Сохранилось пять гунки. Четыре из них относятся к 13 в. и посвящены перипетиям борьбы за центральную власть между феодальными домами Тайра и Минамото: «Сказание о годах Хогэн», «Сказание о годах Хэйдзи», «Повесть о расцвете и падении домов Минамото и Тайра», «Сказание о доме Тайра». Пятое произведение этого жанра — «Повесть о великом мире» — относится к концу 14 в. и описывает войну между сторонниками императора и военно-феодального (сёгунского) правления (эпоха Намбокутё). Гунки базировались на исторических событиях, но насыщены рассказами о чудесах, японскими, китайскими и индийскими легендами: в них возросла роль конфуцианской морали, главным образом в плане отношений господина и слуги, идеи служения долгу.
В этот период продолжал развиваться и жанр дзуйхицу. В произведениях Тёмэй Камо «Записки из кельи», 1212) и Кэнкохоси (1283—1350; «Записки от скуки», 1331), завершавших культурную традицию придворной аристократии, выражена буддийская идея непостоянства сущего, содержатся отшельнические мотивы. Дневниковая литература в это время по художественному уровню уступала раннесредневековой, но интересна в историко-культурном и жанровом отношениях. Часть дневников по форме близка к повестям или стихотворным собраниям с развёрнутыми прозаическими вступлениями к стихам. Наиболее известен «Дневник полнолуния» Абуцуни, последней представительницы «женского потока» в японской прозе. Создавались также сборники сэцува — популярных рассказов религиозного, исторического и бытового характера, преданий, сказок, анекдотов, частично продолжавших линию «Кондзяку-моногатари», и подражательные «исторические повествования» (т. н. «Четыре зерцала»). Проза 13—14 во-вторых, (особенно т. н. катаримоно— произведения эпического плана, долго бытовавшие в устной традиции) в последующие эпохи послужила источником сюжетов для фольклора и авторской литературы (рассказов, пьес). С 13 в. появились произведения буддийской житийной литературы на разговорном языке. Они насыщены рассказами о путешествиях в иные миры, встречах с мифическими существами, о чудесных деяниях.
В поэзии наряду с танка распространился жанр имаёута («песни на современный лад»). Свободные от сложной ассоциативной образности танка, имаёута были особенно популярны в малообразованной самурайской среде. В 13—вв. появилось множество антологий («Син-Кокинсю», составлена в 1205 поэтом и филологом Садаиэ Фудзивара, и др.), сборников отдельных поэтов, записей поэтических турниров (утаавасэ), собраний лучших образцов поэзии прошлого. Традиционная поэзия становилась всё более формальной и эстетствующей.
В литературе 14—15 вв. наряду с общими буддийскими мотивами иллюзорности земных благ отразилась специфическая дзэнбуддийская концепция сатори (мгновенного постижения истины, озарепия), которая оказала влияние на композицию одноактных лирических драм йокёку (пьесы театра масок ноо ), положивших начало японской драматургии. Сюжеты драм заимствованы из синтоистских мифов, преданий, народных сказаний и буддийских сутр. Крупнейший драматург — Дзэами. Популярным был жанр кёгэн (фарс) — весёлые миниатюры, зачастую сатирической направленности.
Распространённой формой устного рассказа были отогидзоси («занимательные записки»; сохранились лишь в записи 17—18 вв.). Они изобилуют сказочными элементами и по содержанию делятся на шесть групп рассказов: из жизни придворной аристократии, на буддийские темы, о воинах, простонародные переложения индийских и китайских легенд, о животных.
В 14—15 вв. в поэзии достиг расцвета жанр рэнга , появившийся ещё в 12 в. Крупнейшие авторы и теоретики рэнга — составители антологий Ёсимото Нидзё «Цукубасю», 1356) и Соги «Новая Цукубасю», 1495).
К 16 в. относится зарождение городской литературы. Ремесленники и торговцы устраивали состязания в поэтическом мастерстве и составляли сборники стихов победителей. Широко распространились короткие стихотворения со свободным размером — коута («малая песня»), в которых заметную роль играла трудовая тематика. Самый известный поэтический сборник — «Кангинсю».
С началом европейско-японских контактов на японский язык стали переводиться отрывки из сочинений античных авторов; особое значение имел перевод басен Эзопа.
