ЖОБ организовала специальные группы для уничтожения предателей. 6 мая боевики ЖОБ настигли и пристрелили на месте гестаповца Фреда Орлеана. Связной ЖОБ Тобиаш Шейнгут уже за пределами гетто убил подосланного немцами шпиона. В качестве шпионов гитлеровцы использовали и детей, запуганных и морально изуродованных жизнью в гетто. Одного такого мальчика боевики поймали в районе фабрики Шульца. «Надо было бы прикончить его на месте, потому что он пришел выслеживать и доносить, но ему десять лет, а теперь так жалко молодых. Может быть, из него что-нибудь еще вырастет», — сказал командир боевой группы, передавая мальчика в руки людей, прятавшихся в бункере.
Обнаружив бункер, гитлеровцы взрывом заваливали вход, после чего пускали газ внутрь. Евреи, вынужденные покинуть убежище, не раз бросались на них с оружием, швыряли гранаты. Женщины стреляли из пистолетов, вытащенных из-под платья. Гитлеровцы стали раздевать пленных догола.
Штрооп сетовал, что для разрушения домов взрывами требуется много времени и огромное количество взрывчатки. «Самым лучшим способом уничтожения евреев остается поэтому поджог… Недочеловеки, бандиты и террористы по-прежнему укрываются в бункерах, где жара из-за пожаров стала невыносимой. Теперь эти твари слишком хорошо поняли, что перед ними встал выбор: или до последней возможности оставаться в укрытиях, или выйти на поверхность и попытаться убить или ранить людей из СС, полиции и вермахта, которые не прекращают натиска… В течение первых шести дней бой против евреев и бандитов был тяжел, но только теперь, как оказывается, в наши руки попадают евреи и еврейки, которые командовали в те дни. Каждый раз при обнаружении бункера находящиеся внутри евреи оказывают сопротивление, используя все имеющееся в их распоряжении оружие».
Сопротивление концентрировалось в центральной части гетто, там, где на улице Милой под домом 18 находился бункер штаба ЖОБ. Это чрезвычайно разветвленное подземелье тянулось на целые кварталы, в нем легко можно было заблудиться. Первыми хозяевами бункера были уголовники, подчинявшиеся Шмулю Ашеру, огромному детине, богачу. Его шайка оборудовала бункер кухней, водопроводом, электрическим освещением, собрала значительные запасы продовольствия, которые, однако, быстро иссякли, когда в бункер набились сотни людей, на что устроители подземного убежища, естественно, не рассчитывали. Каждое помещение бункера имело свое название, помогавшее ориентироваться: «Треблинка», «Травники», «Понятово», «Пески» и т. п. Смысл этих названий стал особенно символичен, когда отсеки с потолками ниже человеческого роста, рассчитанные на 8-10 человек каждый, заполнили десятки людей, обливающихся потом от страшной жары.
В первые дни боев бункер заняла группа носильщиков Давида Малованьчика и Мойзеша Чомпеля. Они еще в 30-е гг. участвовали в отрядах самообороны, а в гетто сражались против немцев и в январе, и теперь, в дни апрельского восстания. Чомпель и Малованьчик впустили в бункер группу ЖОБ, а те, в свою очередь, передали его штабу ЖОБ. Прежние владельцы не возражали. По мере разгрома по всему гетто опорных пунктов ЖОБ в бункер на улице Милой устремлялись остатки боевых групп, а также население из сожженных или разрушенных домов. Здесь оказалось около 300 человек, в том числе 80 боевиков и почти все члены подпольного руководства Хашомер-Хацаир и ППР в гетто.
Штрооп узнал, где расположен штаб ЖОБ, от пленных. 6 мая в очередном донесении он писал, что «идет по следам бандитов» и что есть надежда «добиться завтра успеха в выслеживании партийного правления». На следующий день он доложил, что ему теперь известно месторасположение «партийного правления».
Между тем штаб ЖОБ, понимая, что продолжать борьбу уже невозможно, отдал приказ остаткам боевых групп пробиваться на «арийскую сторону». Однако почти все, кто пытался покинуть гетто, погибали. 7 мая немцы уничтожили две группы ЖОБ, одна из которых вышла по канализационным трубам к саду Красиньских, а другая перебралась из дома 74 на улице Лешно в дом 71, расположенный на противоположной стороне улицы, за стеной гетто. Необходима была помощь польских антифашистов. Несколько групп связных отправились на «арийскую сторону». Почти все они погибли, но Симхе Ратгаузеру удалось добраться до Цукермана — «Антека» и связаться через него с руководством Варшавской организации ППР и Гвардии Людовой. Стали готовить спасательную экспедицию.
