Как уже было отмечено, население Кавказа, несмотря на сложные условия военной жизни и неустроенности быта из-за постоянных переселений все ближе к Кавказскому хребту, отличалось ревностным благочестием. Кроме стремления внешне благоустроить свои храмы, каждый прихожанин, по свидетельству войскового протоиерея А. Кучерова, священным долгом для себя поставляет исполнить с первых дней Четыредесятницы христианский долг очищения совести покаянием и приобщением Святых Таин, а многие исполняют этот долг преимущественно в мужской Екатерино-Лебяженской и женской Мариинской обителях Черноморья».
Вопреки своей скудности, прихожане Епархии охотно отзывались на приглашения к пожертвованию: на строительство памятника 1000-летия России, в Новгороде, и на иерусалимский храм Гроба Господня, где в то время нес послушание ученик епископа Игнатия иеромонах Леонид (Кавелин).
Однако во всякой картине есть тени, а народ на Кавказе, как уже упомянули, поживал разнообразный, и потому поле деятельности в области духовного совершенствования было самым обширным. Так священнику станции Темрюкской долго пришлось бороться на своем приходе с содержателями питейного заведения, обосновавшимися по соседству с храмом. Соседство это шло вразрез с государственным законом, запрещающим открытие питейного заведения ближе чем на 40 саженей от православного храма (Свод законов, 1857, т. 12, ст. 4337). В конце концов, благодаря ревности приходского пастыря, заведение это было перенесено на другую улицу. А летом 1861 года по всей губернии через православные храмы и органы государственного ведомства был распространен указ Губернатора, вовсе запрещающий продажу спиртных напитков в праздничные дни до окончания литургии.
Последний год служения на Кавказе (1861) был для Святителя особенно трудным. То жертвенное самоотвержение, с которым владыка Игнатий отдавал себя служению Церкви на Кавказской кафедре, значительно ослабляло его телесные силы. «Как раз в это время он заболел натуральной оспой и нервной горячкой» [1363]. Несмотря на все заботы о его здоровье как со стороны брата, губернатора П. А. Брянчанинова, так и со стороны доктора В. Снигирева, Святитель чувствовал все большее изнеможение. Следует отметить, что член ставропольской врачебной управы доктор В. Снигирев, исполнявший также должность штатного врача и преподавателя медицины в Кавказской семинарии, зная о слабом здоровье правящего епископа, еще в ноябре 1858 года изъявил желание быть постоянным доктором Архиерейского дома. С тех пор он усердно исполнял свои обязанности на этом поприще, причем безвозмездно.
Заметно ослабев, Преосвященный Игнатий почувствовал невозможность дальнейшего несения общественного служения. 24 июня 1861 года он направил рапорт в Синод с просьбой об увольнении его от управления Кавказской епархией. Вместе с рапортом в Синод Владыка обратился с особым письмом к Императору Александру II:
«Августейший Монарх! Всемилостивейший Государь! Чувствуя изнеможение сил от болезненности, продолжающейся около 40 лет, и постоянно питая в душе моей желание окончить дни в уединении, я послал в Святейший Синод рапорт, в котором… прошу об увольнении от управления Епархией и предоставлении мне в управление общежительного Николо-Бабаевского монастыря на Волге… То милостивое внимание, которое удостаивали меня Ваши Августейшие Родители… дозволяет мне обратиться к Вашему Императорскому Величеству с… убедительнейшей просьбою. Не во внимание к какой-нибудь заслуге или достоинству, коих нет у меня, в память Ваших почивших Родителей, окажите мне милость, повелите удовлетворить моему прошению, даруйте мне просимый приют, в котором я мог бы окончить в мире дни мои, вознося недостойные… молитвы к Богу о благоденствии Вашем… о покое и вечном блаженстве Ваших приснопамятных Родителей!»
В ожидании решения своей просьбы, размышляя о своей болезни, святитель Игнатий писал: «Слава Богу за все! Для меня болезнь была как бы цепями, обуздывавшими горячность моего характера и сложения, она препятствовала деятельности, вместе препятствовала и большему развитию гордыни, которая часто развивается от успешной деятельности».
