Автомашина благополучно добралась до леса, где уже находилась группа повстанцев из «производственного» гетто. Три человека на той же машине поехали за оставшимися товарищами. Вернувшись на улицу Простую, они нашли ее оцепленной немецкими солдатами и латышскими эсэсовцами. Какая-то женщина — свидетельница эвакуации из люка — указала фашистам на подъехавших. Их тут же расстреляли. Оставшиеся под землей, потеряв терпение, попытались выйти самостоятельно, но все были перебиты.
С гибелью штаба ЖОБ организованное сопротивление в гетто быстро пошло на убыль. В развалинах еще долго бродили небольшие группки повстанцев — люди Захариа Артштейна и Меллона из ЖОБ, Хаима Лопаты и Янека Пики из ЖЗВ, социалиста Берки, носильщика «Моше-большевика» и другие. Более двух десятков повстанцев во главе с Лейзером Шершенем, бежавшим за три месяца до восстания из Треблинки, обосновались на пятом этаже сгоревшего дома на Валовой улице. Выбирались они оттуда по ночам с помощью веревочной лестницы.
Евреи готовили на кострах пищу из случайно добытых продуктов, перестреливались с немецкими патрулями, рыскали по ночам в поисках пропитания и укрытия на день, выменивали друг у друга то, что удавалось вытащить из разрушенных бункеров, иногда отнимали друг у друга оружие. Между ними и немцами случались серьезные бои, в которых 11 мая погибли 53 повстанца, а 12 мая — 133.
Пользуясь взрывчаткой и газами, гитлеровцы теперь довольно легко преодолевали сопротивление в обнаруженных ими бункерах. 10 мая, впервые с начала боев, сдалась целая группа повстанцев — 59 человек. Остатки разгромленных боевых групп пробивались с револьверами в руках поодиночке или небольшими кучками на «арийскую сторону». Одни из них перебирались с помощью приставных лестниц и веревок через стену гетто, другие из последних сил рыли подземные ходы, которые, однако, гитлеровцы нередко успевали обнаружить до окончания работ. Несколько групп были выведены из гетто людьми капитана Иваньского. Бывший веркшютц инженер Шлядковский, договорившись с поляками из Старого города, выводил из гетто группу за группой по канализационным трубам, не забывая, правда, взимать за это по 15 000 злотых с человека.
За пределами гетто, в «арийской части» Варшавы, куда устремились уцелевшие боевики, участились вооруженные столкновения. Четверо боевиков ЖЗВ из группы Павла Френкеля, пробравшейся из гетто еще в апреле и укрывшейся в доме на Гжибовской улице, потеряв терпение, вышли на свой страх и риск на улицу, остановили извозчика и заставили его под угрозой оружия ехать за город. Встретив по дороге двух польских полицейских, извозчик поднял крик. Боевики выскочили из повозки, вынули бомбы. Через несколько секунд все — евреи, извозчик и полицейские — были мертвы. Погиб и боевик Бекерман из той же группы ЖЗВ, также не выдержавший мук ожидания. Сразу по выходе на улицу он был опознан немцами, отстреливался и погиб. Оставшиеся десять человек сидели в укрытии до 10 мая, когда немцы, предупрежденные членами ультраправой польской подпольной организации «Меч и плуг», окружили дом и забросали повстанцев ручными гранатами. Большинство бойцов ЖЗВ были убиты на месте, трое захвачены живыми и расстреляны. Уничтожена была почти целиком и группа коммуниста Арона Брыскина, укрывавшаяся на «арийской стороне» в доме 14 по улице Медовой. Ее выдал дворник, которого впоследствии казнила Гвардия Людова.
«Восстание угасало постепенно, и трудно установить точный момент его окончания», — пишет историк Б.Марк. Время от времени немцы обнаруживали не замеченные до того бункеры. Штроопу, которому уже несколько раз казалось, что борьба окончена, пришлось 13 мая снова отметить: «Ныне стало ясно, что попадающие теперь в наши руки евреи и бандиты являются членами так называемых боевых групп. Это все молодые парни и женщины от 18 до 25 лет. При захвате одного бункера произошла схватка, во время которой евреи не только стреляли из пистолетов калибра 0,8 и польских пистолетов «Вис", но и бросали в эсэсовцев польские гранаты «апельсины». После того, как часть из находившихся в бункере была схвачена и начался обыск, одна из женщин — что случалось уже часто — молниеносно сунула руку за пазуху и, вытащив ручную гранату — «апельсин», сдернула предохранитель, бросила гранату в обыскивавших ее людей и быстро спрыгнула в укрытие. Только благодаря присутствию духа удалось избежать жертв". Это была Сара Розенблюм, член ЖОБ. После этого, добавляет Штрооп, саперы уничтожили бункер с остававшимися там евреями, подложив более крупный, чем обычно, заряд взрывчатки. На следующий день немцы пустили газ сразу в 183 люка. Прятавшиеся в канализационных трубах, чтобы спастись от отравления, вынуждены были выйти в центре гетто, где их уже поджидали гитлеровцы.
