После Сталинградской битвы корабли флотилии (две бригады траления) провели большую работу по разминированию русла реки Волги, а часть кораблей пошла на укомплектование Днепровской и усиление Азовской флотилий.
Дунайская флотилия была сформирована в июне 1940 года (приказ НКВ МФ № 00172 от 08.06.40 г.) во время освобождения Бессарабии и Южной Буковины. К началу войны в ее состав входили: дивизион мониторов (5 единиц), дивизион бронекатеров (22 единицы), отряд катеров-тральщиков (7 единиц), дивизия сторожевых катеров, авиаэскадрилья, 6 батарей береговой обороны, отдельный зенитный артиллерийский дивизион.
Моряки флотилии вели боевые действия на реках Дунай, Южный Буг, Днепр, у Керченского пролива. 20 ноября 1941 года после отхода войск из Крыма она была расформирована.
Второе формирование флотилии произошло в апреле 1944 г. (приказ НК ВМФ № 0088 от 13.04.44 г.). После чего она приняла участие в Ясско-Кишиневской, Белградской, Будапештской, Венской операциях. Высадила 20 тактических десантов.
Для усиления обороны на северо-востоке Ленинграда и содействия войскам Карельского фронта на основе Карельской ВМБ 7 августа 1941 г. была сформирована Онежская военная флотилия, которая подчинялась командующему морской обороной Ленинграда и Озерного района. Задача: поддержка фланга частей Красной Армии, обеспечение перевозок войск и боеприпасов и эвакуация раненых. 28 ноября 1941 г. была расформирована.
В апреле 1942 г. (приказ зам. НК ВМФ от 7.08.41 г.) на Онежском озере был сформирован отдельный Онежский отряд кораблей, преобразованный в декабре 1942 г. в Онежскую военную флотилию (приказ НК ВМФ № 00132 от 31.12.42 г., 2-е формирование).
Для защиты коммуникаций в Белом море, восточной части Баренцева моря и в Арктике в августе 1941 г. (приказ НК ВМФ № 00137 от 02.08.41 г.) была сформирована Беломорская военная флотилия. Она обороняла также проливы: Карские ворота, Югорский шар, порты и полярные станции вплоть до острова Диксон.
В составе флотилии был Северный отряд, в который входили авиационная группа и отряд ледоколов. За время войны флотилия обеспечила проводку 2500 транспортов.
Для оказания помощи Ленинграду в эвакуации и в перевозке грузов в осажденный город, а также содействия войскам 23, 7-й и 54-й армий, высадки тактических десантов и эвакуации войск с северо-западного побережья была сформирована Ладожская флотилия. За время блокады Ленинграда корабли флотилии доставили в город свыше 311 тыс. человек (главным образом войск) и свыше 1 млн тонн грузов, вывезли из Ленинграда 1071 тыс. человек гражданского населения.
Учитывая важность северо-западного направления, где были сосредоточены основные силы группы армий «Север», 3 августа 1941 г. (приказом НК ВМФ № 045) для содействия войскам и обеспечения озерных коммуникаций была сформирована Чудская военная флотилия. Корабли флотилии совместно с 11-м стрелковым корпусом в середине июля обороняли Гдовский боевой участок. Для борьбы с кораблями флотилии фашистское командование вынуждено было выделить часть катеров и авиацию. В связи с отходом наших войск к Ленинграду 13 августа 1941 г. корабли флотилии были затоплены, а экипажи с боями прорвались в район Нарвы.
Для содействия войскам Северо-Западного фронта в несении сторожевой службы, ведения разведки, прикрытия отхода войск фронта и поддержания их боевых действий 28 июля 1941 г. была сформирована Ильменская военная флотилия.
В октябре 1941 г. она была расформирована, а корабли были переданы в состав Ладожской флотилии.
Одним из направлений по укреплению Военно-Морского Флота было судостроение.
Исходя из условий ведения войны, когда сухопутный ТВД имел более важное значение, чем морской, основное внимание было уделено строительству малых кораблей.