В эти томительные дни ожидания радостным явлением стал для Владыки день 17 июля. В этот день в Ставрополе был получен указ Святейшего Синода об открытии мощей святителя Тихона Задонского. В указе этом, который предписывалось обнародовать в первый по получении воскресный или праздничный день, говорилось о том, что при сооружении нового храма в честь Владимирской иконы Божией Матери был разобран алтарь ветхой церкви, под которой находился склеп Святителя. Гроб его наполовину истлел. Несмотря на это, архиерейское облачение, пребывавшее в сыром месте 63 года, найдено целым, а тело нетленным. Подобные известия и тогда, и сегодня доставляют особую духовную радость и укрепляют людей в скорбях и болезнях. Очевидно, и для святителя Игнатия этот день принес духовный восторг и утешение.
5 августа 1861 года резолюцией Императора Преосвященный Игнатий был уволен от управления Епархией. В связи с этим кафедральный протоиерей Ф. Поспелов, по указанию Синода, издал следующее распоряжение: «Ключарю, протоиерею Стефану Гранинову, вместе с членами Консистории, принять у епископа Игнатия имущество по приходным и расходным книгам, выдать ему квитанцию и хранить полученное имущество и документы до прибытия нового Преосвященного». Согласно установленному порядку, епископ Игнатий передал Консистории имущество Архиерейского дома, в числе которого особым образом, по названию каждой книги, была перечислена библиотека, значительно пополнившаяся за последние три года. Только Святоотеческой литературы она насчитывала 180 томов, кроме того, в ней имелось Священное Писание и труды различных авторов по философии и истории на греческом, латинском, английском и французском языках.
«Осень 1861 года стояла теплая и мягкая, так что только прохлада ночей и близость гор напоминали о поздней поре года. Дни же были жаркие и ясные, как в половине августа» [1364]. В такие дня владыка Игнатий расставался с Кавказом.
16 сентября 1861 года Северный Кавказ посетил император Александр II. Минуя Ставрополь, он отправился осматривать вновь покоренные земли за Кубанью. По дороге он спрашивал графа Евдокимова (главная квартира которого была в Ставрополе) о Преосвященном (Игнатии) и через него прислал ему орденские знаки Святой Анны 1-й степени, которые уже не застали Владыку в Ставрополе.
Пробыв около трех недель в Москве у Преосвященного Леонида (Краснопевкова), своего воспитанника и друга, епископ Игнатий вместе со своей свитой отправился далее, в Николо-Бабаевский монастырь на Волге, куда прибыл 13 октября 1861 года. «Владыка принял монастырь при 60 рублях наличных денег, с двухтысячным долгом: ни хлеба, ни дров на грядущую зиму заготовлено не было». Видя столь острую нужду обители, святитель Игнатий решил продать подарок Императрицы — драгоценную панагию. Полученные за нее 30 тысяч были переданы Святителем на нужды монастыря. Истратив свои телесные силы в общественном служении Церкви Божией, Святитель-подвижник и на покое не смог оставить без попечения Христова стада. В будние дни он принимал посетителей, «по большей части простых крестьян, которых сам лечил». Так продолжалось почти три года, но затем, из-за большого скопления людей и телесной слабости, Владыка уже не смог посвящать целые дни приему посетителей. Но в вечерние часы, после дневных молитв и безмолвного уединения, епископ Игнатий по-прежнему принимал имевших к нему нужду иноков и послушников, вместе с которыми побеседовать с ним имели возможность и прочие посетители.
После первой зимы, проведенной на Волге, в мае 1862 года, владыка Игнатий посетил правящих Архиереев близлежащих Костромской и Ярославской епархий, а также Преосвященного Иринея, находившегося на покое в Толгском монастыре, и после этого уже никуда не выезжал, за исключением редких и коротких прогулок по окрестностям монастыря. Когда позволяло здоровье, он часто совершал богослужения в монастырском храме, что привлекало в обитель множество богомольцев из окрестных селений. Видя столь значительное увеличение числа молящихся, приходивших извне, епископ Игнатий заказал архитектору А. Горностаеву проект нового храма в честь Иверской иконы Божией Матери. Нашелся и жертвователь для столь богоугодного дела ярославский мещанин Федотов, взявшийся оплатить строительство возводимого храма.