Со временем административный центр из Георгиевска переместился в одну из крепостей — Ставропольскую, расположенную на обширной одноименной возвышенности. С 1 января 1843 года Ставрополь получил новый высокий статус кафедрального города в связи с вновь открытой Кавказской и Черноморской епархией.
Открытие Кавказской епархии (1843) и возвышение ее кафедрального города Ставрополя в центр Ставропольской губернии (1847) происходили в самый разгар непрерывных военных действий с Шамилем. Война эта, продолжавшаяся более полувека, изнурительным бременем ложилась на плечи всех жителей Кавказа от мала до велика. В 1853 году положение населения еще более ухудшилось. Обострившиеся отношения между Россией, с одной стороны, а также Турцией, Англией и Францией — с другой, доставили командованию Кавказа серьезные беспокойства и вынудили его готовиться к боевым действиям с самыми серьезными противниками. Несмотря на то что основные военные действия в 1853–1856 годах развернулись в Крыму, Северному Кавказу в этой войне отводилось чрезвычайно важное место. К народам Кавказа были отправлены «десятки османских и английских эмиссаров с письмами… и традиционным призывом к «священной войне» против России» [1351].
В дальнейшем, несмотря на то что Шамиль официально получил от Порты звание генералиссимуса черкесской и грузинской армии, а его наиб Магомед-Амин был провозглашен начальником всех горских ополчений Западного Кавказа с вручением ему генеральских регалий, ни тот ни другой не смогли оказать серьезного влияния на обстановку в Закавказье и на Северном Кавказе. В этот период многие священники Кавказской епархии, делившие все тяготы военной жизни своей паствы, к моменту восшествия на Ставропольскую кафедру святителя Игнатия были награждены боевыми орденами.
Суровые условия военного быта, в которых паства Кавказской епархии жила на протяжении многих десятилетий, воспитывали в ней воинственный характер. Однако постоянные опасности и бедствия, от которых спасти мог часто только Господь, пробуждали в сердцах людей ревностное благочестие. Впрочем, рядом с трудолюбивыми земледельцами и доблестными воинами в Крае жили бродяги, воры и разбойники. С православными христианами соседствовали: горцы-мусульмане, кочевники-язычники, католики, армяне григорианского исповедания, старообрядцы-раскольники, представители самых разнообразных сект. Таким разноплеменным, разноязычным, многообразным по вероисповеданию и тем более по духовно-нравственным качествам населения был Северный Кавказ, когда только что принявший благодать архиерейства святитель Игнатий отправлялся к месту своего архипастырского служения. Собираясь в путь, он писал к своему брату, П. А. Брянчанинову, бывшему в то время Ставропольским вице-губернатором: «Усердно желаю, чтобы ты остался в Ставрополе и чтобы нам Бог благословил потрудиться вместе для пользы христианства… Церкви Православной и тесно связанной с нею пользы Отечества… молю Господа, чтоб даровал мне посвятить себя всецело учению Христову, как этого и требует моя обязанность, и этим учением пропитывать себя и ближних во спасение».
В самые лютые морозы зимой 1858 года святитель Игнатий со своими спутниками находился в пути. Железнодорожное сообщение тогда было только между Петербургом и Москвой, а далее, через Курск и Харьков приходилось ехать на лошадях. В степях за Доном на путников внезапно обрушился жестокий снежный буран, да так, что сама жизнь епископа Игнатия подвергалась опасности. Четвертого января, в канун Крещенского сочельника, Владыка прибыл в Ставрополь.
Высокий холм, поднимающийся над Ставропольской возвышенностью, венчался кафедральным собором Казанской иконы Божией Матери архитектуры Тона. Еще издали виден был этот храм, стоящий как бы на облаке, над всем городом [1352].
