Оборона гетто распадалась на все менее значительные очаги сопротивления, совершенно не связанные друг с другом. Реже становились партизанские вылазки. Даже действовавшие на одной улице боевые группы подчас не могли установить связь. Иссякали силы рабочих заводов Шульца и Теббенса. О переживаниях пятидесяти человек — мужчин, женщин, детей, больных, стариков, набившихся в одно из подземных убежищ «производственного гетто», — рассказывает в письме брату Юзефу Гитлеру-Барскому, датированном маем 1943 г., очевидец Исаак Гитлер. Было так жарко, пишет он, что все разделись до рубах и кальсон. Здесь же в углу находилась параша. Спички гасли в спертом воздухе. Боевики приносили пищу и поддерживали порядок. Каждую ночь они выходили на партизанские вылазки. Возвращалось их все меньше к меньше. Сверху то и дело слышались шаги немцев. К концу пятых суток последняя пятерка боевиков не вернулась с вылазки. Еще двое суток люди в подземелье лежали, тесно прижавшись друг к другу, утратив силы и надежду. При приближении немцев закрывали детям и кашляющим рот подушками. В соседнем убежище мать задушила своего плакавшего ребенка.
27 апреля Теббенс снова призвал к «переселению», ручаясь, что никто не будет убит. Измученные люди стали покидать укрытия и заполнили заводской двор. Помощник Теббенса (еврей) усердно поддакивал ему. Неожиданно во дворе появились вооруженные боевики ЖОБ. На глазах у немецких солдат они призвали людей не верить лживым обещаниям. Завязалась перестрелка, толпа рассеялась. Многие рабочие Теббенса были позже схвачены фашистами и отправлены на умшлагплац, но на соседнем заводе Шульца борьба продолжалась. Обезумевший от злобы Штрооп обвинил в этом самого фабриканта. 29 апреля в районе шопов снова появились регулярные войска.
Немцам удалось взорвать здание, под которым был вырыт бункер для склада боеприпасов ЖОБ. Дом рухнул, похоронив всех, кто находился в нем и под ним.
Командование ЖОБ по договоренности с Гвардией Людовой постановило эвакуировать за пределы гетто часть боевых групп из района заводов. Операцию подготовили представители ППР Францишек Ленчицкий и поручик ГЛ Владислав Гайк — «Кржачек». Сорок повстанцев с оружием в руках спустились в канализационные трубы на улице Лешно, успев перед этим поджечь немецкую фабрику в доме 72. Раненых пришлось оставить на попечение связной Леа Корн (немцы обнаружили бункер и всех убили). Боевиков между тем связная Регина Фуден — «Лилит» вывела на Огродовую улицу, где их укрыл на своем чердаке рабочий-поляк Рышард Трифон. Затем Владислав Гайк и связной ЖОБ Тобиаш Шейнгут вывезли всю группу на грузовиках в Ловмянки, за семь километров от Варшавы. Регина Фуден, не слушая возражений начальников, вернулась в гетто к оставленным раненым товарищам, на смерть.
Той же подземной дорогой попытался пробраться на «арийскую сторону» еще один отряд ЖОБ, но гитлеровцы, предупрежденные о случившемся, часть люков взорвали, у других поставили охрану. Весь отряд ЖОБ был уничтожен. Квартира Трифона, ставшая во время восстания как бы перевалочным пунктом для беглецов из гетто, была вскоре выдана немцам. В ожесточенной схватке погибли все евреи, которые там оказались.
Жаркий бой вновь разгорелся на Мурановской площади. Остатки боевых групп ЖЗВ вместе с польской группой капитана Иваньского из Военной организации Корпуса безопасности (КБ) восстановили связь с «арийской стороной» через тоннель на Мурановской улице. Штрооп, уведомленный анонимным письмом предателя из штаба КБ, немедленно послал на место отряд лейтенанта Диля. Когда начался бой, на помощь бойцам ЖЗВ подошла боевая группа ЖОБ, а также капитан Иваньский с десятью автоматчиками, в числе которых были его сын и брат. Немцев пропустили на середину площади и затем атаковали со всех сторон. Исход боя решило появление немецкого танка. Повстанцы рассеялись, потеряв 24 человека убитыми. Погиб и брат капитана Иваньского Вацлав. Тяжелые ранения получили сын капитана Роман и командир отряда ЖЗВ Давид Апфельбаум.