В это время штаб ЖОБ послал Цивию Любеткин на Францишканскую улицу, где еще действовал отряд боевиков щеточной фабрики под руководством Марека Эдельмана и Герша Берлиньского, после ухода немцев вновь обосновавшийся в своем бункере. С Францишканской улицы можно было выйти подземным ходом в канализационную сеть. Однако очередная группа связных, направленная в этот день штабом ЖОБ на «арийскую сторону», наткнулась на эсэсовцев и была перебита, а спасательная экспедиция с проводниками из рабочих городской канализации, направленная Гвардией Людовой подземным путем в гетто, несколько дней добиралась до ставшего совершенно неузнаваемым района боев. Участь штаба ЖОБ была решена.
8 мая нацисты окружили дом 18. Они обнаружили все пять выходов из бункера и атаковали их одновременно, используя газовые бомбы. Штрооп пригласил к окруженному штабу корреспондентов немецких, итальянских, венгерских, финских и шведских газет. Им сказали, что задержана группа еврейских коммунистов и советских парашютистов.
Гражданское население покинуло бункер, но боевики ЖОБ решили держаться до конца. Гитлеровцы пускали газ малыми дозами, то и дело повторяя предложение сдаться. Они рассчитывали, что защитники бункера не выдержат и их можно будет взять живыми. Арье Вильнер крикнул: «Лучше покончить с собой! Мы не должны попасть в их руки живыми!» (Работая представителем ЖОБ на «арийской стороне», он уже побывал в лапах гестапо. Выдержав ужасающие пытки, он никого не выдал и бежал из застенка. Лучше других он знал, как поступают гитлеровцы с пленными.) Газ уже заполнял помещения, многие, чтобы прекратить мучения, решили покончить жизнь самоубийством. Лейб Ротблат перед тем, как застрелиться, дал яд своей старой матери. Когда были уже мертвы Фондаминьский, Анелевич, его подруга Кира Фухрер и многие их товарищи, кто-то вдруг обнаружил, что один из выходов остался незамеченным гитлеровцами и не охраняется. Четверо оставшихся в живых, полуотравленные газом, бросились по нескончаемой веренице подземных переходов на воздух.
Заваленный трупами бункер штаба ЖОБ был разрушен, и добравшиеся наконец до этой части гетто Симха Ратгаузер и польские проводники решили попытаться спасти боевиков на Францишканской улице. Около 60 человек, включая Берлиньского и Эдельмана, двинулись под землей к люку на улице Простой (Прямой. — Прим. ред.), где их ожидали люди из Гвардии Людовой.
Добравшись до люка на улице Простой, отряд должен был дожидаться темноты. Люди промокли в грязной жиже, продрогли до костей. Наступила ночь, но сигнала покидать люк не последовало: оказалось, что не нашли грузовика для выезда из города. К утру сидевшие под землей повстанцы совершенно обессилели, некоторые уже не подавали признаков жизни, кто-то решил возвращаться в гетто. Особенно страдали Михал Розенфельд, Тося Альтман и Иегуда Венгровер, отравленные в бункере газом. Венгровер, мучимый жаждой, напился прямо из канализационной трубы. На следующий день он умер.
Стало ясно, что люди не выдержат больше пребывания под землей. Решили покинуть люк днем, немедленно. По телефону вызвали два коммерческих грузовика и, направив на шоферов револьверы, начали погрузку. Зеваки, торчавшие на балконах, высунувшиеся из окон, с изумлением наблюдали, как из люка вылезали грязные с головы до ног люди, с трудом забирались в кузов машины и падали пластом.
Погрузка продолжалась около получаса, когда вдруг поступило сообщение, что поблизости появились немцы. Началась паника: боевики, преграждавшие прохожим доступ на улицу Простую, не могли больше справляться с наплывом пешеходов, а шофер второй машины в суматохе отъехал с пустым кузовом. Из люка больше никто не показывался, и повстанцы тронулись в путь. Уже в дороге выяснилось, что человек пятнадцать-двадцать остались под землей.