Уже 18 июля 1941 г. было принято Постановление № 86сс27 «О мобилизационном плане строительства кораблей ВМФ», где решалось о прекращении строительства линкоров и тяжелых крейсеров и уделялось внимание строительству подводных лодок и катеров, а также торпедных катеров. А 19.07.41 г. принято Постановление ГКО № 203сс28 «О приостановке строительства на заводах Наркомсудпрома кораблей ВМФ».
Вскоре постановлением № 473сс29 ГКО утверждает программу — план строительства малых кораблей.
В связи с приближением линии фронта к рубежу реки Волги и созданием Волжской флотилии, а также из-за нехватки речных боевых кораблей было необходимо дооборудовать речные суда вооружением и другими приспособлениями для траления фарватера, прочим оснащением.
Поэтому Постановлением № 354сс30 от 18.09.42 г. «О переоборудовании 12 буксирных пароходов под канонерские лодки» заводам НКРФ в Ярославле, Горьком и Куйбышеве была поставлена задача обеспечения формирования 3-й бригады речных кораблей ВМФ.
Возвращаясь опять к строительству крупных кораблей, ГКО принял решение о достройке крупных кораблей ВМФ, которые были в заделе. Постановлением № 2386сс31 от 07.10.42 г. «О плане достройки кораблей» до конца 1942 г. предписывалось достроить линкор «Октябрьская революция», крейсер «Киров», лидер «Минск», 6 эсминцев и 20 торпедных катеров.
Начало второго периода войны для судпрома характеризовалось в основном ремонтом кораблей, дооборудованием радиолокационной радиоаппаратурой, оснащением кораблей зенитными радиолокационными установками, а также установками «Спрут» и так далее.
В сентябре 1942 г., согласно Постановлению № 2312сс32 «О мероприятиях по подготовке к переводу 17 подводных лодок с Черноморского флота в состав Северного флота» был совершен маневр в Северодвинск.
Все 17 лодок типа «М» должны были перебазироваться из Поти до Северодвинска комбинированным путем:
— от Поти до Баку ж/д транспортом на транспортерах;
— от Баку до Красноводска водным путем с буксиром;
— из Красноводска до Северодвинска по железной дороге на транспортерах. В то время это был беспримерный случай, история не знала подобного ни по массовости и ни по расстоянию.
Согласно постановлению № 1911сс от 17.06.42 г. из бассейна Каспийского моря по реке Волге были переведены 3 подводные лодки типа «М».
А в 1943 г., согласно Постановлению № 3232сс33 от 22.04.43 г. «О переводе из Каспийской флотилии в состав СФ были перебазированы 4 подводные лодки типа «C» и 2 подводные лодки типа «М-15». Маршрут из Баку до Архангельска проходил по Волге и Северодвинской водной системе; из Баку до Горького — своим ходом, а из Горького до Архангельска — на плавучих доках под буксирами.
По предложению наркома ВМФ адмирала Н. Г. Кузнецова, согласно Постановлению № 2238сс34 от 04.09.42 г. «Об усилении Северного флота 6 ПЛ за счет передачи из Тихоокеанского флота…», был осуществлен переход через Алеутские острова, Сиэтл, Сан-Диего, Колон, Чарльстон, Галифакс, Исландию, Медвежий, Мурманск. Маневр по продолжительности маршрута и сложности был уникален (протяженность маршрута составляла 17 000 миль). В районе Сан-Франциско подлодка Л-16 была атакована неизвестной подводной лодкой и потоплена.
Подлодка С-56, участвующая в переходе, до сих пор стоит во Владивостоке как памятник мужеству моряков.
Заметим, что постановлений ГКО по ВМФ было не так много, так как большая часть решений осуществлялась по схеме НК ВМФ — Ставка ВГК или через Председателя Совнаркома.
И тем не менее в ходе войны разрабатывались планы строительства новых кораблей (Постановление № 7415сс35 от 29.01.45 г. «Об утверждении плана заказов ВМФ на 1 квартал 1945 г.», Постановления № 8447сс36 «О плане строительства кораблей на 2-й квартал 1945 г.» и «Планы судоподъема кораблей и их ремонта», Постановления № 8445сс от 06.05.45 г. и № 9551сс от 23.07.45 г.).
Все указанные выше мероприятия способствовали поддержанию боеспособности сил флота и восполнению потерь в ходе боевых действий.