Игнатия «ограничивали меры наказания, бывшие в обычаях… того времени». Мудрый Архипастырь желал, чтобы воспитатели обращали более внимания на нравственную сторону взысканий, развивая в детях и юношах совестливость, как более гарантирующую их доброе поведение, и тщательно обсуждали правдивость наказаний, соразмеряя их с виновностью; чтобы сами наказания эти были разумно-человеческие, без увлечения гневом и горячностью».
Еще одним показателем отношения правящего Архиерея к воспитаннику Семинарии является стремление Епископа назначать на служение в освободившиеся приходы выпускников по их добровольному согласию. Так, летом 1858 года в правление Семинарии поступило три предложения от Преосвященного Игнатия с просьбой объявить «окончившим курс воспитанникам Семинарии: не желает ли кто из них занять священнические места в станице Урожайной… в станице Величавой… а также в станице Березанской при двуштатной Крестовоздвиженской церкви», при условии, предлагаемом местным священником (вступить в брак с его дочерью), или и без сего условия».
В деле духовно-нравственного воспитания мирян Епархии первыми помощниками Епископа были приходские священники и благочинные. Не оставлял Святителя на этом поприще без помощи со своей стороны и губернатор Петр Александрович Брянчанинов.