Штроопу не раз казалось, что сопротивление в гетто должно уже пойти на убыль. «На пятый день нам, очевидно, удалось добраться до самых крупных террористов и активистов, которые до этой поры смеялись над всеми нашими усилиями разыскать их и депортировать», — сообщал он 23 апреля. 25 апреля он было решил, что в гетто уже уничтожены «все бандиты и саботажники». Но вскоре нацистскому генералу пришлось признать преждевременность своих выводов. Явно озадаченный, он писал 28 апреля: «Сегодня мы снова встретили и сломили во многих местах очень сильное сопротивление. Становится все яснее и яснее, ввиду затяжки операции, что нам теперь противостоят настоящие террористы и активисты».
Основные силы ЖЗВ были к концу апреля действительно разбиты (впрочем, и 30 апреля группа ЖЗВ подожгла военные склады на улице Пшеязд на «арийской стороне»), но ЖОБ продолжала сопротивление. 1 мая бойцы гетто собрались на торжественные митинги, слушали доклады и радиопередачи из Лондона и Москвы, пели «Интернационал». Слова «это есть наш последний и решительный бой» обрели особый смысл в устах людей, не сомневавшихся в своей близкой гибели. Командование ЖОБ постановило усилить боевую активность. Штрооп в очередном рапорте писал об особой ожесточенности сопротивления в этот день. Никто не сдался 1 мая добровольно. Какой-то пленный выхватил спрятанный револьвер и трижды выстрелил в немецкого офицера. На улице Налевки гитлеровцев атаковали среди бела дня. Когда немецкие саперы собрались взорвать один из люков, появившийся из-под земли повстанец на их глазах схватил взрывчатку и скрылся с ней.
Тяжелые бои вели бойцы ЖОБ на фабриках «Трансавиа» и «Вишневский-Серейский» на улице Ставки в северной части гетто. Возглавляемые Эдвардом Фондаминьским повстанцы попали в окружение, понесли большие потери, но все же прорвались на улицу Милую и явились в штаб ЖОБ в доме 18.
На Францишканской улице (северо-западная часть гетто) в доме 30 немецкие штурмовые группы обнаружили подземный бункер, в котором засели остатки защитников щеточной фабрики во главе с Мареком Эдельманом и Гершем Берлиньским. Нацисты забросали ручными гранатами вход, однако часть повстанцев, выбравшись через запасный выход, обстреляла врага с тыла. Немцы отступили, унося раненых. На следующее утро они возобновили атаки на бункер и снова были отбиты. Лишь на третьи сутки, применив газы, они овладели укреплением. 160 защитникам бункера из 300 удалось скрыться; часть из них засела в доме 22 по той же улице, часть ушла в бункер штаба ЖОБ на улице Милой. Как и большинство граничащих с «арийской стороной» улиц гетто, вся Францишканская была к этому времени разрушена. На этой улице погиб в обнаруженном гитлеровцами бункере Абрам Гепнер — один из немногих деятелей погрязшего в коррупции и предательстве юденрата, оставивших по себе хорошую память. До войны он был купцом, а когда занял пост заведующего отделом снабжения юденрата, саботировал жестокие немецкие приказы, стараясь достать для гетто побольше продовольствия. В тайне от юденрата он давал детям и бедноте больше продуктов, чем им официально полагалось, сотрудничал с Сопротивлением. Гепнер отказался от предложения укрыться на «арийской стороне», решив разделить судьбу гетто.
«Повсюду были разбросаны тела наших товарищей, — пишет Любеткин. — На гниющие по улицам трупы садились стаи ворон. По гетто бессмысленно бродили сошедшие с ума от ужасов пребывания под землей». «Нижеподписавшийся исполнен решимости продолжать операцию до тех пор, пока не будет уничтожен последний еврей», — бодро докладывал начальству Штрооп. Сам Крюгер, начальник полиции и СС Генерал-губернаторства, прибыл с инспекцией из Кракова, чтобы потом лично доложить о ходе операции Гиммлеру.
4 мая главные силы Штроопа снова прочесали «производственное гетто». Некоторые из схваченных фашистами людей, сломленные и павшие духом, показывали врагу расположение подземных бункеров. Нашлись и давно сотрудничавшие с оккупантами мерзавцы, которые теперь пытались купить себе жизнь, сдав соплеменников. Но подавляющее большинство захваченных гитлеровцами евреев, по признанию Штроопа, отказывались служить врагу проводниками.