В литературе периода позднего феодализма (17 в. — 60-е гг. 19 в.) преобладали демократические тенденции. Традиции отогидзоси в 17 в. продолжил новый жанр —канадзоси (популярные рассказы развлекательного и нравоучительного характера); их авторы — чиновники из разорившихся самураев, буддийские монахи, читатели-горожане. В конце 17 в. эти рассказы дали начало жанру — укиёдзоси («записки о бренном мире»), т. е. рассказам, новеллам и повестям бытового, зачастую эротического содержания. Поведение героев определялось моралью развивающейся буржуазии. Расцвет укиёдзоси относится к годам правления Гэнроку (1688—1703) — «золотому веку» культуры позднего средневековья — и связан с именем Сайкаку Ихара (1642—93), зачинателя трёх направлений в этом жанре: косёкумоно (новеллы о чувственной любви и любовных похождениях), букэмоно (новеллы из жизни самураев) и тёнинмоно (новеллы из жизни горожан).
Драматургия 17—18 вв. ориентировалась на театр кукол дзёрури и театр кабуки . Крупнейший драматург эпохи — Мондзаэмон Тикамацу (1653—1724), автор дзидаймоно (многоактные исторические драмы) на сюжеты из военно-феодального эпоса, японской и китайской истории, старинных легенд и преданий («Битвы Коксинги», и др.). В 1703 Мондзаэмон Тикамацу создал первую сэвамоно (бытовая драма) — «Двойное самоубийство в Сонэдзаки». Его пьесы включают стихотворные вставки и литературные реминисценции, но основную ткань составляет разговорная речь (особенно в бытовых драмах).
В поэзии 17 в. господствующее положение занял жанр хокку . Существовало 3 школы хокку: Тэймон (основана Тэйтоку Мацунага, 1571—1653), Данрин (основана Соин Нисияма, 1605—86) и Сёфу (во главе с Басс Мацуо, 1644—94). Басё Мацуо, самый известный поэт хокку, ввёл в этот жанр цезуру после 2-го стиха, выдвинул три основных эстетических принципа: саби (изящная простота), сиори (ассоциативное сознание гармонии прекрасного) и хосоми (глубина проникновения). В 18 в. последователи Басё Мацуо разделились на несколько школ; наиболее популярной была Тэммэй хайкай (её основатель — поэт и художник Бусон Танигути, 1716—1873). Новый этап в развитии хокку открыл Исса Кобаяси (1763—1827), который ввёл в них просторечную и диалектную лексику, демократизировал тематику.
В последней четверти 18 в. сёгунское правительство установило строгий контроль за культурной жизнью страны и тематикой литературы. В 1791 были запрещены как безнравственные произведения некоторых писателей (Сайкаку Ихара, Кисэки Эдзима) и целые литературные жанры (юмористическая бытописательная повесть сярэбон). Писатели искали новые темы, литературные формы, идеи.
На рубеже 18—19 вв. наступил новый расцвет повествовательной литературы. Сборник рассказов Гёдзя Кинро «Цветочный венчик» положил начало жанру ёмихон («книга для чтения» — рассказы и повести на сюжеты исторических преданий, легенд, устных рассказов). Бытописательское направление уступило фантастико-приключенческому, с изображением призраков, духов, воспеванием самурайской морали. Самый известный сборник — «Луна в тумане» (1768) Акинари Уэда (1734—1809). В начале 19 в. Бакин Такидзава создал новый вид ёмихон — дидактический роман, целью которого было «приобщать к добру и отвращать от зла» читателей. Из 300 романов Бакин Такидзава самый популярный — «История восьми псов» (1814). Его герои — полулюди-полупсы — символизируют 8 конфуцианских добродетелей: гуманность, долг, вежливость, мудрость, преданность, честность, почитание родителей и служение старшим.
Одновременно с ёмихон распространились кусадзоси, или гокан (иллюстрированные рассказы, издававшиеся ксилографическим способом). Их авторы черпали сюжеты героического, авантюрного, любовного и благочестивого характера из литературы прежних эпох. Самое известное произведение кусадзоси — «“Деревенский Гэндзи” Псевдо-Мурасаки» (1829—42; 152 выпуска по 10 стр.) Танэхико Рютэй (1783—1842). Реалистические традиции фарсов кёгэни повестей укиёдзоси были унаследованы и развиты в т. н. коккэйбон («забавные книжки») — юмористических повестях начала 19 в., описывающих нравы и быт горожан. Начало этому жанру положил Икку Дзиппэнся (1765—1831) повестью «На своих двоих по Токайдоскому тракту» (1802—22), сюжет которой основан на дорожных приключениях. Самба Сикитэй (17/6—1822) в произведениях того же жанра «Общественная баня» (1809—12), «Общественная цирюльня» (1812—14) и др. вывел живописные образы горожан, смело использовал разговорную речь. В 30—гг. 19 в. распространился сентиментальный роман ниндзёбон («книги о человеческих чувствах»), родоначальником которого был Сюисуй Тамэнага (1789—1843). Попытки психологического анализа в романах ниндзёбон определили их успех у читателей.