13 мая губернатор Варшавы Людвиг Фишер оповестил горожан о разрушении гетто — «гнезда большевизма и бандитизма». Он призвал население выполнить свой «долг» и выдавать властям находящихся еще на свободе «евреев и коммунистических агентов». 15 мая немцы разрушили на территории гетто последние дома, за исключением восьми зданий — немецких казарм, госпиталя и тюрьмы «Павяк». 16 мая Штрооп официально объявил об окончании «большой акции» и начал отвод своих сил. «Еврейского гетто в Варшаве больше не существует», — рапортовал он. 18 июня 1943 г. Штрооп за свои подвиги в гетто был награжден железным крестом первого класса, а 29 июня Гиммлер утвердил его в должности начальника СС и полиции Варшавы. Ежедневные рапорты Штроопа, запечатлевшие деяния гиммлеровского воинства в Варшавском гетто с 19 апреля по 16 мая 1943 г., были собраны вместе и в роскошных переплетах вручены самому рейхсфюреру СС и начальнику СС и полиции «Ост» Крюгеру. Один экземпляр на память о свершениях на поле брани Штрооп оставил себе.
На догоравших развалинах Варшавского гетто был оставлен батальон немецкой полиции. Немцы прочесывали местность, перерезали последние водопроводные трубы, отравляли все обнаруженные резервуары и источники воды, забрасывали колодцы полусгнившими трупами, обливали керосином найденные остатки пищи, взрывали и заваливали дороги. Ежедневно они засыпали все люки, но евреи, намеревавшиеся бежать из гетто по канализационным трубам, по ночам раскапывали их. В течение мая были обнаружены и ликвидированы почти все остававшиеся подземные укрытия. 16 мая, в день официального окончания «большой акции», гитлеровцы обнаружили большой бункер в доме 38 на Свентоерской улице и, пустив газ, заставили выйти 60 укрывавшихся там евреев. Восемнадцатилетнему Киршенбауму, полумертвому, с гангреной ног, отказавшемуся выдать другие известные ему бункеры, немцы прострелили руку. Он продолжал упорствовать, и ему выстрелили в ногу.
Столкновения с разрозненными кучками повстанцев происходили еще в июне и июле. Полковник охранной полиции Харинг отмечал впоследствии, что «ввиду ставшего известным противнику уменьшения сил отдельные банды пытались возобновить свою деятельность. Во время все новых и новых схваток с бандами, имевшими хорошее вооружение и руководство, приходилось в жестоких подчас боях подавлять отдельные гнезда сопротивления, оборудованные в развалинах, подвалах, канализационных колодцах». В этих боях в начале июня погибли последний командир группы ЖЗВ в гетто Янек Пика и член штаба ЖОБ Захариа Артштейн, которому удалось было сколотить из обломков боевых групп значительный отряд. К этому времени евреи настолько ослабели от голода и перенапряжения, что не могли даже добросить до врага ручную гранату.
18 июня 1943 г. губернатор Фишер, принимая у себя во дворце Ганса Франка, с гордостью показал ему на развалины гетто. От Гиммлера пришло предписание сровнять территорию бывшего гетто с землей, засыпать все подвалы и канализацию, покрыть весь район слоем чернозема и разбить там большой парк. В середине июля немцы принялись систематически взрывать развалины в гетто, однако кучки вооруженных евреев снова прокрадывались в уже, казалось, очищенную зону. Поэтому осенью немцы, прочесывая бывшее гетто, снова (еще раз) стали взрывать развалины. Но и в конце 1943 г. они натыкались на вооруженные группки евреев, оказывавших сопротивление. Подобные случаи имели место даже летом 1944 г., спустя год после подавления восстания в гетто!