К сожалению, архиерейское служение не могло совершаться в этом прекрасном вместительном храме, так как он не отапливался. В зимнее время торжественные богослужения совершались в теплом Спасском соборе, расположенном над лавками гостиного двора. Вероятнее всего, именно в нем была произнесена первая на Кавказе, краткая, но проникновенная проповедь епископа Игнатия: «Мир граду сему! Произношу это приветствие по завещанию Господа моего, пришедши с посохом пастыря в богоспасаемый град Ставрополь… В душе, в которой от покорности Богу утихли страсти, царствует Бог, царствует мир Христов… Такой мир испрашиваю себе и вам, возлюбленные братья, у единого Подателя истинного и святого мира, у Господа нашего Иисуса Христа». И к этому внутреннему духовному миру, которого искал для себя и для своей паствы Святитель-подвижник, Бог «приложил» (Мф. 6:33) мир внешний, долгожданный, мир в полувековой Кавказской войне. Война эта закончилась победой именно в тот период, когда над Северным Кавказом распростер святительский омофор епископ Игнатий.
В Ставрополе тогда было 12 церквей. При кавказском Архиерейском доме имелся кавказский кафедральный Казанский собор, его обслуживали: 1 протоиерей, 3 священника, 5 диаконов вместе с протодиаконом, а также псаломщики, звонари в количестве 35 человек. Этот же штат обслуживал в зимнее время гостинорядскую Спасскую церковь (зимний собор). К Архиерейскому дому также относились две домовые церкви: Крестовоздвиженская, при временном приюте Епископа, и Андреевская на Воробьевских высотах, без причта. Кроме того, в городе действовал один Троицкий (холодный) собор со штатом из 1 протоирея, 3 священников и 2 диаконов, две одноштатные приходские церкви великомученицы Варвары и Георгия Победоносца, три одноштатные церкви в казенных богоугодских заведениях (в гимназии, в Иоанно-Мариинской женской общине и тюремном замке) и две кладбищенские церкви, Успенская и Даниловская, без причта. Кроме того, в городе действовала Духовная семинария, открывшаяся в 1846 году, единственный на Кавказе колокольный завод, существовавший с 1843 года, и публичная библиотека, открытая в декабре 1852 года.
С первого дня пребывания в Ставрополе владыка Игнатий ощутил тяготы неустроенности вверенной ему кафедры. Ветхая хижина, именуемая Архиерейским домом, пожертвованная 14 лет назад купцом Волобуевым для временного приюта первого Ставропольского епископа Иеремии, к тому времени стала разрушаться. Поэтому Святитель первые полгода вынужден был проживать на частной квартире, безвозмездно предоставленной ему Г. Стасенковым. Само содержание Архиерейского дома было наискуднейшим. Всех угодий, предоставленных Краем Архиерейскому дому, было лишь 200 десятин земли, при реке Мамайке близ Ставрополя. Отдаваемая в годичное оброчное содержание, эта земля приносила 200 рублей серебром в год и овощи для насельников Архиерейского дома. Еще более скудный доход приносили рыбные ловли на реке Терек возле Моздока. Их отдавали в годичное пользование некоему армянину Б. Каспарову, доход составил в 1859 году 34 рубля серебром, а в 1860 году — и вовсе 22 рубля. Кроме того, в качестве статьи дохода упоминается еще мельница, от которой, судя по дальнейшему ходу дел, проку было также немного. Поэтому братия Архиерейского дома, в которую вошли прибывшие со Святителем его ученики, разделяла все тяготы своего наставника. Они же и вели посильный ремонт в жилых помещениях при Крестовоздвиженской и Андреевской церквах, а также совершали богослужения в них и в церкви ставропольского тюремного замка.
Несмотря на изобилие праздничных богослужений в январе и начавшиеся со 2 февраля великопостные службы [1353], владыка Игнатий находил время заниматься административными делами. Прежде всего, Святитель был озабочен надлежащим устроением вспомогательных по отношению к Епископу учреждений Духовной Консистории и состава окружных благочинных. На этом поприще деятельность Архипастыря выразилась в тщательном отборе трудолюбивых и исполнительных кандидатов, а также устранении от дел лиц корыстолюбивых и самовластных. В этой связи немало хлопот доставил ему кафедральный протоиерей Константин Крастилевский, «врожденная хитрость» которого, «доходящая до коварства», позволяла держать в Консистории превосходство перед прочими членами.